đoàn lúa kháng đạo ôn nghiên cứu
Thông thường, allele hiếm (rare allele) được định nghĩa dựa trên tần số xuất hiện của chúng. Kimura đã định nghĩa allele hiếm là allele có tần số xuất hiện nhỏ hơn q với những giá trị nhỏ xác định của q (như q = 0,01). Đối với số lượng mẫu lên đến 100 thì một allele sẽ được xem là hiếm nếu nó xuất hiện không quá hai lần và số lần xuất hiện của một allele hiếm sẽ là không quá 200 lần khi lượng mẫu đạt tới 10.000. Còn theo Zahida, allele hiếm là allele xuất hiện với tần số ≤ 0,05 trong tổng số mẫu nghiên cứu [44], [65].
Kết quả thu được từ bộ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 29 cặp mồi SSR với tập đoàn 34 giống lúa kháng đạo ôn đã thu được tổng số 162 loại allele, trong đó xuất hiện 10 allele hiếm ở 6 cặp mồi với 6 giống (allele chỉ xuất hiện duy nhất ở một mẫu giống có tần số <0,05) (bảng 3.4). Như vậy, tỉ lệ allele hiếm xuất hiện trong tập đoàn nghiên cứu là 10/162 (6,17%); tỉ lệ allele hiếm trên mỗi locus trung bình là 10/29 (34,48%).
Bảng 3.4. Tổng hợp các allele hiếm nhận dạng các giống
Kí hiệu Tên giống
Kích thƣớc allele hiếm xuất hiện ở các mồi SSR (bp) RM286 RM341 RM 172 RM 257 RM 229 RM 270 100 120 125 155 170 140 170 140 117 D1 Tan lanh X X x D8 Đle te lo x
D15 Khẩu giăng căm x x
D16 Đ'le la x
D25 Khẩu tan nhe X
Cặp mồi RM286 xác định được 3 allele hiếm nhận dạng được các giống Tan lanh (D1), Khẩu giăng căm (D15), Kháu hút đạnh (D26); Cặp mồi RM341 xác định được 2 allele hiếm nhận dạng được các giống: Tan lanh (D1), Đ'le la (D16); Các cặp mồi RM172, RM257, RM229, RM270 xác định được 1 allele hiếm trên mỗi locus nhận dạng được các giống: Tan lanh (D1), Đle te lo (D8), Khẩu giăng căm (D15), Khẩu tan nhe (D25) tương ứng.
* Nhận dạng giống Tan lanh, Khẩu giăng căm, Kháu hút đạnh
Hình 3.10. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM286 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM286 (Hình 3.10) cho thấy: xuất hiện 8 loại allele khác nhau. Trong đó, Giống Tan lanh (D1) có allele duy nhất (allele hiếm) kích thước khoảng 100bp. Giống Khẩu giăng căm (D15) có allele duy nhất (allele hiếm) kích thước khoảng 120bp. Giống Kháu hút đạnh (D26) có allele duy nhất (allele hiếm) kích thước khoảng 125bp. Như vậy, khi sử dụng cặp mồi RM286 có thể nhận dạng được chính xác các giống lúa Tan lanh (D1), Khẩu giăng (D15), Kháu hút đạnh (D26) trong tập đoàn 34 giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu.
* Nhận dạng giống Khẩu tan nhe
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM270 (Hình 3.11) cho thấy: xuất hiện 7 loại allele có kích thước khác nhau. Giống Khẩu tan nhe (D25) có allele duy nhất (allele hiếm) xuất hiện có kích thước khoảng 117bp. Như vậy, khi sử dụng cặp mồi RM270 có thể nhận dạng được chính
xác các giống Khẩu tan nhe (D25) trong tập đoàn 34 giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu.
Hình 3.11. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM270 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
* Nhận dạng giống Đle te lo
Hình 3.12. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM257 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM257 (Hình 3.12) cho thấy: xuất hiện 5 loại allele khác nhau với kích thước khoảng 120bp, 135bp, 150bp, 160bp, 170bp. Giống Đle te lo (D8) có allele duy nhất (allele hiếm) kích thước khoảng 170bp. Như vậy, khi sử dụng cặp mồi RM257 có thể nhận dạng được chính xác giống lúa Đle te lo (D8) trong tập đoàn 34 giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu.