Bên cạnh những lợi thế trong cạnh tranh, sản xuất và xuất khẩu gạo của Việt Nam đang còn nhiều yếu kém làm hạn chế khả năng cạnh tranh của gạo Việt Nam trên thị trường quốc tế.
Thứ nhất: Chúng ta chưa có một chiến lược xuất khẩu rõ ràng, nhất là chiến lược thị trường và chiến lược sản phẩm, chưa thiết lập được hệ thống thị trường và
bạn hàng lớn và ổn định. Tình trạng “bán tấm, bán món”, “bán qua trung gian”, tình trạng tranh bán ở thị trường nước ngoài vẫn còn xảy ra. Gạo Việt Nam đã có mặt hầu khắp Châu lục, tuy vậy số lượng gạo do các tổ chức Việt Nam trực tiếp ký kết với các thị trường còn chiểm tỷ lệ thấp mà số bán qua trung gian nước ngoài còn chiếm phần lớn, đặc biệt thị trường Châu Phi, nơi tiêu thụ khối lượng lớn thì hầu hết là do các công ty trung gian nước ngoài đứng ra tiêu thụ. Trên 100 công ty mua gạo của Việt Nam thì có tới 68% lượng gạo xuất khẩu vừa qua được thực hiện qua trung gian, chỉ có 5 thị trường nhập khẩu gạo trực tiếp của Việt Nam.
Việt Nam còn chưa ký được nhiều hợp đồng trực tiếp với các Chính phủ và chưa có hợp đồng ký dài hạn nên chưa thật đảm bảo vững chắc thị trường tiêu thụ gạo.
Thứ hai: Việc sản xuất lúa cho xuất khẩu còn thiếu một sự quy hoạch và kế hoạch cụ thể (vùng nào, địa phương nào, số lượng bao nhiêu, giống gì,...) gây khó khăn cho đầu tư thâm canh và thu mua xuất khẩu, sản phẩm sản xuất không đồng đều, khó đáp ứng nhu cầu thị trường. Người nông dân sử dụng giống với nhiều cấp chủng loại khác nhau như sử dụng chủng loại cấp 1, cấp 2, thậm chí nhiều nơi còn sử dụng cả thóc thịt làm giống, do không sử dụng các giống lúa đồng bộ cho nên chất lượng không đồng đều.
Thứ ba: Hệ thống chế biến, bảo quản phục vụ xuất khẩu còn nhiều yếu kém lại phân bố thiếu hợp lý, chất lượng chế biến gạo không cao và chi phí sản xuất tăng. Nhiều máy đã có tuổi thọ trên dưới 30 năm-công nghệ lạc hậu. Những máy công suất 15-30 tấn gạo/ca hầu hết là máy nội địa đã qua 15-20 năm sử dụng. Ở miền Bắc, kho tàng để bảo quản lúa gạo chủ yếu được xây dựng từ thời “hợp tác hoá”. Đến nay nhiều cơ sở đã xuống cấp nên việc đảm bảo các tiêu chuẩn bảo quản gặp nhiều khó khăn. Ở miền Nam, do thu hoạch trong mùa mưa (ở ĐBSCL), việc phơi sấy tự nhiên khó khăn, nên tỷ lệ hư hao lớn và chất lượng gạo bị giảm (gãy, nát). Để khắc phục tình trạng này, một số nông dân đã đưa máy sấy vào sử dụng nhưng nói chung còn rất hạn chế vì thiếu vốn. Ở khu vực ĐBSCL tổng số kho lương thực chỉ chứa được 1,2 triệu tấn. Trong đó kho quốc doanh 880.000 tấn, trong số đó chỉ có 62% sử dụng tương đối tốt, còn lại đã xuống cấp do lâu ngày không được sửa chữa, nâng cấp. Kho của các chủ khu vực, cơ sở xay xát chỉ tạm chứa 320.000 tấn trong thời gian ngắn, không đủ điều kiện bảo quản lúa gạo lâu ngày. Nếu sử dụng hết công suất các kho chỉ chứa được 6-7 triệu tấn lúa hàng hoá còn lại khoảng 2-3 triệu tấn lúa hàng hoá nằm ở trong dân hoặc chuyển đi nơi khác. Nhìn chung, việc cơ giới hoá quá trình thu hoạch lúa của ta còn hết sức hạn chế. Mặt khác kỹ thuật bảo quản của ta hiện nay vẫn không có gì thay đổi nhiều so với những năm của thập kỷ 60.