Chức năng quản lý nhà nƣớc đối với khu vực kinh tế tƣ nhân là: xây dựng, hoàn thiện khung pháp lý và ban hành chính sách, cơ chế quản lý đối với các đơn vị sản xuất, kinh doanh; trợ giúp đào tạo đội ngũ cán bộ quản lý cho doanh nghiệp; thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật, chế độ, quy định của Nhà nƣớc tại doanh nghiệp.
Kiện toàn bộ máy để thực hiện đƣợc chức năng quản lý nhà nƣớc của các bộ, ngành và UBND tỉnh, thành phố đối với mọi thành phần kinh tế, trong đó có kinh tế tƣ nhân, theo quy định pháp luật. Chính phủ giao cho một cơ quan đầu mối ở Trung ƣơng, uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ƣơng giao cho một cơ quan làm đầu mối ở địa phƣơng để phối hợp theo dõi, tổng hợp tình hình, phát hiện và đề xuất những biện pháp tháo gỡ khó khăn và chủ động uốn nắn những sai phạm của kinh tế tƣ nhân.
Các cơ quan bảo vệ pháp luật chỉ kiểm tra, thanh tra khi doanh nghiệp của tƣ nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Các cơ quan quản lý nhà nƣớc phải có chƣơng trình thanh tra, kiểm tra định kỳ đối với doanh nghiệp, thông báo trƣớc cho doanh nghiệp và chịu trách nhiệm trƣớc pháp luật về các kết luận thanh tra, kiểm tra của mình.
Chính phủ sớm quy định tiêu chí để đánh giá và phân định hộ kinh doanh cá thể và các loại hình doanh nghiệp khác của tƣ nhân cho đúng tính chất của từng loại hình kinh tế, làm cơ sở cho việc áp dụng cơ chế và phƣơng thức quản lý phù hợp.