Sông Phan đƣợc hình thành từ nhiều chi lƣu khác nhau, là sông nội tỉnh lớn nhất của tỉnh Vĩnh Phúc và đƣợc trải dài trên một diện tích tƣơng đối lớn nên chịu nhiều tác động của quá trình phát triển kinh tế - xã hội, do đó chất lƣợng nƣớc trên toàn bộ sông Phan biến đổi tƣơng đối phức tạp.
Thƣợng nguồn sông Phan bắt nguồn chủ yếu từ dãy Tam Đảo có địa hình dốc lớn, tốc độ dòng chảy lớn, dân cƣ phân bố khá thƣa thớt nên mức độ ảnh hƣởng từ hoạt động dân sinh thấp, do đó chất lƣợng nƣớc ở đây vẫn còn tƣơng đối tốt. Nguồn gây tác động đến chất lƣợng nƣớc ở đoạn này chủ yếu từ các hoạt động phát triển du lịch. Ngoài ra, hiện tƣợng xâm thực tự nhiên khoét sâu lòng của hệ thống sông trẻ trên nền sông cổ, cũng nhƣ sự xói mòn rửa trôi ở lớp đất mặt cũng sẽ gây suy giảm chất lƣợng môi trƣờng nƣớc của sông Phan ở khu vực này.
Phần hạ lƣu sông Phan bao gồm những chi lƣu có nguồn gốc gắn liền với sông Hồng cổ. Các nhánh này chảy qua nhiều khu công nghiệp mới và khu dân cƣ tập trung nên chất lƣợng môi trƣờng nƣớc chịu ảnh hƣởng của hoạt động dân sinh và các hoạt động sản xuất công nghiệp. Các hoạt động khai thác các nguồn lợi từ sông cũng đang gây ra những ảnh hƣởng đáng kể cho nƣớc sông Phan.
Để đánh giá ảnh hƣởng của quá trình ĐTH-CNH ở Thành phố Vĩnh Yên đến chất lƣợng môi trƣờng nƣớc và trầm tích sông Phan, trong nghiên cứu này sẽ đánh giá diễn biến chất lƣợng nƣớc sông Phan theo khu vực có sông Phan chảy qua (Đoạn 1 - Trước khi chảy qua địa phận Thành phố Vĩnh Yên, phạm vi từ Thị trấn Thổ Tang đến Thành phố Vĩnh Yên; Đoạn 2 - Chảy qua địa phận Thành phố Vĩnh Yên về phía hạ nguồn). Việc đánh giá theo các khía cạnh này có thể nhận thấy rõ sự biến động chất lƣợng nƣớc khi chảy qua các địa phƣơng khác nhau, từ đó cho phép nhận định rõ hơn về những ảnh hƣởng đặc thù của quá trình ĐTH-CNH đến chất lƣợng nƣớc.
Qua kết quả nghiên cứu 16 mẫu nƣớc sông Phan đƣợc lấy vào 02 thời điểm (tháng 8 và tháng 12 năm 2009) ở 08 vị trí (04 vị trí ở đoạn trƣớc khi qua thành phố Vĩnh Yên; 01 vị trí ở đoạn ở thành phố Vĩnh Yên, 03 vị trí ở đoạn sông sau khi chảy qua thành phố Vĩnh Yên về phía hạ nguồn. Việc đánh giá tập trung vào 03 nhóm chỉ tiêu liên quan, bao gồm: Nhóm chỉ tiêu lý – hóa (pH, DO, độ dẫn, độ đục, độ muối, tổng chất rắn lơ lửng); nhóm chỉ tiêu hóa học (BOD, COD, NH4+, NO3-, NO2-, Cl-, các kim loại nặng, tổng dầu mỡ); nhóm chỉ tiêu sinh học (coliform, E.coli).