Trong một quần thể vi khuẩn không phải mọi tế bào đều có khả năng sống. Những vi khuẩn gọi là sống phải tạo thành khuẩn lạc trên hoặc trong môi trường thạch và phát triển trong môi
trường dịch thể. Do đó tùy theo mục đích thí nghiệm ta có thể xác định lượng tế bào vi khuẩn tổng cộng bao gồm tế bào sống và chết hoặc chỉ xác định số lượng tế bào sống.
1. Để xác định số lượng tế bào tổng cộng người ta thường dùng phương pháp đếm tế bào trực tiếp dưới kính hiển vi nhờ các buồng đếm.
2. Có thể dùng những kỹ thuật nhuộm đặc biệt để phân biệt tế bào sống và tế bào chết. Do tế bào sống có màng sinh chất hoạt động, không thấm thuốc nhuộm nên hai loại tế
bào bắt màu không giống nhau. Chẳng hạn đỏ congo chỉ nhuộm màu tế bào chết, còn tế bào sống không ăn màu.
3. Trong trường hợp xác định số tế bào sống người ta thường đếm số khuẩn lạc tạo thành bởi các vi khuẩn sống trong điều kiện sinh trưởng thuận lợi. Dịch treo vi khuẩn
được pha loãng vào một thể tích nhất định được tán lên môi trường thạch trong đĩa petri. Sau khi nuôi cấy người ta đếm số khuẩn lạc mọc. Do mỗi tế bào sống sẽ tạo thành một khuẩn lạc, nên khi đếm số khuẩn lạc ta được số tế bào sống. Tuy nhiên điều này không đúng với các vi khuẩn mọc thành chuỗi, thành đôi hay thành đám hoặc đối với dịch treo vi khuẩn không đồng nhất.
Với một số loài vi khuẩn khó phát triển trên môi trường thạch thì kiểm tra số lượng vi khuẩn bằng phương pháp pha loãng liên tục, sau đó cấy từ mỗi độ pha loãng 1ml vào từng ống đựng môi trường chỉ thị. Có thể cấy vào 5 ống và lấy số liệu ở 3 độ pha loãng cuối có phản ứng dương tính rồi tra bảng để tìm ra số lượng gần đúng mật độ vi khuẩn. Phương pháp này được gọi là phương pháp đếm số lượng có khả năng nhất (MPN). Ngoài ra, còn có thể lọc chất dịch qua màng lọc vi khuẩn rồi đặt màng lọc lên
đĩa petri chứa môi trường thạch để kiểm tra số khuẩn lạc mọc và suy ra mật độ vi sinh vật trong chất dịch.