Bên cạnh những thành công đã đạt được công tác tổ chức mạng lưới bán hàng của công ty gặp không ít các khó khăn và có những vấn đề tồn tại cần giải quyết.
Tuy công ty đã thiết lập được hệ thống tổ chức mạng lưới bán hàng nhưng cơ cấu tổ chức mạng lưới bán hàng của công ty chưa đáp ứng được nhu cầu của người tiêu dùng và chưa phù hợp với quy mô hoạt động kinh doanh của Công ty trong giai đoạn này. Các đại lý của công ty phân bổ không đồng đều hầu như các đại lý đều tập trung tại các trung tâm các tỉnh, thành phố mà chưa phát triển ra các vùng nông thôn.
Chưa tạo lập được mối quan hệ giữa các đại lý và nhà cung cấp, gây ra tình trạnh cạnh tranh khách hàng giữa các đại lý, có những lúc trên cùng một địa bàn nhưng có đại lý ứ đọng hàn hóa, có đại lý thiếu hàng.
Qua quá trình tìm hiểu thực tế tại Công ty cổ phần Đông Ấn và qua các tài liệu thu thập được những nguyên nhân sau dẫn tới các mặt hạn chế trên.
Công ty chưa có tiếng vang lớn trên thị trường kinh doanh ngành dịch vụ bởi sản lượng tiêu thụ còn hạn chế điều đó ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động kinh doanh của công ty
Do việc tiêu thụ sản phẩm chủ yếu thông qua các đại lý, mà các nhân viên tại các đại lý không phải là nhân viên của công ty nên họ chưa có ý thức trong việc phát triển thị trường tiêu thụ sản phẩm, nhiều khi họ bỏ sót thông tin từ phía khách hàng. Công ty chưa có sự quan tâm thỏa đáng tới lợi ích của các đại lý nên họ sẵn sàng thay đổi mối quan hệ của công ty và các sản phẩm của công ty. Chính những điều này có ảnh hưởng không tốt tới hoạt động tổ chức bán hàng của công ty đồng thời ảnh hưởng tới uy tín chất lượng sản phẩm của
Qua quá trình vận chuyển bốc dỡ hàng hóa gặp nhiều khó khăn, do các đại lý ở xa công ty nên mất nhiều thời gian để vận chuyển hàng hóa, gây ra hiện tượng thiếu hàng, hàng hóa đáp ứng không phù hợp với nhu cầu đề ra.
Giá thành sản phẩm bấp bênh, đặc biệt với mặt hàng thuốc lá, các sản phẩm như vinataba, thăng long….
Công ty chưa hoàn thiện mạng lưới bán hàng , nên chưa phát huy được tiềm năng của khu vực thị trường và năng lực sẵn có của công ty.
Công ty chịu sự chi phối của các nguồn hàng , Tổng Công ty đã đưa ra chiến lược phát triển của toàn ngành, số lượng sản phẩm tiêu thụ trong từng năm cụ thể. Công ty cổ phần Đông Ấn sẽ có các chiến lược, kế hoạch bán hàng cụ thể để hoàn thành mục tiêu đề ra.