3. KẾT QUẢ & BÀN LUẬN
3.2.2Trình tự vùng giữa hai gen trnL-trnF của DNA lục lạp thông đỏ
Mười một mẫu đại diện cho các quần thể khác nhau và các nhóm khác nhau (Bảng 3.2, phần kết quả và bàn luận) được chọn cho việc giải trình tự là: HT4 & HT5 đại diện cho quần thể Hồ Tiên; BD3 đại diện cho quần thể Bidoup; NT đại diện cho mẫu từ Vimedimex; NV2, NV13, NV14, NV21 & NV32 đại điện cho vùng Núi Voi; XT làm đại diện cho Xuân Trường và TQ là mẫu từ Hòa Bình. Việc giải trình
Các trình tự thu được từ các mồi trn-c, trn-d và trn-f của mỗi mẫu được lắp ráp lại bằng chương trình SeqMan trong bộ phần mềm Lasergene 7.0, sau đó đối chiếu kết quả lắp ráp với dữ liệu sắc đồ (chromatogram) để xác định các nucleotide chưa rõ. Khoảng 100 nucleotides ở hai đầu sẽ được loại bỏ do tính hiệu không rõ.
11 trình tự hoàn chỉnh sau đó sẽ được sắp giống cột bằng chương trình ClustalW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/) để xác định những vùng tương đồng và vùng biến động giữa các trình tự khảo sát. Dựa trên sự sắp xếp các chuỗi nucleotide ở Hình 3.12, chương trình ClustalW2 và Treeview sẽ cho thấy mối tương quan vùng trình tự giữa 2 gen trnL-trnF trên cpDNA của các cá thể thông đỏ khảo sát.
Để xác định mức độ tương đồng của vùng trình tự khảo sát với những trình tự có sẵn trong Genbank, 11 trình tự này sau đó được BLAST trên NCBI.
NV13 CTAAGTGATA--CTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 58 XT CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 NV32 CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 HT4 CTAAGTGATATGCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 60 NV14 CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 NV21 CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 NV2 CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 NT CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 BD3 CTAAGAGTGATGCTTCCTA-TACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCTATCCTGA 59 HT5 CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 TQ CTAAGTGATA-GCTTCCAAATACAGGGGAACCCTGGAATATTTTGAATGGGCAATCCTGA 59 ***** * * ***** * ******************************** *******
NV13 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 118 XT TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 NV32 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 HT4 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 120 NV14 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 NV21 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 NV2 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 NT TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 BD3 TCCAA-TCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 118 HT5 TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 TQ TCCAAATCCGTATTATAGGAACAATAATTTTATTTTCTAGAAAAGGGATAGGTGCAGAGA 119 ***** ******************************************************
NV13 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 238 XT CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 NV32 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 HT4 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 240 NV14 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 NV21 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 NV2 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 NT CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 BD3 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCTTCGTTAAAACTTGTT 238 HT5 CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 TQ CAGAGTGTAGTATGTTATTGAAAACTTTGAAAGTGTTCTGTATCATCGTTAAAACTTGTT 239 ******************************************** ***************
NV13 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 298 XT TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 NV32 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 HT4 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 300 NV14 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 NV21 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 NV2 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 NT TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 BD3 TCAACGATCAGAACTTGAGTTGGTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 298 HT5 TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 TQ TCAACGATTAGAACTTGAGTTGTTCTAGGCTTGCCTAGCTTAATGAATACTTAATTAAAG 299 ******** ************* *************************************
NV13 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 358 XT TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 NV32 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 HT4 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 360 NV14 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 NV21 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 NV2 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 NT TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 BD3 TTATTCATTTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAACTATTGGACGAGGATAAA 358 HT5 TAATTCAATTAAGAAATAAATAGAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 TQ TAATTAAATTAAGAAATAAATATAATTTATTCCATTTTTGAATTATTGGACGAGGATAAA 359 * *** * ************** ******************* *****************
NV13 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 478 XT AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 NV32 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 HT4 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 480 NV14 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 NV21 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 NV2 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTTTTTCA 479 NT AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 BD3 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTTC 478 HT5 AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 TQ AAATCCGTTGGTTTTATAAACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGGTGTATTTCC 479 ****************************************************** ***
