Việc sử dụng tư liệu của Chuyên gia theo Chuẩn mực kiểm toán số 620 chưa được phổ biến. Chẳng hạn, một Công ty kiểm toán ở Châu Âu thông thường gởi thư xin ý kiến Chuyên gia chiếm đến 50% số bằng chứng kiểm toán cần thu thập nhưng tại VN, các Cty kiểm toán số thư gởi xin ý kiến Chuyên gia chỉ chiếm khoảng 5%. Đây là một hạn chế do chưa quen tư vấn của DN kiểm toán VN.
Mặt khác, việc xem xét hồ sơ kiểm toán của Kiểm toán viên năm trước thuộc Công ty kiểm toán khác theo Chuẩn mực kiểm toán năm đầu tiên - số dư đầu năm tài chính hoặc trường hợp phải tiếp xúc với Kiểm toán viên năm trước của Công ty kiểm toán khác theo Chuẩn mực Thông tin có tính so sánh là điều tế nhị, rất hiếm khi được Công ty kiểm toán VN áp dụng. Bởi vì, hiện nay trong nhiều trường hợp, việc thay đổi Công ty kiểm toán không phải do Công ty kiểm toán từ chối khách hàng mà có thể do thủ thuật cạnh tranh không lành mạnh bằng hạ gía phí của Công ty kiểm toán mới mà người trong nghề cần lên án.
Ngoài ra, Hệ thống Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam cũng còn có một số hạn chế sau: Thứ nhất: Đã lạc hậu so với thế giới.
Chuẩn mực kiểm toán quốc tế ISA có 2 bộ:
• Chuẩn mực kiểm toán quốc tế cũ: ISAs (UK & Ireland) do Hiệp hội thực hành kiểm toán(APB) ban hành áp dụng đối với các cuộc kiểm toán báo cáo tài chính bắt đầu từ 15/12/2004 đến 15/12/2009
• Chuẩn mực kiểm toán quốc tế mới: ISAs do liên đoàn kế toán quốc tế ban hành (IFAC) được Ban chuẩn mực kế toán và kiểm toán quốc tế (IAASB) thông qua áp dụng đối với các cuộc kiểm toán báo cáo tài chính bắt đầu từ 15/12/2009.
Chuẩn mực kiểm toán quốc tế được sửa đổi bao gồm 36 chuẩn mực trong đó có một chuẩn mực mới ISA 265 liên quan đến việc trao đổi với Ban Giám đốc về những thiếu sót của hệ thống kiểm soát nội bộ, 16 chuẩn mực được sửa đổi và thêm các yêu cầu mới, 19 chuẩn mực đã được chỉnh sửa để áp dụng các quy ước mới và phản ánh rõ ràng những vấn đề chung. Tất cả các chuẩn mực được thống nhất theo hình thức, kết cấu mới thống nhất cho toàn bộ chuẩn mực.
Thế nhưng những chuẩn mực kiểm toán đang sử dụng tại Việt Nam hiện nay lại được nghiên cứu và soạn thảo dựa trên chuẩn mực kiểm toán quốc tế cũ, chưa có sự đổi mới cho kịp với quốc tế. Theo đánh giá của một số chuyên gia của các tổ chức tài chính quốc tế (như WB, ADB,...) và thực tế đúng như vậy: Hệ thống Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam ban hành từ năm 1999 đến 2005 đã bị lạc hậu, chưa được cập nhật kịp thời với Hệ thống Chuẩn mực kiểm toán Quốc tế đã thay đổi, do vậy phần
nào ảnh hưởng đến độ tin cậy của các thông tin được kiểm toán trên cơ sở các Chuẩn mực kiểm toán chưa cập nhật.
Vì vậy, yêu cầu đặt ra trước mắt là cần thiết phải cập nhật Hệ thống 38 Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam cho phù hợp với Hệ thống Chuẩn mực kiểm toán Quốc tế đã thay đổi và thực tế nền kinh tế thị trường Việt Nam đã phát triển mạnh mẽ trong những năm qua nhằm đạt được sự công nhận của quốc tế về chất lượng thông tin đã được kiểm toán, nhất là trong điều kiện các nhà đầu tư nước ngoài đang quan tâm đến đầu tư vốn vào thị trường tài chính, thị trường chứng khoán Việt Nam hiện nay cũng như sắp tới.
Thứ hai: Các chuẩn mực chưa thực sự phù hợp với thực trạng của nền kinh tế.
Đất nước còn đang phát triển với nền kinh tế chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, khu vực công chiếm một bộ phận khá lớn trong nền kinh tế nên việc thay đổi, xem xét bổ sung những giải thích rõ ràng về các yêu cầu và thủ tục áp dụng để phù hợp với nền kinh tế còn non kém như chúng ta là điều vô cùng cần thiết.
