Điện di trên gel là phương pháp điện di sử dụng gel agarose hoặc polyacrylamide với các nồng độ khác nhau để phân tách các phân tử có kích thước, trọng lượng khác nhau.
Mục đích:
- Kiểm tra kích thước phân tử DNA/RNA.
- Ước lượng nồng độ DNA/RNA trong sản phẩm PCR.
- Đánh giá chất lượng sản phẩm DNA/RNA: độ tinh sạch, độ nguyên vẹn.
Nguyên tắc: Trong dung dịch các phân tử DNA tích điện âm (-) vì vậy
khi có mặt của dòng điện DNA sẽ di chuyển về phía cực dương (+). Sự phân tách xảy ra trên bản gel là do sự khác biệt về kích thước và hình dạng phân tử. Phân tử lớn hơn do ma sát, va chạm với các thành phần trong gel lớn hơn các phân tử kích thước nhỏ hơn nên sẽ chạy chậm hơn.
Gel: Thông thường DNA sẽ được chạy điện di trên gel Agarose (thích hợp cho các phân tử lớn, dễ xử lý và dễ đúc). Nồng độ gel được sử dụng tùy thuộc vào kích thước phân tử DNA.
Buffer (đệm): Dung dịch đệm sử dụng phổ biến ở Việt Nam là đệm TBE (Tris-Borate EDTA) có khả năng đệm cao hơn TAE nhưng nó có một nhược điểm rất lớn là: các ion trong dung dịch đệm có thể phản ứng với agrose hoăc glycerol (trong mẫu) gây ảnh hưởng tới kết quả điện di.
Trước khi mẫu được nạp lên gel nó được trộn với loading buffer (chứa Bromphenole blue giúp ta dễ kiểm tra xem mẫu đã chạy đến đâu trong điện trường; đồng thời chứa cả chất làm tăng độ tập trung DNA).
Sau khi chạy điện di, DNA/RNA trên gel được nhuộm với Ethidium bromide hoặc GelRed (những chất phát huỳnh quang khi chiếu UV).