Bên cạnh những thành tựu, công tác phòng ngừa và hạn chế tổn thất trong quá trình nhập khẩu thuốc thú y từ thị trường Thái Lan của công ty Thú Y Xanh thì vẫn còn một số tồn tại. Đó là làm sao để đảm bảo nguồn hàng dự trữ trong kho luôn đáp ứng nhu cầu trong nước, nhận hàng đúng phẩm chất và đúng thời gian trong hợp đồng, giải quyết các rào cản phi thuế quan, giải quyết tranh chấp...
Thứ 1: vẫn còn tình trạng thiếu nguồn hàng cung ứng, phân phối cho người chăn nuôi trong nước trong những thời điểm dịch bệnh bùng phát, do bên bán không giao hàng đúng thời gian quy định. Nguồn thuốc phụ thuộc đáng kể bởi thời tiết, khí hậu, các mùa trong năm, có những thời điểm đối tác không gom đủ hàng để giao hàng cho công ty, lượng cầu tăng đột biến.
Bên cạnh đó thì thiếu vốn kinh doanh cũng gây ra tình trạng không có vốn nhập hàng. Nguyên nhân là lượng vốn năm ở người chăn nuôi, khi công ty cho người chăn nuôi mua chịu, trả tiền thuốc sau khi thu hoạch sản phẩm.
Thứ 2: mặc dù công ty đã có quan tâm đến việc đào tạo đội ngũ nhân viên nhưng khi thực hiện vẫn còn xảy ra những sai sót như việc nhân viên không tuân theo đúng hợp đồng, làm sai so với hợp đồng gây tổn thất cho công ty. Điều này là do công ty không xem xét các điều khoản trong hợp đồng do phía đối tác nêu ra. Nếu về phía công ty soạn thảo hợp đồng thì đội ngũ nhân viên cũng chưa thực sự am hiểu các điều khoản, khiến cho các điều khoản đưa ra còn thiếu chặt chẽ, có nhiều khe hở để cho đối tác dựa vào đó mà bắt phạt công ty phải bồi thường hợp đồng.
Thứ 3: trong quá trình tìm kiếm đối tác, công ty thường bị các điều khoản có lợi của đối tác đưa ra mà chủ quan không tìm hiểu kỹ hoạt động hiện nay của đối tác trên thị trường thế giới cũng như tình hình tài chính của họ. Vì thế công ty phải cảnh giác với những hợp đồng mà phía đối tác đưa ra có lợi qua cho mình.
Thứ 4: vì một trong những thị trường chính nhập khẩu lại là Thái Lan, một nước có rủi ro về chính trị khó dự đoán, vì đây là thị trường công ty có nhiều đối tác lâu năm và lượng thuốc ở thị trường khá là đáp ứng đầy đủ chủng loại thuốc. Vì là rủi ro khó kiểm soát, ngoài mong muốn nên dù đã có những biện pháp phòng ngừa nhưng hiệu quả mang lại không đáng kể.