Cây phát sinh chủng loại là một sơ đồ mơ tả mối quan hệ tiến hố giữa các loài, được xây dựng dựa trên sự giống và khác nhau các đặc điểm vật chất di truyền hay cơ thể. Trong nghiên cứu này là sự giống và khác nhau về cấu trúc DNA giữa các loài. Các taxa được nối với nhau trên cây thể hiện mối quan hệ di truyền giữa chúng, khoảng cách càng lớn, mối quan hệ di truyền càng xa và ngược lại. Trên cây có rễ mỗi nút bên trong cây đại diện cho một loài tổ tiên chung. Giả định nút gần nhất với rễ là loài khởi điểm, các nút còn lại được toả ra từ nút này được gọi là con cháu. Mỗi một nút được gọi là một đơn vị phân loại, các nút trong cây được gọi là các đơn vị phân loại giải thiết. Độ dài của cành cây mô phỏng thời gian tiến hố. Cây khơng rễ là cây khơng có điểm khởi đầu, do đó nó khơng tái dựng lịch sử tiến hố của các lồi. Cây không rễ chỉ cho biết mối quan hệ họ hàng giữa các lồi hiện tại. Có 4 phương pháp tạo cây bao
gồm: (1) phương pháp Neighbor – Joining (NJ), (2) phương pháp Minimum Evolution, (3) phương pháp Maximum Parsimony và (4) phương pháp UPGMA,\. Khoảng cách di truyền giữa các loài cũng được ước lượng thông qua độ dài của cành cây.
Dữ liệu DNA sau khi thực hiện ghép nối, xắp xếp thẳng hàng (alignment) được tạo cây tiến hoá bằng phần mềm MEGA 4.0, sử dụng phương pháp Maximum Parsimony (MP) với các thơng số phân tích như sau:
- Kiểm tra phân tích: kiểm tra bằng giá trị bootstrap với số lần lặp lại (replicate) là 1000 lần.
- Dữ liệu thiếu/ khoảng trống nucleotide (do đột biến thêm bớt tạo ra): được xoá bỏ theo cặp (pairwise deletion).
- Mơ hình đột biến: mơ hình Maximum composite Likelihood với số lượng đột biến được tính bao gồm cả đột biến hốn đổi (A↔T, G↔C) và hoán vị (A↔C, A ↔ G, T ↔ C, T↔ G). Giả thuyết sự giống nhau giữa các loài là giống nhau (sự giống nhau giữa hai trình tự DNA con cháu được di truyền từ cùng một tổ tiên được gọi là sự giống nhau “homogeneous”, sự giống nhau này nếu được di truyền từ 2 tổ tiên khác nhau được gọi là sự giống nhau chất (homoplasious), tốc độ đột biến coi như không đổi theo thời gian.