Dự đoán thông số hóa lý, ADMET của các thành phần- 123docz.net

Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

3.3. Kết quả nghiên cứu hoạt tính kháng khuẩn và kháng nấm in silico của một số thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu

3.3.3. Dự đoán thông số hóa lý, ADMET của các thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu

Kết quả dự đoán thông số hóa lý cơ bản và quy tắc giống thuốc của các thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu được trình bày lần lượt ở bảng 3.8 và 3.9.

Bảng 3.8. Một số đặc điểm hoá lý cơ bản của các thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu

Chú thích:

0. Các hợp chất: (1) – β-pinen, (2) – sabinen, (3) – α-pinen, (4) – 3-allyl-6- methoxyphenyl acetat, (5) – 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen, (6) – chavicol acetat, (7) – eugenol, (8) – caryophyllen, (9) – linalool, (10) – trans- sesquisabinen hydrat, (11) – D-limonen.

1. Khối lượng phân tử (molecular weight)

2. Số liên kết có thể xoay được (rotatable bonds)

3. Tỷ lệ các nguyên tửu carbon lai hóa sp3 so với tổng carbon phân tử Hợp

chất0

MW1

(g/mol) nRB2 3Csp3 nHb4 (A+D)

TPSA5

(Å2) LogPO/W6 LogS7 (mg/ml)

1 136.23 0 0.80 0 0 3.42 -3.87

2 136.23 1 0.80 0 0 3.25 -2.76

3 136.23 0 0.80 0 0 3.44 -4.20

4 206.24 5 0.25 8 35.53 2.55 -2.68

5 234.25 6 0.23 4 52.60 2.50 -2.81

6 176.21 4 0.18 2 26.30 2.66 -3.04

7 164.20 3 0.20 3 29.46 2.25 -2.53

8 204.35 0 0.73 0 0 4.24 -4.10

9 154.25 4 0.60 2 20.23 2.66 -3.06

10 222.37 4 0.87 2 20.23 3.79 -4.21

11 136.23 1 0.60 0 0 3.37 -4.29

4. Tổng số nguyên tố đóng vai trò cho và nhận liên kết hydro 5. Diện tích bề mặt phân cực (Topological polar surface area) 6. Hệ số phân bố octanol – nước

7. Hệ số tan

Bảng 3.9. Quy tắc giống thuốc của các thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu

Hợp chất

Vi phạm Lipinski

Vi phạm Ghose

Vi phạm Veber

Vi phạm Egan

Vi phạm

Muegge Điểm sinh khả dụng

1 1 1 0 0 2 0.55

2 1 1 0 0 2 0.55

3 1 1 0 0 2 0.55

4 0 0 0 0 0 0.55

5 0 0 0 0 0 0.55

6 0 0 0 0 1 0.55

7 0 0 0 0 1 0.55

8 1 0 0 0 1 0.55

9 0 1 0 0 2 0.55

10 0 0 0 0 1 0.55

11 0 1 0 0 2 0.55

Chú thích:

+ Số vi phạm quy tắc giống thuốc càng nhỏ tức là hợp chất đó càng có đặc tính giống thuốc cao.

+ Các hợp chất: (1) – β-pinen, (2) – sabinen, (3) – α-pinen, (4) – 3-allyl-6- methoxyphenyl acetat, (5) – 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen, (6) – chavicol acetat, (7) – eugenol, (8) – caryophyllen, (9) – linalool, (10) – trans-sesquisabinen hydrat, (11) – D-limonen.

Phân tích ADMET trên 5 thông số chính về dược động học và độc tính:

Hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ và độc tính bằng công cụ ADMETlab 2.0.

Kết quả dự đoán của 11 hợp chất được trình bày ở bảng 3.10.

Bảng 3.10. Các tính chất dược động học (ADMET) của các thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu

Hợp chất 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Hấp thu Tính thấm

tế bào Caco-2

Cao Cao Cao Cao Cao Cao Cao Cao Cao Cao Cao

Tính thấm tế bào MDCK

Trung

bình Cao Trung

bình Cao Cao Cao Cao Cao Cao Trung

bình

Trung bình Ức chế

glyco- protein P

Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Cơ chất

glyco- protein P

Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Hấp thu qua

đường ruột ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30% ≥30%

Phân bố Liên kết

protein huyết tương

(%)

64.33 69.45 86.34 80.30 76.26 84.39 92.12 92.17 85.37 93.85 91.33 Thể tích

phân bố (L/kg)

1.091 1.169 1.730 0.754 0.375 0.559 0.833 2.514 1.509 1.178 3.593 Tính thấm

qua hàng rào máu não

(BBB)

Có Có Có Có Có Có Không Có Có Có Có

Chuyển hóa Ức chế

CYP1A2 Không Không Không Có Có Có Có Có Không Không Có

Cơ chất

CYP1A2 Không Không Không Có Không Không Có Có Không Không Có Ức chế

CYP2C19 Không Không Không Có Có Có Có Không Không Không Không Cơ chất

CYP2C19 Có Có Có Có Không Không Có Có Có Có Có

Ức chế

CYP2C9 Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Cơ chất

CYP2C9 Có Không Có Có Có Có Có Có Có Không Có

Ức chế

CYP2D6 Không Không Không Không Không Không Có Không Không Không Không Cơ chất

CYP2D6 Có Có Có Có Có Có Có Có Không Không Có

Ức chế

CYP3A4 Không Không Không Không Không Không Không Không Không Có Không Cơ chất

CYP3A4 Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Thải trừ

Độ thanh thải (ml/phút

/kg)

Trung bình (10.1)

Trung bình (11.20)

Cao (15.02)

Trung bình (8.40)

Thấp (3.09)

Trung bình (5.36)

Trung bình (14.04)

Trung bình (5.46)

Trung bình (9.74)

Trung bình (18.34)

Trung bình (7.50) T1/2

(khả năng có t1/2 dài)

0.107 0.194 0.114 0.844 0.848 0.745 0.887 0.100 0.493 0.109 0.417 Độc tính

Hợp chất 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Ức chế kênh hERG

(độc tính trên tim)

Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Độc tính

trên gan Không Không Không Không Không Không Không Không Không Có Không Đột biến

gen Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Độc tính

cấp trên chuột

Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Không Kích ứng

mắt Có Có Có Có Có Có Có Có Có Có Có

Chú thích: Các hợp chất: (1) – β-pinen, (2) – sabinen, (3) – α-pinen, (4) – 3-allyl-6-methoxyphenyl acetat, (5) – 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen, (6) – chavicol acetat, (7) – eugenol, (8) – caryophyllen, (9) – linalool, (10) – trans-sesquisabinen hydrat, (11) – D-limonen.

Một trong những trở ngại khó khăn nhất mà ứng viên thuốc phải vượt qua là sở hữu các đặc tính ADMET phù hợp. Việc xác định các đặc tính này trong quá trình phát hiện thuốc sớm là rất quan trọng để giảm các vấn đề ADMET sau này trong quá trình phát triển thuốc. Trong nghiên cứu này, các đặc tính ADMET đã được phân tích. Kết quả cho thấy các hợp chất trong nghiên cứu sở hữu các đặc tính ADMET thuận lợi.