4. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu
3.4.1.Kết quả xác định các allele hiếm, nhận dạng các giống lúa trong tập đoàn
phương Việt Nam.
3.4. Kết quả xác định các allele hiếm, allele đặc trƣng nhận dạng các giống lúa trong tập đoàn nghiên cứu trong tập đoàn nghiên cứu
3.4.1. Kết quả xác định các allele hiếm, nhận dạng các giống lúa trong tập đoàn nghiên cứu nghiên cứu
Thông thường, allele hiếm (rare allele) được định nghĩa dựa trên tần số xuất hiện của chúng. Kimura (1993) đã định nghĩa allele hiếm (allele duy nhất) là allele có tần số xuất hiện nhỏ hơn q với những giá trị nhỏ xác định của q (như q = 0,01). Đối với số lượng mẫu lên đến 100 thì một allele sẽ được xem là hiếm nếu nó xuất hiện không quá hai lần và số lần xuất hiện của một allele hiếm sẽ là không quá 200 lần khi lượng mẫu đạt tới 10.000 [31]. Còn theo Zahida và cộng sự (2009), alelle hiếm là allele xuất hiện với tần số ≤ 0,05 trong tổng số mẫu nghiên cứu [58].
Kết quả thu được từ bộ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 23 cặp mồi SSR với tập đoàn 40 giống lúa nghiên cứu đã thu được tổng số 82 loại allele, trong đó xuất hiện 2 allele hiếm (allele ch xuất hiện ở duy nhất ở một mẫu giống có tần số <0,05) (bảng 3.1). 2 allele hiếm xuất hiện ở các cặp mồi RM3467 với giống Nếp bồ hóng Hải Dương (H1) và cặp mồi RM5811 với giống Ba chơ K'tê (H16). Như vậy, t lệ allele hiếm xuất hiện là 2/82 (2,4%); t lệ allele hiếm trên mỗi locus trung bình là 2/23 (8,7%).
3.4.1.1. Kết quả nhận dạng giốngNếp bồ hóng Hải Dương
Hình 3.12. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM3467 (M: øX17 - Hea III digest DNA Ladder)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 40 mẫu lúa nghiên cứu với cặp mồi RM3467 (hình 3.12) cho thấy: xuất hiện 5 loại allele khác nhau với kích thước trong khoảng 95bp - 180bp. Trong đó, xuất hiện 1 allele duy nhất ở giống Nếp bồ hóng Hải Dương (H1) có kích thước khoảng 95bp. Như vậy, khi sử dụng cặp mồi RM3467 có thể nhận dạng được chính xác giống Nếp bồ hóng Hải Dương (H1) trong tập đoàn 40 giống lúa nghiên cứu.
3.4.1.2. Kết quả nhận dạng giốngBa chơ K'tê
Hình 3.13. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM5811 (M: 100bp DNA Ladder)
Kết quả điện di sản phẩm PCR của 40 mẫu lúa nghiên cứu với cặp mồi RM5811 (hình 3.13) cho thấy: xuất hiện 3 loại allele khác nhau với kích thước trong khoảng 90bp - 130bp. Trong đó, xuất hiện 1 allele duy nhất ở giống Ba chơ K'tê (H16) có kích thước khoảng 130bp. Đây là giống duy nhất có kiểu gen dị hợp tử ở locus RM5811. Như vậy, khi sử dụng cặp mồi RM5811có thể nhận dạng được chính xác giống Ba chơ K'tê (H16) trong tập đoàn 40 giống lúa nghiên cứu.