Hiện nay, quản lý Nhà nước đối với khu vực DNNVV là lĩnh vực khó khăn và phức tạp. Thực trạng đã qua cho thấy còn nhiều vấn đề bất cập và đó cũng chính là nguyên nhân hạn chế sự phát triển của DNNVV. Trước hết do các chính sách kinh tế vĩ mô chưa đồng bộ, tạo sự bất bình đẳng giữa khu vực kinh tế tư nhân và kinh tế Nhà nước. Chẳng hạn như chính sách về đất đai, tín dụng, thuế, thị trường. Về mặt luật pháp, mặc dù hiến pháp quy định các thành phần kinh tế bình đẳng nhưng vẫn tồn tại nhiều luật khác nhau để điều chỉnh các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế khác nhau như DNNN có luật DNNN, DNTN có luật Doanh nghiệp… Hiện nay, Nhà nước đã từng bước điều chỉnh thống nhất bằng một luật nhằm quản lý tất cả các thành phần kinh tế. Theo đó, DNNN đã bị xoá bỏ các đặc quyền và bình đẳng như những doanh nghiệp khác trong các lĩnh vực sản xuất kinh doanh. Tuy nhiên, sự thay đổi này còn quá sớm để biết được tác dụng của nó sẽ như thế nào trong tương lai.
Ngoài ra có thể thấy Việt Nam chưa phát triển mạnh hệ thống các tổ chức, dịch vụ hỗ trợ DNNVV, cũng như các chính sách hỗ trợ ưu đãi của Nhà nước cho khu vực này. Các dịch vụ và chính sách hiện nay của Nhà nước vẫn còn mới mẻ, hoạt động yếu kém dẫn đến hiệu quả chưa cao. Các tổ chức tín dụng còn thụ động trong tiếp cận, nắm bắt, phân tích hoạt động của DNNVV. Chính sách khách hàng chưa rõ, chưa sát thể hiện trong quy định về xếp loại khách hàng, về cho vay, lãi suất, đều chưa có các quy định cụ thể theo từng phân khúc thị trường. Sản phẩm cho DNNVV còn đơn điệu, hạn chế. Hơn nữa, các quy định của pháp luật về thủ tục cầm cố thế chấp, về xử lý tài sản đảm bảo chưa rõ ràng, đồng bộ, chưa tạo điều kiện thuận lợi cho các ngân hàng trong quá trình thực hiện. Đây chính là một trong những vấn đề quan trọng cần khắc phục để giải bài toán huy động vốn cho DN. Bên cạnh các chính sách tài sản thế chấp khắt khe, các thủ tục hành chính phức tạp, thì bản thân các ngân hàng chưa thực sự có những chính sách ưu tiên cụ thể đối với các DNNVV hoặc nếu có, thì đó mới chỉ dừng lại trên giấy tờ, chính sách chung chung. Tâm lý các ngân hàng cũng không
muốn cho vay những dự án nhỏ lẻ, phân tán, khó quản lý, đặc biệt là đối với các doanh nghiệp nhỏ mới thành lập, chưa có lịch sử tín dụng rõ ràng với ngân hàng. Đối với những doanh nghiệp đã sử dụng hình thức thuê tài chính, có thể thấy đánh giá của phần lớn các doanh nghiệp về điểm bất lợi của hình thức thuê tài chính so với vay vốn ngân hàng là chi phí sử dụng, trong khi hình thức này lại được nhận định là có lợi hơn về điều kiện thế chấp. Mặt khác, mạng lưới hoạt động của công ty CTTC còn hạn hẹp, toàn hệ thống chỉ có 11 công ty và trụ sở chỉ tập trung ở các thành phố lớn. Mặc dù có một số công ty đã mở các chi nhánh nhưng rất hạn chế. So với mạng lưới rộng khắp của ngân hàng thương thì mạng lưới của các công ty CTTC quá mỏng. Do vậy, hoạt động của công ty chưa thể đáp ứng rộng rãi nhu cầu vốn trong xã hội nhất là vốn trung, dài hạn. Có nhiều đối tượng muốn mở rộng hoặc chuyển đổi mô hình sản xuất mà không có điều kiện vay vốn ngân hàng, muốn được nhận phương thức tài trợ này nhưng lại ở những nơi mà ngành kinh doanh này chưa vươn tới. Ngoài ra, hoạt động của các công ty CTTC trên thực tế còn có những tồn tại nhất định, những vướng mắc trong việc thực hiện các thể lệ, quy định trong các văn bản pháp quy.