Vệ sinh phòng bệnh nhằm nâng cao sức đề kháng không đặc hiệu cho đàn lợn. Cùng với việc vệ sinh thức ăn, nước uống, vệ sinh thân thể cho lợn thì việc tạo bầu tiểu khí hậu chuồng nuôi thuận lợi cho lợn là một việc rất quan trọng.
Trại lợn giống siêu nạc Thanh Mỹ - Sơn Tây – Hà Nội là một trại lợn có trang thiết bị hiện đại, thiết kế phù hợp với việc vệ sinh thú y. Hai bên đường vào khu chăn nuôi là hệ thống ao thả cá, do đó chỉ có một đường duy nhất vào khu chăn nuôi trên đường này có hố vôi tiêu độc xe ôtô.
Khi công nhân vào khu nuôi lợn đều phải sát trùng tại nhà sát trùng và thay quần áo. Quần áo bên ngoài không được mang vào khu chuồng nuôi lợn và ngược lại, quần áo lao động trong khu chuồng nuôi không được sử dụng bên ngoài.
Ở trong các chuồng nuôi được vệ sinh sạch sẽ, chuồng được định kỳ tiêu độc bằng Biocid vào đầu giờ chiều hàng ngày, pha Biocid với tỷ lệ 1,5 ml Biocid trên 1 lít nước sạch, phun vào không khí, sàn chuồng, xung quanh trại. Các hành lang giữa các dãy chuồng thường xuyên được rắc vôi bột. Gầm chuồng thường xuyên được xịt rửa vào mùa hè, và 2 ngày xịt rửa một lần vào mùa đông.
Các ô chuồng nuôi lợn cai sữa, sau khi bán lợn con, lợn mẹ được chuyển sang chuồng nuôi lợn mang thai. Các tấm đan chuồng này được tháo ra, mang ra ngâm ở hố sát trùng bằng dung dịch NaOH 10%, ngâm trong 1
ngày, sau đó được cọ sạch, phơi khô. Khung chuồng cũng được cọ rửa sạch bằng xà phòng, sau đó được xịt dung dịch sát trùng Biocid, nền chuồng được dội rửa bằng nước vôi. Sau khi sát trùng kỹ, rửa sạch những tấm đan chuồng tiến hành lắp đan. Sau khi lắp xong các tấm đan, tiến hành phun vôi lên các tấm đan, để khô sau 1 ngày thì đưa lợn chờ đẻ vào.
Hệ thống chuồng nuôi lợn của trại được thiết kế là hệ thống chuồng kín, do đó thuận lợi cho việc tạo bầu tiểu khí hậu thuận lợi cho lợn phát triển. Nhiệt độ trong chuồng được điều tiết nhờ hệ thống giàn mát ở đầu chuồng, hệ thống quạt ở cuối chuồng và hệ thống bóng đèn.