Để nghiên cứu mức độ đa hình di truyền của tập đoàn lúa kháng đạo ôn, chúng tôi đã sử dụng sản phẩm ADN tách chiết ở trên làm khuôn cho phản ứng PCR lần lượt với 29 mồi nghiên cứu. Sản phẩm PCR của từng mồi được điện di trên gel polyacrylamide.
* Mồi RM13
Hình 3.2. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM13 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu giống lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM13 (Hình 3.2) cho thấy: xuất hiện 6 loại allele khác nhau với kích thước khoảng 110bp, 120bp, 125bp, 140bp, 145bp và 150bp. Trong đó, có 4 nằm trong khoảng đã được công bố trước đó (Bảng 2.2) và 2 allele có kích thước 110bp, 120bp nhỏ hơn, đây có thể là các allelen mới đặc trưng cho các giống lúa bản địa của Việt Nam. 2 giống (I mèo - D4, giống Lúa Venth - D10) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 150bp. Giống San pa toong - D6 xuất hiện allele có kích thước khoảng 145bp. 9 giống (Nếp cẩm - D12, Đ'le la - D16, Nếp cái đỏ - D19, Nếp lùn - D21, Plề chớ - D28, Đất tam Đăng - D29, OM5471 - D31, OM8923 - D33, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 140bp. 3 giống (Lúa length - D11, Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, OM5629 - D32) xuất hiện allele có kích thước khoảng 125bp. 12 giống (Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, Lâu châu plat - D5,
Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Đ'le p'lu - D9, Chiêm ngân - D13, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Lúa gốc đỏ - D17, Kháu hút đạnh - D26, Kháu mặc Đuộc - D27, Đất tam Đăng - D29) xuất hiện allele có kích thước khoảng 120bp. 4 giống (Khẩu giăng căm - D15, Đle tư - D20, Kháu hạng khoai - D22, Ple lia - D23) xuất hiện allele có kích thước nhỏ nhất khoảng 110bp. Trong tập đoàn 34 giống nghiên cứu, có 4 giống khuyết số liệu là: Tan lanh (D1), Ló đếp cẩm (D30), Khẩu lếch (D24), Khẩu tan nhe (D25); duy nhất giống Đất tam Đăng (D29) có kiểu gen dị hợp; 29 giống còn lại có kiểu gen đồng hợp ở locus RM13.
* Mồi RM17
Hình 3.3. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM17 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu lúa kháng đạo ôn nghiên cứu với cặp mồi RM17 (Hình 3.3) cho thấy: xuất hiện 5 loại allele khác nhau với kích thước trong khoảng từ 155bp, 158bp, 160bp, 175bp, 180bp (1 nằm trong khoảng đã được công bố trước đó (Bảng 2.2), 2 allele có kích thước lớn hơn và 2 allele có kích thước nhỏ hơn). Trong đó, 2 giống (Đ'le la - D16, Nếp lùn - D21) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 180bp. 7 giống (Tan lanh - D1, I mèo - D4, Lúa gốc đỏ - D17, Plề chớ - D28, OM5471 - D31, OM5629 - D32, OM8923 - D33) xuất hiện allele có kích thước khoảng 175bp. 1 giống (Khẩu tan nhe - D25) xuất hiện allele có kích thước khoảng 160bp. 14 giống (Đle te lo - D8, Lúa venth - D10, Lúa length - D11, Nếp cẩm - D12, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Khẩu giăng căm - D15, Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, Nếp cái đỏ - D19, Đle tư - D20, Kháu hạng khoai - D22, Ple
lia - D23, Khẩu lếch - D24, Kháu hút đạnh - D26, Kháu mặc Đuộc - D27) xuất hiện allele có kích thước khoảng 158bp. 8 giống (Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, Lâu châu plat - D5, San pa toong - D6, Đle la tong - D7, Đ'le p'lu - D9, Chiêm ngân - D13, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước nhỏ nhất khoảng 155bp. Ở locus RM17, có 2 giống khuyết số liệu là: Đất tam Đăng (29) và Ló đếp cẩm (D30); 31 giống còn lại có kiểu gen đồng hợp.
