Các chất diệt khuẩn thường dùng nhất là phenol và các hợp chất của phenol, các ancohol, halogen, kim loại nặng, H2O2, các thuốc nhuộm, xà phòng và các chất tẩy rửa tổng hợp của các muối amon bậc bốn.
Phenol được dùng ở dạng dung dịch nước để xát trùng các dụng cụ bị nhiễm khuẩn. Tùy theo nồng độ mà phenol có tác dụng diệt khuẩn hay ức khuẩn. Hoạt tính của phenol bị
giản trong môi trường kiềm và có mặt chất hữu cơ. Trái lại tăng lên khi có mặt muối. Bào tử của vi sinh vật kháng với tác dụng của phenol. Một số dẫn suất của phenol như crezol và các hợp chất của phenol vàhexaclorefen có hoạt tính mạnh hơn phenol. Hexaclorefen
được dùng phối hợp với xà phòng để sát trùng da. Phenol và crezol tác dụng chủ yếu lên các lớp màng tế bào, phá hoại tính bán thấm của tế bào chất và làm biến tính protein.
Etanol thường được dùng để xác trùng da. Etanol không có tác dụng với bào tử. Metanol có tác dụng diệt khuẩn kém hơn etanol. Tác dụng diệt khuẩn của ancohol tăng theo sự
tăng sinh khối phân tử. Các ancohol có khối lượng phân tử cao hơn thường khó tạo hỗn hợp trong nước nên không thể dùng để sát trùng. Propilancohol và izopopanol ở nồng độ
40-80% được dùng để sát trùng da. Ancohol tác dụng bằng cách gây đông tụ protein. Nhưng ancohol dưới nồng độ cao khử nước mạnh, do đó rút nước khỏi tế bào, cản trở sự
xâm nhập của ancohol vào trong tế bào vì vậy chỉ có tác dụng ức khuẩn (etanol 70% có tác dụng sát trùng mạnh hơn etanol 90%).
Các halogen tác dụng độc đối với vi khuẩn. Khí clo dùng để sát trùng nước. Các hợp chất của clo như clormin cũng có tác dụng diệt khuẩn. Tác dụng diệt khuẩn của clo và các hợp chất của clo là do việc hình thành axit clohidric và oxi. Oxi ở trạng thái vừa sinh ra là một chất oxi hóa mạnh do tác dụng của oxi các thành phần của tế bào bị phá hủy.