Mục tiêu của cơ chế thu tài chính của trường là tập trung thống nhất và tăng cường các nguồn thu, phát huy tính chủ động và trách nhiệm của các đơn vị trong phát triển các nguồn thu, từ đó từng bước tăng thu nhập cho giáo viên và góp phần tái đầu tư phát triển trường.
* Cơ cấu các nguồn thu
Từ khi chuyển sang trường tự chủ tài chính, cơ cấu nguồn thu của trường bao gồm:
- Nguồn kinh phí do ngân sách nhà nước cấp:
Năm 2008, do chuyển sang giai đoạn tự chủ, trường không được cấp kinh phí chi thường xuyên. Do vậy, kinh phí ngân sách nhà nước cấp chỉ chiếm khoảng 28% tổng thu của nhà trường. Trong đó, kinh phí ngân sách cấp cho chi không thường xuyên chiếm khoảng 19%, kinh phí ngân sách cấp cho nghiên cứu khoa học chiếm khoảng 8,7% và cấp cho đầu tư xây dựng cơ bản chiếm khoảng 67,5%.
- Nguồn thu sự nghiệp của nhà trường là chủ yếu, số liệu năm 2009 là khoảng 72%. Trong đó nguồn thu từ học phí, các loại phí và lệ phí xấp xỉ 64,7%; thu từ các hợp đồng đào tạo khoảng 15%; thu từ các đơn vị có thu chiếm khoảng 17%, thu khác chiếm khoảng 2,9%
Như vậy, nguồn thu sự nghiệp của trường hiện nay chiếm hơn 2/3 tổng thu của trường. Tuy nhiên nguồn thu chính trong thu sự nghiệp vẫn là học phí. Hiện nay, một trong những nguồn thu đang phát triển của trường là thu từ các đơn vị có thu trực thuộc trường và thu từ các hợp đồng đào tạo nghiên cứu. Nhà trường chưa tiếp cận được nguồn vốn đầu tư từ các tổ chức, doanh nghiệp và cá nhân trong xã hội ngoài các nguồn thu truyền thống. Nguyên nhân là do các doanh nghiệp không mặn mà với việc đầu tư vào các trường đại học khi mà hiệu quả đầu tư thấp, đặc biệt là đầu tư vào xây dựng cơ bản trong điều kiện nhà nước không cho phép chuyển đổi mục đích đầu tư.
* Quản lý nguồn thu của trường
Yêu cầu về quản lý các nguồn thu của trường là kinh phí ngân sách nhà nước cấp được quản lý theo luật ngân sách và các quy định hiện hành của nhà nước; các nguồn thu học phí, các loại lệ phí và các nguồn thu hợp pháp khác được quản lý thống nhất và tập trung theo các quy định hiện hành của Nhà nước và các quy định của Trường; nguồn thu từ các dự án được quản lý theo các thoả thuận tài trợ và các quy định của nhà nước.
Quản lý thu của trường hiện được tuân thủ theo những quy định sau: - Về nghĩa vụ đóng góp: Tất cả các đơn vị thuộc trường thực hiện các hoạt động có thu đều có trách nhiệm và nghĩa vụ đóng góp tài chính theo quy định của Trường. Mức đóng góp của các đơn vị có thu được quy định tuỳ theo nhiệm vụ, tính chất, đặc điểm hoạt động của trường. Nghĩa vụ của các đơn vị có thu được thực hiện theo quý và nộp về Phòng tài chính của trường. Các đơn vị khác thuộc trường thực hiện các hợp đồng hoặc liên kết đào tạo và tư vấn và nghiên cứu khoa học với các đơn vị bên ngoài đều phải trích nộp trường 2,5 đến 5% giá trị hợp đồng. Những bộ phận chức năng được tổ chức các hoạt động ôn thi tuyển sinh (trừ đại học chính quy) phải thực hiện nghĩa vụ đóng góp tài chính cho trường từ 15 đến 18% tổng thu. Các đơn vị có thu sử dụng diện tích làm việc phải đóng góp tài chính cho trường theo giá sử dụng mặt bằng đã quy định. Tất cả nguồn thu học phí của tất cả các hệ đào tạo chính quy, vừa học vừa làm, liên thông, tại chức, bằng 2, cao học, đào tạo quốc tế đều được thống nhất thu tại bộ phận tài chính của trường.
- Thúc đẩy và khuyến khích các nguồn thu:
Nhà trường khuyến khích các đơn vị, cá nhân tạo nguồn thu và phát triển nguồn thu. Theo quy định hiện nay, nguồn thu còn lại của các đơn vị sau khi chi cho các hoạt động theo định mức và đóng góp nghĩa vụ cho trường được dùng để tái đầu tư tăng cường trang thiết bị và đảm bảo các điều kiện khác cho đơn vị hoạt động. Các đơn vị có thu được miễn đóng góp tài chính cho trường trong năm đầu hoạt động.
- Kiểm soát thu của các đơn vị có thu:
Các đơn vị có thu phải thực hiện báo cáo kế hoạch hoạt động kèm theo kế hoạch tài chính hàng năm và báo cáo quyết toán tài chính hàng năm và
phải chấp hành việc kiểm tra tài chính và hướng dẫn công tác kế toán của trường. Các đơn vị này phải tổ chức hạch toán kế toán theo chức năng nhiệm vụ được giao và có hồ sơ sổ sách kế toán theo luật kế toán.