* Mồi RM224
Hình 3.4. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM224 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu lúa kháng đạo ôn nghiên cứu với cặp mồi RM224 (Hình 3.4) cho thấy: xuất hiện 6 loại allele khác nhau với kích thước khoảng từ 120bp, 130bp, 135bp, 140bp, 145bp đến 152bp. Kích thước các allele này đều nằm trong khoảng đã được công bố trước đó (bảng 2.2). Trong đó, 3 giống (Đất tam Đăng - D29, OM5629 - D32, OM8923 - D33) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 152bp. 6 giống (Tan lanh - D1, San pa toong -D6, Lúa length - D11, Nếp lùn - D21, Plề chớ - D28, OM5471 - D31) xuất hiện allele có kích thước khoảng 145bp. 8 giống (I mèo - D4, Đ'le p'lu - D9, Lúa venth - D10, Chiêm ngân - D13, Khẩu giăng căm - D15, Đ'le la - D16, Nếp lùn - D20, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 140bp. 3 giống (Nếp cẩm - D12, Lúa gốc đỏ - D17, Ló đếp cẩm - D30) xuất hiện allele có kích thước khoảng 135bp. 14 giống (Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, Lâu châu plat - D5, Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Nếp cái đỏ - D19, Đle tư - D20, Kháu
hạng khoai - D22, Ple lia - D23, Khẩu lếch - D24, Khẩu tan nhe - D25, Kháu hút đạnh - D26, Kháu mặc Đuộc - D27) xuất hiện allele có kích thước khoảng 130bp. Giống Plẩu tâu đằng dạng 2 (D18) xuất hiện allele nhỏ nhất có kích thước khoảng 120bp. Ở locus RM224, 33 giống có kiểu gen đồng hợp, duy nhất giống Đle tư (D20) có kiểu gen dị hợp.
* Mồi RM135
Hình 3.5. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM135 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu giống lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM135 (Hình 3.5) cho thấy: xuất hiện 4 loại allele khác nhau với kích thước khoảng 155bp, 200bp, 220bp và 225bp. Các allele này đều nằm ngoài khoảng đã được công bố trước đó (bảng 2.2). Trong đó, giống Khẩu giăng căm (D15), Nếp cái đỏ (D19), Đle tư (D20), Kháu hạng khoai (D22), Ple lia (D23), Khẩu lếch (D24), Khẩu tan nhe (D25), Kháu hút đạnh (D26), Kháu mặc Đuộc (D27), Ló đếp cẩm (D30) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 225bp. 12 giống (Tan lanh - D1, Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Đ'le p'lu - D9, Lúa venth - D10, Đ'le la - D16, Lúa gốc đỏ - D17, Plề chớ - D28, Đất tam Đăng - D29, OM5471 - D31, OM5629 - D32, OM8923 - D33) xuất hiện allele có kích thước khoảng 220bp. 9 giống (Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, I mèo - D4, Lâu châu plat - D5, Nếp cẩm - D12, Chiêm ngân - D13, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Nếp lùn - D21, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 200bp. 2 giống San pa toong (D6), Lúa length
(D11) xuất hiện allele có kích thước nhỏ nhất khoảng 155bp. Duy nhất, giống Plẩu tâu đằng dạng 2 (D18) không có sản phẩm PCR (khuyết số liệu ở locus này).
* Mồi RM261
Hình 3.6. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu Với cặp mồi RM261 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu với cặp mồi RM261 (Hình 3.6) cho thấy: xuất hiện 3 loại allele khác nhau với kích thước trong khoảng từ 140bp, 160bp và 170bp. Các allele này đều nằm ngoài khoảng đã được công bố trước đó (bảng 2.2). 1 giống Đất tam Đăng (D29) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 170bp. 6 giống (I mèo - D4, Ló đếp cẩm - D30, OM5471 - D31, OM5629 - D32, OM8923 - D33, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 160bp. Các giống còn lại (Tan lanh - D1, Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, Lâu châu plat - D5, San pa toong - D6, Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Đ'le p'lu - D9, Lúa venth - D10, Lúa length - D11, Nếp cẩm - D12, Chiêm ngân - D13, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Khẩu giăng căm - D15, Đ'le la - D16, Lúa gốc đỏ - D17, Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, Nếp cái đỏ - D19, Đle tư - D20, Nếp lùn - D21, Kháu hạng khoai - D22, Ple lia - D23, Khẩu lếch - D24, Khẩu tan nhe - D25, Kháu hút đạnh - D26, Kháu mặc Đuộc - D27, Plề chớ - 28) xuất hiện allele có kích thước khoảng 140bp. Tất cả 34 giống lúa nghiên cứu có kiểu gen đồng hợp ở locus RM261.
