Đã có những nghiên cứu nghiên cứu ứng dụng enzyme protease của
Bacillus subtilis trong chế biến thủy sản như: sản xuất bột đạm thủy phân từ cơ
thịt cá mối. Kết quả nghiên cứu cho thấy enzyme protease của Bacillus subtilis
có thể thủy phân mạnh mẽ cơ thịt cá mối và hoàn toàn có thể sử dụng enzyme này trong sản xuất bột đạm thủy phân. Khi bổ sung protease của Bacillus subtilis
với nồng độ enzyme 0,3% vào hỗn hợp cơ thịt cá mối và thủy phân ở 50oC, pH tự
tốt nhất. Ðểức chế quá trình gây thối của vi sinh vật trong quá trình thủy phân có thể bổ sung vào hỗn hợp thủy phân muối ăn với nồng độ 3% hoặc sorbitol với nồng độ 4% hay ethanol với nồng độ 8%.
Sản xuất nước mắm ngắn ngày cũng được nghiên cứu và ứng dụng vào sản xuất bằng các chế phẩm protease thu nhận từ vi khuẩn. Để tăng quá trình thủy phân rút ngắn thời gian chế biến nước mắm người ta đã tiến hành tạo nhiệt
độ thích hợp cho protease hoạt động là khoảng 50oC và giảm độ mặn ban đầu của khối cá cũng như làm tăng diện tích tiếp xúc giữa protease với cá bằng cách xay nhuyễn cá… Khi cho muối vào chượp cá thì nhiệt độ thủy phân là 43 - 45oC và sẽ làm giảm hoạt độ của protease thủy phân cá. Ở điều kiện thích hợp, việc bổ
sung protease giúp rút ngắn thời gian sản xuất nước mắm từ 6 - 9 tháng xuống còn 30 - 40 ngày. Nước mắm ngắn ngày có hàm lượng đạm khá cao, tuy nhiên về
hương vị, độ ngon thì kém nước mắm dài ngày. Người ta khắc phục nhược điểm này bằng cách pha trộn nước mắm ngắn ngày với nước mắm dài ngày hoặc bổ
sung thêm hương vị vào nước mắm ngắn ngày. Ngoài nhiệt độ thích hợp, độ xay nhuyễn cá và bổ sung muối phù hợp cũng làm giảm đáng kể thời gian lên men sản xuất nước mắm và đảm bảo chất lượng nước mắm thành phẩm.
Ngoài ra, enzyme α-amylase còn được sử dụng trong sản xuất siro fructose, sản xuất bánh kẹo, bổ sung α-amylase và protease vào thức ăn chăn nuôi nhằm tăng khả năng tiêu hóa và hệ số sử dụng thức ăn…