Nhận thấy được tầm qua trọng trong việc lập kế hoạch phát triển ngắn hạn cũng như dài hạn, TCTQLBVN đã xây dựng mục tiêu chiến lược đến năm 2020 và tầm nhìn đến năm 2030. Một số mục tiêu quan trọng hàng đầu được nêu ra dưới đây sẽ cho thấy được tổng quan về định hướng phát triển của Tổng công ty.
Mục tiêu chiến lược đầu tiên là phát triển năng lực điều hành bay của TCTQLBVN tới năm 2020, khi đó sẽ phải đáp ứng được lưu lượng hoạt động bay trong vùng FIR của Việt Nam nhiều hơn 2 lần so với năm 2010 ( từ 600,000 đến 800,000 chuyến); và tới năm 2030 mục tiêu đáp ứng lưu lượng hoạt động bay trong vùng FIR của Việt Nam nhiều gấp 3 lần so với năm 2010 ( từ 900,000 đến 1,200,000 chuyến), đồng thời bảo đảm chất lượng các dịch vụ bảo đảm hoạt động bay đạt được các tiêu chuẩn quốc tế được Cơ quan có thẩm quyền trong nước và ICAO công nhận.
Mục tiêu chiến lược thứ hai là tới năm 2020, TCTQLBVN sẽ đầu tư, xây dựng cơ sở vật chất, phương tiện kỹ thuật hiện đại, đầy đủ sao cho các dịch vụ bảo đảm hoạt động bay theo tiêu chuẩn quốc tế.
Mục tiêu chiến lược thứ ba là tới năm 2020, Tổng công ty sẽ hoàn thiện và phát triển hệ thống quản lý an toàn trong lĩnh vực quản lý bay sẽ đạt mức yêu cầu của các cơ quan có thẩm quyền trong nước và tương đương các hệ thống quản lý an toàn của các nước phát triển trong khu vực Đông Nam Á như Singapore, Thái Lan. Tới năm 2030, hệ thống quản lý an toàn của Tổng công ty phải đáp ứng tất cả các yêu cầu của Cộng đồng hàng không quốc tế và sẽ tương đương với các nước phát triển ở khu vực Châu Á - Thái Bình Dương như Nhật Bản, Hàn Quốc.
Mục tiêu chiến lược thứ tư là hoàn thiện mô hình quản trị doanh nghiệp với tư cách pháp nhân là Doanh nghiệp nhà nước, hoạt động độc quyền trong lĩnh vực cung cấp Dịch vụ điều hành bay, có các đơn vị thành viên được phân cấp tự chủ phù hợp về sản xuất kinh doanh.
doanh trong giai đoạn đến năm 2020, cụ thể như sau:
+ Tổng thu, tổng doanh thu tăng bình quân 7% - 10%/ năm + Tổng chi phí tăng 5% - 7%/ năm
+ Nộp NSNN tăng từ 7% - 10%/ năm
+ Thu nhập bình quân của người lao động tăng từ 6% - 8%/ năm