* Mồi RM340
Hình 3.7. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM340 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu với cặp mồi RM340 (Hình 3.7) cho thấy: xuất hiện 9 loại allele khác nhau với kích thước trong khoảng 118bp, 120bp, 130bp, 135bp, 140bp, 170bp, 175bp, 180bp, 190bp. Kích thước các allele này đều nằm trong khoảng đã được công bố trước đó (bảng 2.2). Trong đó, giống Đất tam Đăng (D29) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 190bp. 2 giống (Chiêm ngân - D13, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14) xuất hiện allele có kích thước khoảng 180bp. 3 giống (I mèo - D4, - D6, Lúa length - D11) xuất hiện allele có kích thước khoảng 175bp. 6 giống (Tan lanh - D1, Nếp nương cẩm - D12, Đ'le la - D16, Lúa gốc đỏ - D17, OM8923 - D33, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 170bp. 5 giống (Nếp lùn - D21, Khẩu tan nhe - 25, Plề chớ - D28, OM5471 - D31, OM5629 - D32) xuất hiện allele có kích thước khoảng 140bp. 7 giống (Nếp nương cẩm - D2, Nếp râu - D3, Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Đ'le p'lu - D9, Lúa venth - D10, Lúa length - D11) xuất hiện allele có kích thước khoảng 135bp. 3 giống (Nếp cái đỏ - D19, Đle tư - D20, Ple lia - D23) xuất hiện allele có kích thước khoảng 130bp. 5 giống (Kháu hạng khoai - D22, Khẩu lếch - D24, Kháu hút đạnh - D26, Kháu mặc Đuộc - D27, Ló đếp cẩm - D30) xuất hiện allele có kích thước khoảng 120bp. Giống (Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18) xuất hiện allele có kích thước nhỏ nhất khoảng 118bp. 31 giống có kiểu gen
đồng hợp duy nhất giống Lúa length (D11) có kiểu gen dị ở locus RM340. có 2 giống khuyết số liệu là: (Lâu châu plat - D5 và Khẩu giăng căm - D15).
* Mồi RM345
Hình 3.8. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM345 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 34 mẫu giống lúa kháng đạo ôn với cặp mồi RM345 (Hình 3.8) cho thấy: xuất hiện 3 loại allele khác nhau với kích thước khoảng 165bp, 168bp, 170bp (1 nằm trong khoảng đã được công bố trước đó (Bảng 2.2) và 2 allele có kích thước lớn hơn). Trong đó, 3 giống (Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, Nếp cái đỏ - D19, Khẩu tan nhe - D25) xuất hiện allele có kích thước lớn nhất khoảng 170bp. 24 giống (Tan lanh - D1, Nếp râu - D3, I mèo - D4, Lâu châu plat - D5, San pa toong - D6, Lúa length - D11, Nếp cẩm - D12, Chiêm ngân - D13, Chiêm nhỡ Đắc Ninh 2 - D14, Khẩu giăng căm - D15, Đ'le la - D16, Lúa gốc đỏ - D17, Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, Nếp cái đỏ - D19, Nếp lùn - D21, Khẩu tan nhe - D25, Kháu mặc Đuộc - D27, Plề chớ - D28, Đất tam Đăng - D29, Ló đếp cẩm - D30, OM5471 - D31, OM5629 - D32, OM8923 - D33, OM6377 - D34) xuất hiện allele có kích thước khoảng 168bp. 10 giống (Nếp nương cẩm - D2, Đle la tong - D7, Đle te lo - D8, Đ'le p'lu - D9, Lúa venth - D10, Đle tư - D20, Kháu hạng khoai - D22, Ple lia - D23, Khẩu lếch - D24, Kháu hút đạnh - D26) xuất hiện allele có kích thước khoảng 165bp. 31 giống có kiểu gen đồng hợp và 3 giống (Plẩu tâu đằng dạng 2 - D18, Nếp cái đỏ - D19, Khẩu tan nhe - D25) có kiểu gen dị hợp ở locus RM345.