B c Nhi t đ (0C) Th i gian S chu k
1 95 5 phút 1 2 95 30 giây 40 59 30 giây 70 30 giây 3 72 6 phút 1 4 4 ∞ 1 Gen Kí hi u m i Trình t m i (5’-3’) GSTP1 G1-M-F CGGTTAGTTGCGCGGCGATTTC G1-M-R CCAACGAAAACCTCGCGACCTCCG
SV: Võ Th Ngh a 29
2.3.5 i n di trên gel agarose
2.3.5.1 Nguyên t c
Nucleic acid là nh ng phân t tích đi n âm, do đó trong đi n tr ng các phân t nucleic acid s di chuy n t c c âm sang c c d ng v i t c đ ph thu c vào đi n tích và tr ng l ng phân t c a chúng. Các nucleic acid trong gel agarose s đ c quan sát
d i tia UV nh ethidiun bromide đ c nhu m v i gel agarose trong quá trình đ gel có kh n ng xen vƠo gi a các base c a các nucleic acid [1].
2.3.5.2 Ph ng pháp ti n hành:
gel ch y đi n di b ng agarose v i n ng đ 2% trong 150ml dung d ch đ m
TAE 1X. đun h n h p trong lò vi sóng t 4-5 phút cho gel tan hoàn toàn. L y Erlen ch a gel agarose đƣ tan h n ra kh i lò vi sóng, l c đ u, ch ngu i đ n 55oC r i thêm 2,0 µl Ethidium bromide, l c nh đ tr n đ u.
Sau khi đƣ hoƠn t t ph n ng PCR, ti n hƠnh l y các ng th nghi m ra kh i
máy PCR. M u đi n di đ c chu n b g m 1,0 µl loading buffer 5X và 5,0 µl s n ph m MSP.
Dùng micropipette tr n đ u h n h p r i ti n hƠnh phơn ph i 6 µl h n h p m u vƠ loading buffer vƠo các gi ng đi n di trên gel agarose. Luôn có m t gi ng cho thang chu n DNA 100bp.
Ch y đi n di đi n th n đ nh 80V trong 30 phút. V ch s n ph m khu ch đ i đ c phát hi n trong b n gel agarose d i đèn UV321nm c a máy ch p hình gel.
PH N 3.
SV: Võ Th Ngh a 30
3.1 KHAI THÁC D LI U
Các thông s , d li u v t n s methyl hóa c a gen GSTP1đ c thu th p t các bài báo nghiên c u khoa h c trên ngơn hƠng c s d li u NCBI, nh ng bƠi báo nƠy đƣ đ c đ ng t i trên nh ng t p chí khoa h c có uy tín c a ISSN (International Standard Serial Number). Chúng tôi đƣ thu th p đ c t n s methyl hóa c a các gen trên cùng v i các thông tin v ph ng pháp xác đ nh t n s methyl hóa c ng nh thông tin v
lo i m u mà các bài báo nghiên c u s d ng.
Sau khi ti n hành khai thác d li u trên NCBI v i các t khóa đƣ nêu, chúng tôi
thu th p đ c 20 bài báo kh o sát m c đ methyl hóa trên vùng promoter c a gen,
trong đó có 8 bƠi kh o sát m c đ methyl hóa thu c vùng promoter trên m u ung th
vú, 4 bài báo kh o sát trên m u ung th c t cung và 8 bài báo kh o sát trên ung th
tuy n ti n li t.
M c đ methyl hóa c a GSTP1 có th đ c phát hi n b ng nhi u k thu t trên nhi u lo i m u khác nhau. Vi c s d ng các ph ng pháp phát hi n methyl hóa và các lo i m u phát hi n c ng nh c m u l n nh khác nhau d n đ n vi c t n s methyl hóa c a chúng có s chênh l ch. Tr c khi ti n hành th c nghi m kh o sát t n s methyl hóa c a GSTP1 trên m u ung th vú, ung th c t cung vƠ ung th tuy n ti n li t, chúng tôi ti n hành th ng kê đánh giá t n s methyl hóa c a 3 lo i ung th nƠy c ng nh m c đ ph bi n c a các k thu t và các lo i m u cho vi c phát hi n methyl hóa.
Qua k t qu th ng kê thu đ c chúng tôi nh n th y r ng t n s methyl hóa c a GSTP1 m c trung bình, không quá cao trên ung th vú (19,9%) vƠ ung th c t cung (21,9%), nh ng l i khá cao trên ung th tuy n ti n li t (42,6%). i v i lo i m u mà các nghiên c u s d ng thì đa ph n là m u mô đ c đúc paraffin (16/20 bài báo)
vƠ ph ng pháp th ng đ c s d ng đ phát hi n methyl hóa là MSP (13/20 bài báo). Các con s th ng kê trên v m c đ s d ng c a các ph ng pháp vƠ các lo i m u khác nhau cho th y r ng m c dù có nhi u ph ng pháp phát hi n methyl hóa
SV: Võ Th Ngh a 31
khác nhau nh ng MSP v n là l a ch n hƠng đ u b i đơy lƠ m t ph ng pháp đ n
gi n, đ nh y cao (0,1%) và có th phát hi n nhanh chóng hi n t ng methyl hóa. Vi c s l ng các nghiên c u s d ng ph n l n m u mô đúc paraffin trong phát hi n
methyl hóa c ng lƠ đi u d hi u b i đ c đi m c a lo i m u này là ch a nhi u t bào (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
ung th vì m u đ c l y t i b ph n phát sinh ung th lƠ t bào vú, t bào c t cung hay t bào tuy n ti n li t.
Bên c nh đó thì m t s lo i m u khác nh m u huy t thanh, m u máu hay m u
n c ti u c ng đ c s d ng trong phát hi n methyl hóa vì m c tiêu h ng đ n vi c s d ng d u ch ng sinh h c trong tiên đoán vƠ theo dõi b nh. M u huy t thanh, m u máu và m u n c ti u có th đ c s d ng đ th nghi m tiên đoán v kh n ng m c b nh c a b nh nhân giai đo n s m mà không c n ph i đ i đ n s bi u hi n rõ ràng c a b nh.
3.1.1 Th ng kê s li u t n s Methyl hóa c a GSTP1 trên ung th vú