2.2.1.1. Trước năm 2006
Trước năm 2006 thì kiểm toán nhà nước Việt Nam trực thuộc Chính phủ, là công cụ kiểm tra tài chính công cao nhất của Nhà nước. Kiểm toán nhà nước có 16 tổ chức giúp Tổng kiểm toán thực hiện chức năng, nhiệm vụ, trong đó 11 kiểm toán nhà nước ở trung ương và 5 kiểm toán nhà nước ở khu vực cùng với 3 tổ chức sự nghiệp, 680 cán bộ, công chức trong biên chế. Mô hình tổ chức bộ máy kiểm toán nhà nước trước năm 2006 như sau:
do Thủ tướng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức; chịu trách nhiệm trước Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về hoạt động của Kiểm toán nhà nước. Tổng kiểm toán có nhiệm vụ và quyền hạn:
• Lãnh đạo, quyết định, chịu trách nhiệm về công việc của kiểm toán nhà nước, được tham dự những phiên họp của Chính phủ về phân bổ,quyết toán ngân sách nhà nước và những vấn đề có liên quan tới hoạt động của kiểm toán nhà nước.
• Chịu trách nhiệm về chất lượng, nội dung các văn bản pháp quy do kiểm toán nhà nước soạn thảo trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, chỉ đạo chiến lược, quy hoạch phát triển của kiểm toán nhà nước sau khi được phê duyệt.
• Trình Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các tổ chức thuộc cơ cấu tổ chức của kiểm toán nhà nước, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của các tổ chức đó.
• Quyết định và tổ chức thực hiện các biện pháp nhằm tăng cường kỉ luật, kỉ cương hành chính trong hoạt động kiểm toán nhà nước, chống tham nhũng, lãng phí, mọi biểu hiện quan liêu, hách dịch, cửa quyền của cán bộ, công chức, viên chức thuộc kiểm toán nhà nước.
• Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật Giúp việc cho Tổng kiểm toán nhà nước có các phó tổng, và các phó tổng này do Thủ tướng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo đề nghị của Tổng kiểm toán nhà nước. Phó tổng kiểm toán được Tổng kiểm toán phân công cho một số mặt công tác và chịu trách nhiệm trước Tổng kiểm toán về nhiệm vụ mình được phân công. Khi Tổng kiểm toán vắng mặt thì phó tổng kiểm toán được Tổng kiểm toán ủy nhiệm sẽ lãnh đạo công việc của kiểm toán nhà nước.
Các bộ phận trong kiểm toán nhà nước Việt Nam được thành lập và quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức theo quyết định của Tổng kiểm toán và điều này đã được cụ thể hóa trong quyết định của Tổng kiểm toán nhà nước ngày 1/3/2004.