Thực vật ngập nước khu vực đảo Cái Bầu rất đa dạng và phong phú nhưng chủ yếu là rừng ngập mặn. Rừng ngập mặn (RNM) là một bộ phận cấu thành quan trọng của thực vật đảo Cái Bầu. Ngoài các chức năng sinh thái chung của kiểu hệ sinh thái này, thì rừng ngập mặn còn có ý nghĩa riêng cho khu vực này. Đất ở nhiều nơi trên đảo nhạy cảm với tác động xói mòn của mưa, gió, và sự xói lở của sóng biển. Vì thế, trong khi thực vật trên núi góp phần giảm bớt xói mòn do mưa gió thì thực vật ngập mặn bảo vệ, cố định chân những hòn đảo. Cũng cần phải nhấn mạnh tầm quan trọng không thể phủ nhận của RNM là vai trò phòng hộ của chúng. Trận sóng thần khủng khiếp ngày 26/12/2004, với hơn 20 vạn người ở 13 quốc gia châu Á và châu Phi thiệt mạng và sự tàn phá môi trường nặng nề của nó khiến con người ngày càng chú ý đến vai trò phòng hộ của RNM. Theo khảo sát của IUCN , UNEP và nhiều nhà khoa học cho thấy xóm làng phía sau RNM còn nguyên vẹn hoặc rừng trồng rộng đã làm giảm năng lượng sóng từ 50-90% nên thiệt hại rất thấp. Ở Việt N am, trong 3 năm vừa rồi khi có những trận bão lớn đổ bộ vào đất liền thì những dải đê có RNM bảo vệ vẫn vững vàng trước sóng gió, trong khi đó mặc dù đã kè bê- tông nhưng nhiều nơi RNM bị tàn phá, những con đê vẫn bị tàn phá nghiêm trọng như ở Cát Hải (Hải Phòng), Hậu Lộc (Thanh Hóa. Rừng ngập mặn là nhân tố vừa chịu tác động của việc nóng lên toàn cầu đồng thời cũng là nhân tố góp phần làm giảm thiểu nồng độ khí thải nhà kính trong khí quyển.
Nhận thức được tầm quan trọng cũng như các giá trị của rừng ngập mặn mang lại, chính quyền địa phương đã tranh thủ huy động mọi nguồn lực để khôi phục và phát triển rừng ngập mặn trên địa bàn.