Công Chức Hải Quan bộ phận tính thuế sẽ kiểm tra lại việc áp mã cùng với mức thuế đã được nhân viên công ty tính sẵn trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu. Lúc này Công Chức Hải Quan sẽ kiểm tra lại việc áp mã và số tiền thuế xem đã đúng hay chưa. Nếu áp mã sai thì Công Chức Hải Quan sẽ điều chỉnh. Nếu đã áp đúng mã số hàng hóa và số tiền thì Công Chức Hải Quan sẽ cập nhật thông tin vào máy. Tiếp theo Công Chức Hải Quan tính thuế sẽ đóng dấu, ký tên xác nhận đã kiểm tra thuế ( ô số 36 ).
Sau đó bộ tờ khai lại được luân chuyển đến chi cục phó để chi cục phó kiểm tra lại xem có đồng ý với ý kiến của đội phó hay không và đưa ra mức chỉnh sửa cuối cùng.
Về việc đóng thuế, ngay Công Chức Hải Quan sẽ cho biết lô hàng của doanh nghiệp có được ân hạn thuế hay không. Nếu không được ân hạn thuế, nhân viên giao nhận phải qua bộ phận đóng thuế để tiến hành đóng thuế ngay, Công Chức Hải Quan sẽ cấp cho 2 biên lai gọi là “giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước”, biên lai màu tím sẽ nộp chung với bộ hồ sơ khai Hải Quan. Ngày nay, nhân viên giao nhận phải mua và tự ghi lên “giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước”.,Nếu được ân hạn thuế thì doanh nghiệp có thể đóng thuế trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày mở tờ khai.
Trường hợp, công chức Hải Quan tính thuế đối chiếu giá mặt hàng trong tờ khai với giá của cùng mặt hàng trong lần nhập khẩu gần nhất trước đó. Nếu thấy có sự chênh lệch lớn, công chức Hải Quan có thể yêu cầu tham vấn giá.
Tham vấn giá, tức là xem xét lại mức giá trong bộ tờ khai. Công việc này được thực hiện trên cục Hải Quan, hoặc tại cửa khẩu khai Hải Quan cho hàng hóa hồ sơ gồm: giấy mời tham vấn giá và bộ hồ sơ khai Hải Quan bản photo. Đến ngày mời tham vấn giá nhân viên giao nhận đến địa điểm ghi trên giấy mời để giải trình về giá hàng hóa mà doanh nghiệp đã khai báo trong tờ khai Hải Quan.
Công việc kiểm hóa, tính thuế tới đây xem như hoàn thành.