Bên cạnh những thành quả đạt được về xuất khẩu thì vẫn còn tồn tại những mặt hạn chế như sau:
Thứ nhất, nhìn vào bảng và biểu đồ 3.2 và bảng 3.3 số lượng sản phẩm và doanh thu xuất khẩu vẫn còn ở mức thấp chưa xứng đáng với tiềm năng phát triển vì Nhật Bản là một thì trường giàu tiềm năng, hoạt động kinh doanh xuất khẩu đã có hiệu quả nhưng vẫn còn ở mức thấp.
Thứ hai, từ phân tích ở bảng 3.2 ta thấy công tác tiếp cận thị trường và xúc tiến thương mại của công ty còn yếu, không cao. Hơn nữa công tác nghiên cứu và tiếp cận thị trường chỉ do phòng kinh doanh – XNK đảm nhiệm mà không có phòng marketing riêng biệt. Điều này cho thấy tính chuyên môn hóa trong hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty vẫn chưa cao. Trong khi đó hoạt động xúc tiến thương mại quốc tế vẫn còn đơn giản, dù công ty đã có website nhưng không tận dụng được, website không truyền tải được nhiều thông tin về công ty cũng như các sản phẩm của của công ty cũng như cung cấp thông tin cho đối tác tìm hiểu.
Thứ ba, qua phân tích cả 3 bảng 3.2, 3.3, 3.4 sở dĩ năm 2012 kim ngạch nhập khẩu sang các thị trường, trong đó có thị trường Nhật Bản giảm là do công ty bị phụ thuộc quá nhiều vào việc nhập khẩu nguyên vật liệu để sản xuất, bên cạnh đó còn do trình độ cán bộ xuất nhập khẩu của công ty còn hạn chế. Đó là những hạn chế về ngoại ngữ, về nghiệp vụ kinh doanh xuất nhập khẩu… do đó đã xảy ra nhiều vụ vi phạm hợp đồng như chậm giao hàng, chậm trễ trong các thủ tục hải quan, giao hàng không đúng chất lượng…làm ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp, ảnh hưởng đến hoạt động xuất nhập khẩu của công ty nói chung và xuất khẩu vào thị trường Nhật Bản nói riêng.