Để phân tích định tính trong việc thu nhận mẫu acid nucleic và kiểm tra sản phẩm PCR phải tiến hành chạy điện di.
Nguyên tắc
Dựa vào đặc tính cấu trúc của các acid nucleic. Đó là các đại phân tử tích điện âm đồng đều trên khắp bề mặt nên khi chịu tác động một điện trường, chúng sẽ di chuyển về cực dương của điện trường. Tính linh động của các phân tử acid nucleic phụ thuộc vào hai yếu tố chính : khối lượng phân tử và nồng độ các chất thành gel. Ngoài ra, cấu hình của phân tử cũng ảnh hưởng đến khả năng di động. [5]
Chế tác gel agarose
1. Cân 0.5g agarose pha vào 50ml dung dịch TBE 1X trong một bình tam giác.
2. Gia nhiệt bằng cách hấp vài phút trong lò vi sóng đến khi agarose tan hoàn toàn.
3. Đợi đến khi agarose đạt đến 50 – 600C (tay chạm vào được), cho vào gel 10µl EtBr.
4. Rót gel vào khuôn đã được chắn 2 đầu bằng kẹp, đã cài sẵn lược và đặt trên mặt phẳng.
5. Chờ đến khi gel rắn hoàn toàn thì cẩn thận tháo lược ra khỏi gel.[5]
Điện di DNA trên gel agarose
1. Tháo gel ra khỏi kẹp, đặt khuôn gel trong chậu điện di ngang, rót dung dịch đệm TBE 1X vào cho ngập gel, đầu có lỗ lược nằm ở phía cực âm.
2. Pha 10µl dung dịch DNA mẫu cần điện di với 2µl dung dịch tải mẫu (loading dye) 5X.
3. Dùng micropipette hút mẫu DNA bơm vào giếng.
4. Bật điện một chiều để thực hiện điện di. Hiệu điện thế điện di khoảng 150V, cường độ dòng điện 100mA , thời gian 30 phút. [5]
Kiểm tra băng DNA
Sau khi điện di, các băng DNA được phát hiện bằng cách soi bản gel trên máy soi tử ngoại.