-Nền kinh tế tăng trưởng chưa bền vững, còn phụ thuộc quá nhiều vào nguồn vốn FDI.
-Công tác xúc tiến đầu tư chưa đạt được kế hoạch đề ra.
-Thu hút vốn đầu tư có tiến bộ, nhưng chưa đạt được kế hoạch đề ra, ảnh hưởng đến sự phát triển và lấp đầy các KCN. Số vốn thực hiện chỉ đạt 46,06% (2012) tổng vốn đăng ký.
-Công nghiệp chủ yếu là lắp ráp, thiếu những ngành công nghiệp hỗ trợ, tỉ lệ nội địa hóa một số khâu còn thấp.
-Hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp còn gặp nhiều khó khăn. Nhiều doanh nghiệp phải thu hẹp sản xuất, duy trì hoạt động cầm chừng hoặc ngừng hoạt động, một số doanh nghiệp chủ lực của tỉnh thuộc lĩnh vực sản xuất, lắp ráp ô tô phải điều chỉnh giảm chỉ tiêu sản xuất, một số dự án triển khai chậm tiến độ, không thực hiện hết các mục tiêu đầu tư, nợ BHXH, nợ phí hạ tầng,…
-Công tác bồi thường ngày càng gặp khó khăn, ảnh hưởng lớn tới môi trường đầu tư và làm giảm hiệu quả đầu tư của các dự án.
-Tình trạng ô nhiễm môi trường, đình công, lãn công chủ yếu xảy ra ở những doanh nghiệp FDI mà địa phương chưa có thái độ xử lí dứt điểm. Người dân còn tự ý chặt cây, đào mới, làm lều quán bán hàng nước trước hàng lang lưu thông, gây mất mĩ quan và gây ô nhiễm môi trường.
-Nguồn nhân lực chưa đáp ứng được nhu cầu tuyển dụng của doanh nghiệp. Việc tuyển dụng lao động cho doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn. Nguồn nhân lực có tay nghề của tỉnh chủ yếu tập trung ở vùng kinh tế phát triển như Vĩnh Yên, Phúc Yên, Bình Xuyên còn các vùng xa xôi như Lập Thạch, Tam Dương thì lao động vẫn kém về chuyên môn. Tình trạng người lao động nhảy việc giữa các công ty hoặc có xu hướng chọn những ngành nghề khác có mức thu nhập cao hơn xảy ra thường xuyên, lao động ở một số doanh nghiệp lớn về dệt may và điện tử thiếu tính ổn định.
-Cải cách hành chính chưa thực sự triệt để, toàn diện; tuy áp dụng cơ chế “một cửa liên thông” nhưng đôi khi vẫn làm mất thời gian và công sức của các nhà đầu tư. Sự phối hợp giữa các ngành liên quan trong giải quyết các thủ tục đầu tư đôi khi còn thiếu chặt chẽ và đồng bộ. Chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức chưa thực sự đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ của thời kỳ mới, đặc biệt trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay. Cán bộ ở một vài nơi, vài bộ phận còn chưa tinh thông nghiệp vụ, giải quyết công việc máy móc, cứng nhắc, gây khó khăn cho nhà đầu tư. Cá biệt vẫn còn tình trạng cán bộ yếu kém về năng lực phẩm chất, thiếu nhiệt tình khi giải quyết công việc, đặc biệt là thiếu am hiểu về luật pháp quốc tế, chưa thực sự thành thạo về ngoại ngữ và kĩ năng giao tiếp.