Cùng các đơn vị khác, sau khi đi vào hoạt động công ty đã tiến hành nghiên cứu và áp dụng luật thuế GTGT vào hoạt động sản xuất kinh doanh. Do những ưu điểm của thuế GTGT mà công tác thuế nói chung và công tác thuế GTGT nói
riêng đơn giản, rõ ràng, khoa học hơn. Nhưng do sự vận động không ngừng của thực tiễn trong khi chế độ chính sách lại áp dụng trong một thời gian nên công tác kế toán có lúc gặp khó khăn, còn có những tồn tại hạn chế. Kế toán thuế không nằm ngoài quy luật đó. Đặc biệt thuế GTGT là một luật thuế mới đang trong thời kỳ tìm tòi để tìm ra cách quản lý tối ưu nhất. Vì vậy Công Ty TNHH YAA còn mắc phải những hạn chế sau:
+ Một là: Do công ty phải theo dõi, kê khai, nộp thuế và nhiều loại thuế khác nhau nên công tác kế toán thuế của công ty trở nên phức tạp hơn, khi nhân viên kế toán trong công ty cùng lúc phải kiêm nhiệm nhiều phần hành kế toán, đôi lúc dẫn đến việc chồng chéo, chậm trễ trong công tác ghi sổ kế toán.
+ Hai là: Công ty với hoạt động bán hàng là chủ yếu nên thường xuyên phải áp dụng các hình thức chiết khấu để thu hút khách hàng. Tuy nhiên trên hóa đơn bán hàng hay hóa đơn GTGT hiện nay của doanh nghiệp chỉ ghi rõ tổng giá thanh toán mà không ghi rõ phần chiết khấu thương mại người dùng được hưởng, như vậy việc ghi thiếu đã không phản ánh được hết nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh
+ Ba là: Nhiều những thay đổi bổ sung liên quan đến thuế GTGT nhiều khi không được nhân viên kế toán của công ty kịp thời cập nhật như những thay đổi về mẫu tờ khai thuế GTGT hàng tháng, quyết toán thuế năm,… nên đã dẫn đến tình trạng đến kỳ đi nộp thuế nhân viên kê khai thuế và nộp thuế không được cơ quan thuế chấp nhận.
+ Bốn là: Có những nghiệp vụ phát sinh được ghi nhận chưa phù hợp với từng kỳ. Ví dụ trong việc ghi nhận số thuế GTGT đã nộp, kế toán hạch toán số thuế GTGT đã nộp kỳ nào là số thuế phát sinh phải nộp tronh kỳ đó. Vì vậy mà số thuế GTGT còn phải nộp đầu kỳ và số thuế còn phải nộp cuối kỳ đều bằng 0.
Nhìn chung công tác kế toán thuế GTGT tại Công Ty TNHH Công Nghệ Thương Mại TECHCOM là tương đối khoa học hiệu quả. Do những nguyên nhân khách quan và cũng như chủ quan mà công tác kế toán thuế nói chung và công tác thuế GTGT nói riêng vẫn còn những tồn tại hạn chế. Mặc dù những hạn
chế này không lớn, không ảnh hưởng nghiêm trọng nhưng nếu khắc phục sẽ góp phần hoàn thiện công tác kế toán nói chung và kế toán thuế GTGT nói riêng.