Các quy trình, chuẩn mực, quy định về kiểm soát chất lượng kiểm toán của cả ba phân hệ kiểm toán mặc dù đã được chú trọng xây dựng và ban hành nhưng còn thiếu đồng bộ đã ảnh hưởng nhất định đến chất lượng hoạt động kiểm toán.
Thứ ba: Các chuẩn mực không liên kết chặt chẽ với nhau:
Sự lạc hậu tương đối trong nội dung mỗi chuẩn mực, sự thiếu đồng bộ, thiếu liên kết, giữa các phần trong một chuẩn mực và giữa các chuẩn mực với nhau dẫn đến sự mất dần tác dụng của Hệ thống chuẩn mực kiểm toán Việt Nam cũng như sự ảnh hưởng đến độ tin cậy của các thông tin được kiểm toán trên cơ sở chuẩn mực chưa được cập nhật, bổ sung và hoàn thiện này.
Thứ tư: Chưa có các chuẩn mực cụ thể cho ngành ngân hàng, chứng khoán. Trên thị trường chứng khoán, việc minh bạch thông tin của các doanh nghiệp niêm yết có tác động quan trọng đến việc ra quyết định của nhà đầu tư. Nhà đầu tư không thể tự kiểm tra, đánh giá báo cáo tài chính của doanh nghiệp niêm yết, nên họ đặt trọn niềm tin vào các kiểm toán viên và công ty kiểm toán. Thế nhưng trên thực tế, với những thủ tục, hướng dẫn chung chung của các chuẩn mực kiểm toán, việc kiểm toán các công ty niêm yết trên thị trường chứng khoán gặp rất nhiều khó khăn.
Cụ thể, Bộ Tài chính cần sớm ban hành văn bản hướng dẫn việc trích lập dự phòng giảm giá chứng khoán đối với các công ty chứng khoán, công ty quản lý quỹ được thành lập và hoạt động theo quy định của Luật Chứng khoán; Cần có quy định thống nhất trong việc xử lý chênh lệch tỷ giá theo hướng dựa vào Chuẩn mực kế toán Việt Nam số 10. Trong trường hợp vẫn giữ Thông tư 201/2009/TT-BTC thì cần hướng dẫn cụ thể hơn việc phân bổ chênh lệch tỷ giá đối với khoản nợ dài hạn có gốc ngoại tệ tại thời điểm cuối năm tài chính; hiện nay việc xử lý chênh lệch tỷ giá tại các doanh nghiệp niêm yết đang có sự khác nhau.
Cần quy định việc trích lập dự phòng đối với cổ phiếu OTC trong trường hợp hầu như không có giao dịch theo hướng dựa trên giá trị sổ sách của doanh nghiệp tại thời điểm gần nhất với thời điểm lập báo cáo tài chính, tránh việc kiểm toán độc lập đưa ra ý kiến, ngoại trừ đối với khoản đầu tư của doanh nghiệp niêm yết vào cổ phiếu này.
Đối với lĩnh vực Ngân hàng, thời gian qua, độ tin cậy về kết quả kiểm toán độc lập báo cáo tài chính của Ngân hàng thương mại Việt Nam chưa cao. Vì:
- Yếu tố rủi ro tiềm tàng trong hoạt động Ngân hàng thương mại Việt Nam khá cao. Chẳng hạn như mối quan hệ ngang dọc phức tạp của các Ngân hàng trong hệ thống Ngân hàng.
- Yếu tố rủi ra kiểm soát: nằm ngay trong hoạt động của mỗi Ngân hàng thương mại. Đó chính là những hạn chế trong hệ thống kiểm soát nội bộ của Ngân hàng thương mại.
- Yếu tố rủi ro phát hiện: nằm ngay tại chính trong hoạt động kiểm toán của Công ty kiểm toán độc lập. Do sự cạnh tranh không lành mạnh của các công ty kiểm toán bằng cách hạ giá phí đã gián tiếp ảnh hưởng đến chất lượng của báo cáo kiểm toán. Do giá phí kiểm toán cắt giảm, để đảm bảo lợi nhuận trong kinh doanh các công ty kiểm toán bắt buộc phải cắt giảm thời gian kiểm toán, cắt giảm thủ tục kiểm toán số lượng các bằng chứng kiểm toán bị thu hẹp... Đội ngũ kiểm toán viên mỏng và yếu về nghiệp vụ; chưa có chuyên kiểm toán cho các ngân hàng...
Vì vậy, Hệ thống chuẩn mực kiểm toán Việt Nam nên có những quy định, hướng dẫn cụ thể dành riêng cho lĩnh vực đó. Vì đây là một lĩnh vực kinh doanh đặc
biệt, và ảnh hưởng rất lớn đối với ngành kinh tế của một quốc gia. Cần giảm bớt những nội dung quản lý chi tiết quá – chỉ nên ban hành các nguyên tác, chuẩn mực và sự hướng dẫn.
Thứ năm: Chưa có những qui định cụ thể về việc xử lí vi phạm: