Chăn nuôi có thể là một nguồn truyền bệnh cho con người và sinh vật. Ngày nay các bệnh môi trường do chăn nuôi đang là thách thức lớn làm giảm giá trị kinh tế sản xuất ngành chăn nuôi. Trại nghiên cứu thải trực tiếp chất thải nguồn nước chăn nuôi thủy sản, mầm bệnh được tích trữ qua các động vật thủy sinh. Khi con người ăn phải các động vật này sẽ bị nhiễm bệnh hoặc tiếp xúc trực tiếp với nước hồ. Ngoài ra hồ nước lại nối với hệ thống kênh mương thoát nước theo nhiều hướng khác nhau đồng thời mang các loài sinh vật gây
bệnh và dịch bệnh phát tán ra môi trường rộng hơn. Theo nghiên cứu của các nhà khoa học, hầu hết các bệnh dịch đều xuất phát từ hệ thống chăn nuôi và lan truyền thông qua các yếu tố trung gian như môi trường không khí, nguồn nước, quá trình sử dụng chất thải gia súc như phân bón trên đồng ruộng hay làm thức ăn cho cá như trang trại đang nghiên cứu. Khi nước thải chăn nuôi thâm nhập vào các nguồn nước chúng làm thay đổi thành phần và tính chất của nước gây bất lợi cho việc sử dụng nguồn nước trong các mục đích sinh hoạt và sản xuất của con người, đặc biệt là những người sống xung quanh trại chăn nuôi.
Trong thực tế của trang trại nghiên cứu thì nguồn nước tiếp nhận chất thải trực tiếp chính là hồ, các kênh mương thoát nước lân cận . . . Mức độ ô nhiễm các nguồn nước này phụ thuộc vào khối lượng nước thải, khả năng chịu tải và tự làm sạch của hồ, lượng nước pha loãng hay tác động của các nguồn gây ô nhiễm khác.
Từ các số liệu điều tra thực tế tại trại nghiên cứu, mức độ ảnh hưởng của chất thải trang trại tới môi trường đất, nước và không khí xung quanh trang trại đang rất nhiều vấn đề đáng quan tâm. Một trong số những vấn đề đặt ra ở đây đó là nguồn chất thải đang ngày càng tăng nhanh gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường.
Như vậy, công tác quản lý và xử lý chất thải tại trang trại chăn nuôichưa đạt yêu cầu, ý thưc và trình độ hiểu biết về chất thải chăn nuôi của người chăn nuôi còn nhiều hạn chế. Chưa có cán bộ chuyên trách về môi trường. Các hệ thống xử lý chất thải chăn nuôi của trang tại chưa đáp ứng được với lượng chất thải tạo ra, lượng lớn các chất thải không được xử lý đúng mức làm ô nhiễm môi trường tại khu vực đã trở lên báo động. Cần thiết phải có các biện pháp khắc phục.