Luật kiểm toán nhà nước như điều 13, 15, 44... chưa quy định cụ thể hoặc rõ ràng nên dẫn đến nhận thức của các cấp, các ngành, công chúng và xã hội nói chung về vị trí, vai trò và chức năng, nhiệm vụ của KTNN chưa đầy đủ và toàn diện, thậm chí còn có nhận thức sai lệch, không đúng đắn về vị trí pháp lý, tổ chức và hoạt động KTNN. Nhiệm vụ của KTNN chưa bao quát hết đối với việc kiểm tra, kiểm soát mọi nguồn lực tài sản công; chưa thực hiện kiểm toán việc quản lý và sử dụng vốn và tài sản nhà nước tại các doanh nghiệp mà Nhà nước không giữ cổ phần chi phối; chưa thực hiện kiểm toán nghĩa vụ thu nộp NSNN của các tổ chức kinh tế thuộc mọi thành phần kinh tế. Cần nhiệm vụ của KTNN chưa bao quát hết đối với việc kiểm tra, kiểm soát mọi nguồn lực tài sản công; chưa thực hiện kiểm toán việc quản lý và sử dụng vốn và tài sản nhà nước tại các doanh nghiệp mà Nhà nước không giữ cổ phần chi phối; chưa thực hiện kiểm toán nghĩa vụ thu nộp NSNN của các tổ chức kinh tế thuộc mọi thành phần kinh tế.
Mô hình, tổ chức của Kiểm toán Nhà nước hiện nay là tập trung, thống nhất, hoạt động của Kiểm toán Nhà nước bảo đảm tính độc lập cao. Tuy nhiên, qua thực tiễn hoạt động đã nảy sinh những bất cập sau:
- Về tên gọi của các KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực và chức danh Kiểm toán trưởng chưa tương thích với tên gọi của tổ chức và chức danh tương đương trong hệ thống tổ chức bộ máy nhà nước, dễ gây ra sự hiểu lầm; nhiều đơn vị được kiểm toán thường không hiểu chức danh kiểm toán trưởng,
toán trưởng.
- Luật KTNN hiện hành chưa quy định về nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của người đứng đầu KTNN chuyên ngành và KTNN khu vực trong chỉ đạo và tổ chức hoạt động kiểm toán
Ngoài ra do Luật KTNN chưa quy định nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực trong hoạt động kiểm toán, dẫn đến cách hiểu chưa thống nhất và chưa đúng về trách nhiệm của Kiểm toán trưởng, Trưởng Đoàn kiểm toán trong việc thu thập thông tin phục vụ cho việc ra quyết định kiểm toán; khảo sát, thu thập thông tin lập kế hoạch kiểm toán của cuộc kiểm toán.
Thêm vào đó, nhiều báo cáo kiểm toán co giá trị pháp lý chưa cao, do còn mộ số sai sót trong quá trình kiểm toán, trình độ kiểm toán viên chưa cao hoặc là do luật chưa cụ thể. Chưa có các quy định về chế tài đối với các hành vi vi phạm Luật KTNN của đơn vị được kiểm toán và của tổ chức, cá nhân có liên quan. Bên cạnh đó ta thấy trình độ kiểm toán viên của kiểm toán nhà nước Việt Nam vẫn còn chưa cao, so với quốc tế thì vẫn còn thấp, các bằng cấp, chứng chỉ về kiểm toán chưa có giá trị cao so với các nước trên thế giới.