Cho đến hiện nay, ở Việt Nam không có một cơ quan nào chịu trách nhiệm duy nhất về quản lý đất ngập nước ở cấp trung ương. Mỗi bộ, ngành tùy theo chức năng được Chính phủ phân công sẽ thực hiện việc quản lý theo lĩnh vực từng ngành bao gồm cả đối tượng đất ngập nước. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm về đất ngập nước trong phạm vi đất canh tác lúa nước, các khu rừng là vườn quốc gia hay khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước, các công trình thủy lợi, các hồ chứa. Bộ Thủy sản chịu trách nhiệm về đất ngập nước trong phạm vi diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản và vùng ven bờ biển. Bộ Tài nguyên và Môi trường chịu trách nhiệm về đất ngập nước trong phạm vi các dòng sông, là cơ quan điều phối các hoạt động chung của quốc gia về đất ngập nước, nhất là các hoạt động liên quan đến Công ước Ramsar. Các cơ quan khác liên quan đến sử dụng đất ngập nước như giao thông thủy, du lịch, thủy điện... Một đặc điểm cơ bản là các vùng đất
ngập nước ở Việt Nam là nơi sinh sống của các cộng đồng dân cư từ thế hệ này sang thế hệ khác, đã hình thành những giá trị văn hóa, tập quán canh tác đặc thù, vì vậy mà việc quản lý đất ngập nước không thể tách biệt chuyên ngành và với việc phát triển cộng đồng. Tuy vậy, vấn đề tồn tại là sự thiếu đồng bộ trong quy hoạch phát triển một vùng đất ngập nước, thiếu sự phối hợp giữa các ngành trong quản lý tổng hợp đất ngập nước. Việc quản lý và sử dụng khôn khéo đòi hỏi phải có chính sách và biện pháp đồng bộ và tổng hợp.