Quỏ trỡnh hỡnh thành và phỏt triển hệ hệ thống tự khai tự nộp cũng là quỏ trỡnh đổi mới quy trỡnh kiểm tra thuế cựng với hệ thống chi tiờu phõn tớch phục vụ cho lựa chọn đối tượng kiểm tra. Thực hiện cụng cuộc cải cỏch và hiện đại húa ngành thuế núi chung và cụng tỏc kiểm tra thuế núi riờng. Năm 2004 hoạt động kiểm tra, thực hiện theo quy trỡnh 1322/TCT-HTQT, năm 2005-2006 theo quy trỡnh 1166/QĐ-TCT. Đến năm 2007 Luật quản lý thuế cú hiệu lực từ ngày 1.7.2007 đó chi phối quy trỡnh thực hiện kiểm tra thuế năm 2007. Cỏc quy định về kiểm tra, thanh tra thuế của Tổng cục thuế trong giai đoạn này bao gồm cụng văn 530/TCT-TTr ngày 23.01.2007, Quyết định 528/QĐ-TCT ngày 29.5.2008 và quyết định 460/QĐ-TCT ngày 5.5.2009. Qua thực hiện kiểm tra, thuế theo cơ chế tự khai tự nộp tại Chi cục thuế Hạ Hoà đó cú những chuyển biến tớch cực so với cơ chế chuyờn quản khộp kớn trước đõy, cụ thế:
- Quy định rừ ràng hơn từng bước cụng việc gắn với trỏch nhiệm của từng bộ phận, từng người tham gia quy trỡnh đó tạo nờn sự chuyờn mụn húa trong cụng việc và phự hợp với trỡnh độ của từng cỏn bộ, hạn chế được tỡnh trạng thụng đồng giữa người nộp thuế và cỏn bộ thuế.
- Áp dụng kỹ thuật thu thập thụng tin, dữ liệu, phõn tớch, đỏnh giỏ rủi ro để lựa chọn chớnh xỏc hơn đối tượng cần kiểm tra thuế.
- Chỳ trọng khõu lập kế hoạch và chuẩn bị trước khi tiến hành kiểm tra nhằm đảo bảo việc kiểm tra tại cơ sở kinh doanh mất ớt thời gian, nguồn lực nhất và hiệu quả nhất.
- Tăng cường hoạt động kiểm soỏt, đỏnh giỏ chất lượng kiểm tra.
- Nõng cao vai trũ của Tổng cục thuế và Cục thuế trong việc lập kế hoạch kiểm tra phõn tớch rủi ro và chỉ đạo thực hiện kiểm tra theo cơ chế tự khai tự nộp. - Chuyển đổi từ cơ chế kiểm tra nhằm vào người nộp thuế sang cơ chế kiểm tra theo mức độ vi phạm về thuế, gian lận về thuế.
- Chuyển từ hoạt động kiểm tra chủ yếu tiến hành tại cơ sở kinh doanh sang kiểm tra chủ yếu tại cơ quan thuế nờn đó hạn chế trỡnh trạng gõy phiền hà cho người nộp thuế so với cơ chế chuyờn quản khộp kớn trước đõy.
- Chuyển từ kiểm tra toàn diện sang kiểm tra theo chuyờn đề, nội dung vi phạm