Vào giai đoạn cuối Miocen thỡ bỡnh đồ cổ địa lớ của TBBSH đó thay đổi và phõn dị cơ bản do nghịch đảo. Phụ đới sụt lỳc do tỏch gión dọc Khoỏi Chõu – Tiền Hải bị đảo ngược lại thành đới nếp vồng nang cao như dóy nỳi và chỳng bị bào mũn. Phần lừm trũng chỉ cũn lại một diện nhỏ ở Đụng Quan và Phượng Ngói. Đới cỏc vũm nỳi nõng cao bị bào mũn và thấp dần, trong khi đú cỏc trũng lừm trước nỳi được bồi đắp tớch tụ trầm tớch cũng đưuọc lấp đầy dần. Đới nõng bào mũn san bằng bự vào cỏc trũng lấp đầy dần trong suốt Pliocen và cuối cựng TBBSH lại trở thành đồng bằng ngập nước bằng phẳng trong một bỡnh đồ cấu trỳc mới hướng tõm khụng cũn là đới trung tõm tỏch gión mà là trung tõm biển nụng Việt Nam.
Bản chất tướng đỏ của thời kỳ Vĩnh Bảo là cỏc trầm tớch vụn mịn từ cỏt, bựn sột và sột vụi phõn lớp song song với mặt lớp hơi nghiờng về phớa biển đụng. Cỏc trầm tớch vụn được chọn lọc tốt, độ mài trũn tốt cú nhiều khung xương sinh vật trụi nổi và bỏm đỏy của trầm tớch TBBSH. Điều này thể hiện rừ TBBSH là một đồng bằng rụng ngập trong biển liờn thụng mở ra biển Đụng
Đặc điểm mụi trường trầm tớch Vĩnh Bảo luụn luụn vẩn đục do cỏc vật liệu: cỏt, bựn sột được cung cấp bới hệ thống cỏc sụng ngũi. Ở đõy khụng thấy cú dấu hiệu của trầm tớch carbonat. Mụi trường nước biển phõn bố rộng trong đới ven biển hiện tại vao sõu phớa trong Vĩnh Bảo và Phủ Cừ hiện tại, song bờ biển đó khụng lấn tới được Khoỏi chõu trở về phớa tõy của MVHN. Đú là mụi trường đồng bằng trờn mực nước biển và nhiều nơi đó là đồng bằng bào chụi, đồng bằng mài mũn do cỏc dũng nước ngọt.
Quang cảnh cổ địa lớ thời kỳ Vĩnh bảo là đồng bàng chõu thổ ngập nước hướng ra biển đụng. Đồng bằng chõu thổ Sụng Hồng này cú phần chỡm ngập dưới biển và phần nổi cao trờn mực biển. Đường bờ biển khụng cong theo hướng dọc theo chục MVHN mà là cỏnh cung lừm về phớa tõy bắc cắt ngang chục này
tại giữa MVHN hiện tại. Khung cảnh cổ địa lớ tướng đỏ này cú thể tương tự như ngày nay nhưng đường bờ biển đó lựi về phớa đụng như hiện tại.