NV13 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 537 XT GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCCCAGAATAT 539 NV32 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 HT4 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 539 NV14 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 NV21 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 NV2 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 NT GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 BD3 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 537 HT5 GAATTAAAGAAAGATCAAATATTATTACTCTTGACAATTTTATAAGCAATCC-AGAATAT 538 TQ GAATTAAAGAAAGATCAAATGTTATTACTCTTGTCAACTTTCTAAGCACTCC-AGAATAT 538 ******************** ************ *** *** ****** *** *******
NV13 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 597 XT AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 599 NV32 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598 HT4 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 599 NV14 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598 NV21 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598 NV2 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598 NT AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598 BD3 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 597 HT5 AGAGCTATATTCCCATAAATTTAGAAAGGTTGATCGTAAGATCAACTCATACATTTTGTC 598
NV13 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 656 XT AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 658 NV32 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 HT4 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 658 NV14 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 NV21 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 NV2 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 NT AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 BD3 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 656 HT5 AGATATAACATTTG-TGTATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 657 TQ AGATATAACATTTGATAGATGTATAATTGTATTATACATACAATTTAAATTTATAATAGA 658 ************** * ******************************************
NV13 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 715 XT AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 717 NV32 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 HT4 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 717 NV14 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 NV21 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 NV2 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 NT AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 BD3 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 715 HT5 AATTGATAATGGTAACTTACCAATCCAAAAGTATAATTTAAAAAGGGAAATAAAAAAA-G 716 TQ AATTGATAATGGTAACTCAC-AATCCAAAAGTATAAATTAAAAAGGGAAATAAAAAAAAG 717 ***************** ** *************** ********************* * NV13 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTCTGCGCTAGGATGAT 769 XT GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTCTGCGCTAGGATGAT 771 NV32 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTCTGCGCTAGGATGAT 770 HT4 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTCTGCGCTAGGATGAT 771 NV14 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTGTGCGCTAGGATGAT 770 NV21 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTGTGCGCTAGGATGAT 770 NV2 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGCTGTGCGCTAGGATGAT 770 NT GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGTTGTGCTCTAGGATGAT 770 BD3 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGCTGTGCTCTAGGATGAT 769 HT5 GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACC-TGAGCTCAGGCTGGGCTCTAGGATGAT 770 TQ GATTTTCTTTTGTCTTTTTAGTTGACCCTGAGCTCAGGCTGTGCTCTAGGATGAT 772 *************************** ********** * ** ********** Hình 3.12: Sự sắp xếp chuỗi nucleotide vùng trình tự trnL-trnF. NV2 NT BD3 HT5 TQ NV21 NV14 HT4 NV13NV32XT 0.01
Hình 3.12 và Hình 3.13 cho thấy có sự giống nhau khá lớn (vùng giữa hai gen
trnL-trnF, vùng cpDNA) giữa các mẫu NV13, NV14, NV21, NV32, XT, HT4, do đó chúng nằm sát vào nhau, tạo thành 1 cụm. Các mẫu HT5, NT, NV2 nằm tách riêng ra nhưng với khoảng cách không xa so với cụm 6 mẫu ở trên. Riêng 2 mẫu BD3 và TQ nằm tách biệt hẳn so với toàn bộ mẫu khảo sát, do đó 2 mẫu này có vùng trình tự trnL-trnF khá khác so với các mẫu còn lại.
Bảng 3.4: Kết quả BLAST với NCBI
Mẫu Loài gần nhất Max
score
Query coverage
E value Max identity
TQ T. wallichiana var. chinensis 1319 100% 0.0 97%
BD3 T. wallichiana var. mairei 1330 99% 0.0 98%
HT5 T. wallichiana var. mairei 1400 100% 0.0 99%
NT T. wallichiana var. mairei 1411 100% 0.0 99%
NV2 T. wallichiana var. mairei 1400 100% 0.0 99%
NV13 T. wallichiana var. mairei 1415 100% 0.0 99% NV14 T. wallichiana var. mairei 1417 100% 0.0 99% NV21 T. wallichiana var. mairei 1417 100% 0.0 99%
HT4 T. wallichiana var. mairei 1417 100% 0.0 99%
XT T. wallichiana var. mairei 1417 100% 0.0 99%
NV32 T. wallichiana var. mairei 1423 100% 0.0 100% Dựa trên các chỉ số Max score, Query coverage, Max identity cao nhất và E value thấp nhất, chỉ duy nhất mẫu TQ thu từ phía Bắc (Hòa Bình) có vùng trình tự giữa hai gen trnL-trnF giống nhất với T. wallichiana var. chinensis, tất cả 10 mẫu còn lại từ Lâm Đồng đều cho kết quả giống nhất với T. wallichiana var. mairei.
(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});