Bên cạnh những ưu điểm trên vẫn có những nhân tố chủ quan, khách quan tác động lên một số phần hành công việc dẫn đến những hạn chế sau:
- Đối với việc hạch toán nguyên vật liệu: Do công ty sử dụng phương pháp khoán cho chủ nhiệm công trình nên trong quá trình thi công, các chi phí phát sinh về nguyên vật liệu tại công trình được cung cấp và xuất kho thông qua việc xét duyệt của chủ nhiệm công trình dựa trên định mức và thực tế nhu cầu phát sinh. Đến cuối kỳ khi công trình hoàn thành, bàn giao không có kiểm kê
đánh giá nguyên vật liệu tồn kho cuối kỳ.
- Đối với việc hạch toán chi phí nhân công: Công ty đã không tiến hành trích trước tiền lương nghỉ phép của công nhân trong đơn vị. Điều này làm cho giá thành sản phẩm không phản ánh đúng chi phí thực tế bỏ ra.
- Đối với tài sản cố định (TSCĐ), công ty chưa mở sổ theo dõi về tăng, giảm TSCĐ (Sổ này được mở và theo dõi cho cả năm) nên gây khó khăn cho việc theo dõi, kiểm tra, hạch toán TSCĐ và tính chi phí khấu hao vào trong giá thành.
- Về công tác bảo hành sản phẩm: Công ty đã không tiến hành trích trước chi phí bảo hành công trình. Nếu trong kỳ, Công ty phải bảo hành một công trình nào đó đã hoàn thành ở kỳ trước, nhưng chi phí lại tính vào kỳ hiện tại, điều này sẽ làm cho việc tính giá thành công trình xây dựng là không chính xác.
- Về tài khoản và sổ kế toán sử dụng để hạch toán: Công ty đã không mở sổ chi tiết tài khoản 334 để theo dõi đối với lao động thuê ngoài.
Mặt khác, công ty áp dụng theo hình thức Nhật ký chứng từ nên sổ sách không nhiều. Tuy nhiên, việc quan sát thực tế thì một số mẫu sổ chưa chuẩn theo mẫu quy định của Bộ Tài Chính và được đơn giản hóa đi nhiều. Ví dụ như mẫu sổ cái TK 621,622,623,627 và sổ chi tiết tài khoản gần tương tự nhau.
- Về thời gian tập hợp chứng từ: Công tác hạch toán và tập hợp chứng từ tập chung chủ yếu vào cuối tháng, quý dẫn đến công việc cuối tháng, quý rất nhiều.
