Việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan dựa vào quy định và chế tài xử lý trong các pháp lệnh về xử lý vi phạm hành chính và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Mặc dù Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính năm 2002 (và Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung năm 2008) đã có những sửa đổi, bổ sung quan trọng so với Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính năm 1995 về thủ tục xử phạt vi phạm hành chính về hải quan, nhưng những quy định này mới đáp ứng được một phần yêu cầu của thực tế. Cùng với việc nghiên cứu, xây dựng Luật Xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, những quy định của Pháp lệnh về thủ tục xử phạt vi phạm hành chính về hải quan cũng cần được xem xét, sửa đổi, bổ sung và nâng lên quy mô Luật và quan trọng hơn, là để góp phần đáp ứng đòi hỏi của thực tế trong việc nâng cao hiệu lực của quản lý nhà nước, đảm bảo quyền, lợi ích hợp pháp của các cá nhân và tổ chức.
Việc xử phạt vi phạm hành chính hải quan được tiến hành theo trình tự như sau: 1. Lập biên bản vi phạm hành chính: Khi phát hiện vi phạm hành chính thuộc lĩnh vực quản lý của mình, người có thẩm quyền đang thi hành công vụ phải kịp thời lập biên bản, trừ trường hợp xử phạt theo thủ tục đơn giản (khi xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan bằng hình thức cảnh cáo hoặc phạt tiền đến
200.000 đồng thì không lập biên bản vi phạm hành chính mà ra quyết định xử phạt tại chỗ).
2. Thời hạn ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính là 10 ngày, kể từ ngày lập biên bản về vi phạm hành chính; đối với vụ vi phạm hành chính có nhiều tình tiết phức tạp thì thời hạn ra quyết định xử phạt là 30 ngày. Trong trường hợp xét cần có thêm thời gian xác minh người có thẩm quyền xử phạt phải làm văn bản để xin gia hạn, thời gian gia hạn tối đa không được quá 30 ngày.
3. Ngoài việc phải xác định các yếu tố cấu thành vi phạm hành chính mà còn phải xem xét xem có các yếu tố có thể làm chuyển hoá vi phạm hành chính thành tội phạm hay không?
4. Nếu có dấu hiệu vi phạm hình sự thì trao đổi với cơ quan công an, Viện Kiểm sát cùng cấp thống nhất khởi tố hình sự theo quy định và chuyển giao hồ sơ và tang vật cho cơ quan điều tra của công an theo quy định của pháp luật.
5. Nếu vi phạm thuộc thẩm quyền xử lý của cơ quan quản lý chuyên ngành khác thì chuyển giao hồ sơ và tang vật cho cơ quan đó xử lý theo quy định của pháp luật.
6. Thực hiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính: Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày được giao quyết định xử phạt; cá nhân, tổ chức bị xử phạt phải chấp hành quyết định xử phạt của cấp có thẩm quyền.
7. Trường hợp quá thời hạn chấp hành quyết định xử phạt mà đương sự không tự nguyện chấp hành thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố ra quyết định cưỡng chế thi hành quyết định xử phạt của mình và cấp dưới.
8. Giải quyết khiếu nại các quyết định xử phạt vi phạm hành chính :theo trình tự quy định tại các điều 30, 31, 32, 36, 39, 43, 46 của Luật Khiếu nại, tố cáo.
Hiện nay, tình hình xử phạt vi phạm hành chính về hải quan đã có nhiều thay đổi, các hành vi vi phạm đều bị xử lý nghiêm minh, minh bạch hơn.Việc áp dụng pháp luật xử lý vi phạm hành chính về hải quan đã được thực hiện một cách nghiêm chỉnh. Để các đơn vị trong toàn ngành hiểu rõ và thực hiện nghiêm chỉnh Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính hải quan 2002 và Pháp lệnh sửa dổi bổ sung năm 2008, Tổng cục hải quan đã tổ chức Hội nghị mời báo cáo viên pháp luật là thành viên của Ban soạn thảo Pháp lệnh đến tập huấn, phổ biến những nội dung mới của pháp lệnh cho lãnh đạo chủ chốt của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, Thủ trưởng các đơn vị tại cơ quan Tổng cục hải quan và những công chức trực tiếp thực hiện và áp dụng các quy định của Pháp lệnh. Nhiều vấn đề về lý luận như nguyên tắc, trình tự xử
phạt và các nội dung của Pháp lệnh khi thực hiện, áp dụng trong thực tiễn còn có những vướng mắc hoặc cách hiểu và vận dụng chưa thống nhất đã được đưa ra thảo luận và hỏi trực tiếp báo cáo viên, vì vậy, nhiều vấn đề khó khăn vướng mắc, khó hiểu khi thực hiện áp dụng đã được giải đáp.
Nhìn chung, qua các hình thức triển khai thực hiện Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính 2002 và Pháp lệnh sửa đổi bổ sung năm 2008, cán bộ, công chức ngành Hải quan đã nhận thức sâu sắc được tầm quan trọng của việc triển khai thực hiện pháp luật xử lý vi phạm hành chính nói chung và thực hiện pháp luật xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan nói riêng. Tổng cục Hải quan đã thể hiện được vai trò chủ động tích cực,hướng dẫn trong toàn Ngành về các điểm mới chính, những nội dung mấu chốt, quan trọng cần phải lưu ý khi thực hiện Pháp lệnh.
Theo tổng kết đánh giá của các cơ quan Hải quan địa phương, có một số hành vi phát sinh trong thực tiễn nhưng chưa có chế tài xử phạt như: hành vi nhập khẩu xe ôtô đã qua sử dụng bị đục số khung nhưng không vi phạm chính sách mặt hàng; vi phạm trong áp dụng khai báo điện tử; hành vi khai báo về giá cao hơn thực tế để hưởng chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng, chính sách góp vốn đầu tư và các chính sách có liên quan; hàng nhập khẩu đúng giấy phép, hợp đồng, vận tải đơn hoặc lược khai hàng hóa mà người nhận vẫn từ chối; các hành vi khác liên quan đến hàng đầu tư, nội địa hóa, kho bảo thuế, kho ngoại quan; các hành vi về kiểm tra sau thông quan, hàng tạm nhập tái xuất…; các hành vi đã có chế tài xử phạt vi phạm hành chính về hải quan nhưng chưa tương xứng với tính chất, mức độ của hành vi vi phạm.
Trên cơ sở tổng kết, đánh giá của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và tổng kết đánh giá công tác xử lý vi phạm hành chính tại cơ quan Tổng cục, qua các đợt triển khai phổ biến, nhiều nội dung mới, quy định mới trong các văn bản pháp luật về xử lý vi phạm hành chính hải quan về các hành vi vi phạm và chế tài xử phạt đã được doanh nghiệp đánh giá: minh bạch và dễ hiểu, đa số các chế tài xử phạt tương xứng với hành vi vi phạm, quy định về không xử phạt vi phạm hành chính hay quy định thêm các tình tiết giảm nhẹ mang tính đặc thù của xử lý vi phạm hành chính về hải quan… được nhiều doanh nghiệp đồng tình.
Việc ban hành Nghị định xử phạt vi phạm hành chính về hải quan và văn bản hướng dẫn thi hành đã giúp cơ quan Hải quan có công cụ pháp lý đủ mạnh để xử lý nghiêm các hành vi vi phạm trong lĩnh vực hải quan. Các quy định tại Nghị định rõ ràng hơn, minh bạch hơn, cụ thể hóa được nhiều hành vi trước đây có cách hiểu và
vận dụng chưa thống nhất; giải tỏa, tháo gỡ được vướng mắc lớn gây lúng túng cho các cấp hải quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong thời gian dài. Đồng thời, cũng đưa ra được những chế tài áp dụng xử phạt với hành vi mới phát sinh trong thực tiễn thực hiện nhiệm vụ của Ngành Hải quan.
Theo tổng kết Cục Điều tra Chống Buôn Lậu – Tổng Cục Hải Quan, tại Phụ lục 4, tình hình xử phạt vi phạm hải quan được thống kê như sau: