4.2. Hoạt tính kháng khuẩn và kháng nấm in vitro của tinh dầu các mẫu nghiên cứu
4.3.2. Hoạt tính kháng Candida albicans in silico của một số thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu
Với C. albicans, nấm men là sinh vật nhân thực có cấu tạo phức tạp hơn so với vi khuẩn. Kết quả nghiên cứu cho thấy các hợp chất chính trong tinh dầu có năng lượng liên kết thấp nhất với protein ARO1 và MET6 của C. albicans.
Protein ARO1 (Pentafunctional AROM polypeptide) là một đa enzym chuyển hóa quan trọng trong con đường tổng hợp các acid amin thơm của nấm
67
men [61]. Trong những nghiên cứu gần đây, nó được coi là đích tác dụng tiềm năng cho các thuốc kháng nấm bởi vai trò sinh học quan trọng của nó trong con đường tổng hợp shikimate – chất trung gian trong con đường tổng hợp các acid amin thơm và không có sự tương đồng ở người [61, 62]. Một nghiên cứu gần đây đã chứng minh rằng sự ức chế phiên mã của ARO1 ở C. albicans dẫn đến một kiểu hình phức tạp bao gồm những thay đổi đối với tính toàn vẹn của thành tế bào và sự hình thành màng sinh học, đồng thời làm giảm độc lực của C. albicans trong mô hình lây nhiễm trên Galleria mellonella [63].
Kết quả docking phân tử cho thấy các hợp chất chính trong ba mẫu tinh dầu đều có khả năng tương tác với vị trí hoạt động của enzym này, đặc biệt là miền ARO1epsps. Hai hợp chất trans-sesquisabinen hydrat (tinh dầu loài P. pierrei) và 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen (tinh dầu loài P. betle) cho thấy khả năng tương tác tốt nhất với vị trí hoạt động ARO1epsps với năng lượng tự do lần lượt là -5,24 kcal/mol và -5,07 kcal/mol. Chúng tương tác tại vị trí xúc tác linh động nằm giữa 2 đơn vị cấu trúc dimer của ARO1epsps nhờ các liên kết hydro của nguyên tử O nhóm acetyl đối với 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen và nhóm alcol đối với trans- sesquisabinen hydrat và các acid amin quan trọng như Asp715, Asp670, Thr714, Gly669. Bên cạnh đó, các hợp chất còn tạo được liên kết kỵ nước với Leu595, Tyr596, Met599, Lys410 trong trung tâm hoạt động. Ái lực gắn tốt giúp ngăn cơ chất liên kết và được xúc tác tổng hợp nên tiền chất của folate và acid thơm cần thiết cho nấm.
Protein MET6 (5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase) là một enzym quan trọng tham gia vào con đường tổng hợp amino acid methionin ở nấm C. albicans. Vì có chức năng xúc tác cho phản ứng chuyển một nhóm methyl từ 5-methyl-tetrahydrofolat sang homocysteine để tạo ra methionin [64]. MET6 là enzym thiết yếu cho sự sinh trưởng của nấm, hơn nữa MET6 là enzym methionine synthase không phụ thuộc cobalamin khác biệt với enzym methionine synthase phụ thuộc cobalamin ở người cho nên MET6 được
68
coi là một mục tiêu thuốc kháng nấm tiềm năng [65]. Kết quả docking phân tử cho thấy các hợp chất chính trong ba mẫu tinh dầu đều có khả năng tương tác với trung tâm hoạt động của enzym này. Trong đó hai hợp chất 4-allyl-1,2- diacetoxybenzen và chavicol acetate có năng lượng tự do thấp nhất lần lượt là - 5,01 kcal/mol và -4,67 kcal/mol. Để hoạt hóa L-homocystein cần đến ion kẽm và 3 acid amin khác gồm His657, Cys659, Cys739 để tạo phức hợp neo giữ L- homocystein cho quá trình chuyển đổi [64]. Cả hai hợp chất trên đều có khả năng tương tác tốt với Cys659, Cys739 và ion Zn2+ thông qua liên kết hydro giữa nguyên tử O của các nhóm acetyl trong 2 chất với các acid amin và liên kết cho – nhận giữa phối tử và ion kim loại, điều đó được thể hiện qua năng lượng liên kết.
Ngoài ra, liên kết van der Waals với Asp614 cũng là một liên kết quan trọng cho thấy khả năng ức chế enzym của các hợp chất do Asp614 là acid amin thiết yếu trong trung tâm hoạt động cho liên kết với cơ chất homocystein. Nhờ vậy, chúng ức chế được quá trình tổng hợp methionine cho sự phát triển của nấm.
Tinh dầu loài P. betle có nhiều thành phần có năng lượng liên kết nhỏ trên cả 2 protein đích như: 3-allyl-6-methoxyphenyl acetat (chiếm hàm lượng 25,4 %) có năng lượng liên kết với ARO1epsps và MET6 lần lượt là -4,42 kcal/mol và -4,33 kcal/mol, 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen (chiếm hàm lượng 25,18 %) có năng lượng liên kết với ARO1epsps và MET6 lần lượt là -5,07 kcal/mol và -5,01 kcal/mol.
Trong khi đó tinh dầu P. pierrei chỉ duy nhất trans-sesquisabinen hydrat (chiếm hàm lượng 12,84 %) có năng lượng liên kết nhỏ và tinh dầu P. betle f. densum các hợp chất đều có năng lượng liên kết lớn. Điều này có thể giải thích tác dụng trên C. albicans của 3 mẫu tinh dầu.
69
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 1. Kết luận
Sau khi tiến hành nghiên cứu tác dụng kháng khuẩn và kháng nấm in vitro và in silico của tinh dầu một số loài thuộc chi Piper L., họ Piperaceae, luận văn thu được những kết quả sau đây:
Về phân tích thành phần hóa học của tinh dầu loài Piper betle f. densum, Piper betle, Piper pierrei C. DC. thuộc chi Piper L.:
Xác định sự có mặt của 69 thành phần trong tinh dầu và tỷ lệ phần trăm từng thành phần trên sắc ký đồ. Một số thành phần chính của tinh dầu các mẫu đã được xác định bao gồm: α-pinen, sabinen, β-pinen, d-limonen, linalool, chavicol acetat, eugenol, caryophyllen, 3-allyl-6-methoxyphenyl acetat, trans- sesquisabinen hydrat, 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen.
Về đánh giá hoạt tính kháng khuẩn và kháng nấm in vitro của các mẫu tinh dầu thu được:
Từ kết quả trình bày trong bảng 3.4 có thể thấy, tinh dầu loài P. betle f.
densum có tác dụng tương đối tốt trên vi khuẩn Gram (+) với giá trị MIC là 0,2
%. Tỉ lệ MBC/MIC = 1 cho thấy tinh dầu có khả năng diệt khuẩn tốt. Trong khi đó, tinh dầu gần như không có tác dụng trên Escherichia coli và nấm men Candida albicans với giá trị MIC ≥ 1,6 %.
Với giá trị MIC = MBC = 0,8 % trên Staphylococcus aureus và MIC = 0,8
%, MFC ≥ 1,6 % trên Candida albicans cho thấy tinh dầu loài P. pierrei có tác dụng tương đối trên 2 chủng vi sinh vật này, trong khi đó tinh dầu gần như không có tác dụng trên E. coli với giá trị MIC ≥ 1,6 %.
Như vậy duy nhất tinh dầu loài P. betle có khả năng diệt khuẩn và diệt nấm tốt trên cả 3 chủng vi sinh vật thử nghiệm với giá trị MIC trên S. aureus và E. coli cùng là 0,2 %, tỉ lệ MBC/MIC = 2, trên nấm men Candida albicans giá trị MIC là 0,1 %, tỉ lệ MBC/MIC = 1.
70
Về nghiên cứu hoạt tính kháng khuẩn và kháng nấm in silico của một số thành phần hóa học chính trong các mẫu tinh dầu:
Kết quả docking cho thấy thành phần chính trong cả 3 tinh dầu đều có tương tác với các đích của S. aureus với năng lượng liên kết âm. Trong đó năng lượng liên kết của các hợp chất với protein murB và murE là thấp nhất. Hai hợp chất: 4- allyl-1,2-diacetoxybenzen (tinh dầu P. betle) và sabinen (tinh dầu P. betle f.
densum và P. pierrei) có năng lượng liên kết thấp nhất với 2 đích nêu trên.
Các hợp chất chính trong tinh dầu có năng lượng liên kết thấp nhất với protein ARO1 và MET6 của nấm men C. albicans. Hai hợp chất trans- sesquisabinen hydrat (tinh dầu P. pierrei ) và 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen (tinh dầu P. betle) cho thấy khả năng tương tác tốt nhất với trung tâm hoạt động ARO1epsps. Hai hợp chất trong tinh dầu P. betle là 4-allyl-1,2-diacetoxybenzene và chavicol acetat có khả năng tương tác tốt với protein MET6.
2. Kiến nghị
Bên cạnh những kết quả đạt được, do thời gian có hạn, để tiếp tục phát triển các kết quả nghiên cứu của luận văn “Nghiên cứu tác dụng kháng khuẩn và kháng nấm in vitro và in silico của tinh dầu một số loài thuộc chi Piper L., họ Piperaceae”
nhằm hoàn thiện và tăng tính ứng dụng, nhóm nghiên cứu xin đưa ra các đề xuất sau:
1. Tiếp tục sàng lọc, tăng cường số lượng các hợp chất tự nhiên có tác dụng ức chế tất cả các đích phân tử nhằm tìm ra những hợp chất tối ưu.
2. Tiến hành nghiên cứu thực nghiệm hoạt tính kháng vi sinh vật của các hợp chất đã sàng lọc được như 4-allyl-1,2-diacetoxybenzen, sabinen, trans- sesquisabinene và chavicol acetat trên in vitro và in vivo.
3. Phát triển phương pháp in silico để ứng dụng vào các mô hình bệnh tật phức tạpkhác.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Đỗ Tất Lợi (2013), Những cây thuốc và vị thuốc Việt Nam, NXB Y học, Hà Nội.
2. Madhumita, Mitali, Guha, Proshanta, and Nag, Ahindra (2019), "Extraction of betel leaves (Piper betle L.) essential oil and its bio-actives identification: Process optimization, GC-MS analysis and anti-microbial activity", Industrial Crops Products, 138, p. 111578.
3. Prakash, Bhanu , et al. (2010), "Efficacy of chemically characterized Piper betle L. essential oil against fungal and aflatoxin contamination of some edible commodities and its antioxidant activity", International journal of food microbiology, 142(1-2), pp. 114-119.
4. Viện sinh thái và tài nguyên sinh vật (2003), Danh lục các loài thực vật Việt Nam, NXB Nông nghiệp, Hà Nội.
5. Phạm Hoàng Hộ (1999), Cây cỏ Việt Nam, quyển I, NXB Trẻ, TP. Hồ Chí Minh.
6. Tebbs, Margaret Cecilia (1990), "Revision of Piper (Piperaceae) in the New World. II: the taxonomy of Piper section Churumayu", Bulletin of the British Museum. Natural History. Botany, 20(2), pp. 193-236.
7. Tawan, CS, et al. (2002), "A brief account on the wild Piper (Piperaceae) of the Crocker Range, Sabah", Asian Review of Biodiversity Environmental Conservation, pp. 1-11.
8. Tebbs, Margaret Cecilia (1993), "Revision of Piper (Piperaceae) in the New World. 3. The taxonomy of Piper sections Lepianthes and Radula", Bulletin of the Natural History Museum. Botany Series, pp. 1-50.
9. Bos, Rein, et al. (2007), "Essential oil constituents of Piper cubeba L. fils.
from Indonesia", Journal of essential oil research, 19(1), pp. 14-17.
10. Phạm Thế Chính, et al. (2009), "Thành phần hóa học của tinh dầu lá trầu (Piper Betle L.) Trồng tại Hải Dương", Tạp chí Khoa học Công nghệ, 72(10), pp. 48-52.
11. Nguyễn Thiện Chí, et al. (2016), "Khảo sát thành phần hóa học và hoạt tính kháng vi sinh vật của tinh dầu lá trầu không (Piper betel L.), họ hồ tiêu (Piperaceae)", Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ(45), pp. 28-32.
12. Huong, Le Thi, et al. (2019), "Chemical compositions and mosquito larvicidal activities of essential oils from Piper species growing wild in Central Vietnam", Molecules, 24(21), p. 3871.
13. Hieu, Le D, et al. (2014), "Chemical composition of essential oils from four Vietnamese species of Piper (Piperaceae)", Journal of Oleo Science, 63(3), pp. 211-217.
14. Tewtrakul, Supinya, et al. (2000), "Fruit oil composition of Piper chaba Hunt., P. longum L. and P. nigrum L", Journal of Essential Oil Research, 12(5), pp. 603-608.
15. Lesueur, Dominique, et al. (2009), "Composition of the essential oil of Piper bavinum C. DC. from Vietnam", Journal of Essential Oil Research, 21(1), pp. 16-18.
16. Võ Văn Chi (2012), Từ điển cây thuốc Việt Nam, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
17. Aumeeruddy-Elalfi, Z, Gurib-Fakim, A, and Mahomoodally, F (2015),
"Antimicrobial, antibiotic potentiating activity and phytochemical profile of essential oils from exotic and endemic medicinal plants of Mauritius", Industrial crops products, 71, pp. 197-204.
18. Arambewela, Lakshmi, Kumaratunga, KGA, and Dias, Kalyani (2005),
"Studies on Piper betle of Sri Lanka", Journal of the National Science Foundation of Sri Lanka, 33(2).
19. Caburian, Adeltrudes B and Osi, Marina O (2010), "Characterization and Evaluation of Antimicrobial Activity of the Essential Oil from the Leaves of Piper betle L.", E-International Scientific Research Journal, 2(1), pp. 2- 13.
20. Le, Nguyen V, et al. (2022), "Chemical compositions of essential oils and antimicrobial activity of Piper albispicum C. DC. from Vietnam", Journal of Essential Oil Bearing Plants, 25(1), pp. 82-92.
21. Row, Li‐Ching Morgan and Ho, Jiau‐Ching (2009), "The antimicrobial activity, mosquito larvicidal activity, antioxidant property and tyrosinase inhibition of Piper betle", Journal of the Chinese Chemical Society, 56(3), pp. 653-658.
22. Al-Sayed, Eman, Gad, Haidy A, and El-Kersh, Dina M (2021),
"Characterization of four Piper essential oils (GC/MS and ATR-IR) coupled to chemometrics and their anti-Helicobacter pylori activity", Acs Omega, 6(39), pp. 25652-25663.
23. Jiang, Lin (2011), Comparison of disk diffusion, agar dilution, and broth microdiultion for antimicrobial susceptibility testing of five chitosans, Louisiana State University and Agricultural & Mechanical College.
24. Valgas, Cleidson, et al. (2007), "Screening methods to determine antibacterial activity of natural products", Brazilian journal of microbiology, 38, pp. 369-380.
25. Balouiri, Mounyr, Sadiki, Moulay, and Ibnsouda, Saad Koraich (2016),
"Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review", Journal of pharmaceutical analysis, 6(2), pp. 71-79.
26. Li, Xiao-Li and Ng, See-Kiong (2009), Biological data mining in protein interaction networks, Igi Global.
27. Sardiu, Mihaela E and Washburn, Michael P (2011), "Building protein- protein interaction networks with proteomics and informatics tools", Journal of Biological Chemistry, 286(27), pp. 23645-23651.
28. Koh, Gavin CKW, et al. (2012), "Analyzing protein–protein interaction networks", Journal of proteome research, 11(4), pp. 2014-2031.
29. Dessimoz, Christophe and Škunca, Nives (2017), The gene ontology handbook, Springer Nature.
30. Kanehisa, Minoru and Goto, Susumu (2000), "KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes", Nucleic acids research, 28(1), pp. 27-30.
31. Irwin, John J and Shoichet, Brian K (2005), "ZINC− a free database of commercially available compounds for virtual screening", Journal of chemical information modeling, 45(1), pp. 177-182.
32. Jain, Ajay N (2006), "Scoring functions for protein-ligand docking", Current Protein Peptide Science, 7(5), pp. 407-420.
33. Luo, Hao, et al. (2014), "DEG 10, an update of the database of essential genes that includes both protein-coding genes and noncoding genomic elements", Nucleic acids research, 42(D1), pp. D574-D580.
34. Bộ Y tế (2017), Dược điển Việt Nam V, NXB Y học, Hà Nội.
35. https://webbook.nist.gov/chemistry/
36. Adams, Robert P. (2017), Identification of Essential Oil Components By Gas Chromatography/Mass Spectrometry.
37. Clinical and Laboratory Standards Institute (2018), M100 Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing.
38. Institute, Clinical and Laboratory Standards (2017), M27-A2-Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing of Yeasts.
39. Segal, Ella Shtifman, et al. (2018), "Gene essentiality analyzed by in vivo transposon mutagenesis and machine learning in a stable haploid isolate of Candida albicans", MBio, 9(5), pp. 02048-02018.
40. Facundo, Valdir Alves, Ferreira, Silane Aparecida, and Morais, Selene Maia de (2007), "Essential Oils of Piper dumosum Rudge and Piper aleyreanum C.DC (Piperaceae) from Brazilian Amazonian Forest", Journal of Essential Oil Research, 19, pp. 165-166.
41. Torquilho, Helena S, et al. (2000), "Essential oil of Piper cernum Vell. var.
cernum Yuncker from Rio de Janeiro, Brazil", Journal of Essential Oil Research, 12(4), pp. 443-444.
42. Soleane, Hélida, et al. (2007), "Essential oil of Piper renitens (Miq.) Yunck leaves and stems (Piperaceae) from Brazilian amazonian forest", Journal of Essential Oil Research, 19(6), pp.
557-558.
43. Dosoky, Noura S, et al. (2019), "Volatiles of black pepper fruits (Piper nigrum L.)", Molecules, 24(23), p. 4244.
44. Tchoumbougnang, F, et al. (2009), "Comparative essential oils composition and insecticidal effect of different tissues of Piper capense L., Piper guineense Schum. et Thonn., Piper nigrum
L. and Piper umbellatum L. grown in Cameroon", African Journal of Biotechnology, 8(3).
45. Cicció, José F (2005), "Essential oil from the leaves of Piper augustum from “Alberto M.
Brenes” biological preserve, Costa Rica", Journal of Essential Oil Research, 17(3), pp. 251-253.
46. Navickiene, Hosana M Debonsi, et al. (2006), "Composition and antifungal activity of essential oils from Piper aduncum, Piper arboreum and Piper tuberculatum", Química Nova,
29, pp. 467-470.
47. Baldwin, Alec (2022), "Analysis of the chemical components of the essential oil fraction of betel leaf (Piper bettle linn.) and the antibacterial activity test against several types of gram-
positive bacteria", International Journal of Nursing Midwifery Research, 1(1), pp. 9-18.
48. Da Silva, Joyce Kelly, et al. (2017), "Essential oils from neotropical Piper species and their biological activities", International journal of molecular sciences, 18(12), p. 2571.
49. Da Silva, Joyce Kelly R, et al. (2014), "Essential oils of Amazon Piper species and their cytotoxic, antifungal, antioxidant and anti-cholinesterase activities", Industrial Crops
Products, 58, pp. 55-60.
50. Cowan, Marjorie Murphy (1999), "Plant products as antimicrobial agents", Clinical microbiology reviews, 12(4), p. 564.
51. Lê Huy Chính (2007), Vi sinh vật y học, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
52. Schulze, Jürgen and Sonnenborn, Ulrich (2009), "Yeasts in the gut: from commensals to infectious agents", Deutsches Ärzteblatt International, 106(51-52), pp. 837-842.
53. Zoraghi, Roya and Reiner, Neil E (2013), "Protein interaction networks as starting points to identify novel antimicrobial drug targets", Current opinion in microbiology, 16(5), pp. 566-
572.
54. Höltje, Joachim-Volker (1998), "Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli", Microbiology molecular biology reviews, 62(1), pp. 181-203.
55. Navarre, William Wiley and Schneewind, Olaf (1999), "Surface proteins of gram-positive bacteria and mechanisms of their targeting to the cell wall envelope", Microbiology
molecular biology reviews, 63(1), pp. 174-229.
56. Nishida, Satoshi, et al. (2006), "Identification and characterization of amino acid residues essential for the active site of UDP-N-acetylenolpyruvylglucosamine reductase (MurB) from
Staphylococcus aureus", Journal of Biological Chemistry, 281(3), pp. 1714-1724.
57. Gửtz, Friedrich (2004), "Staphylococci in colonization and disease: prospective targets for drugs and vaccines", Current opinion in microbiology, 7(5), pp. 477-487.
58. El Zoeiby, Ahmed, Sanschagrin, Franỗois, and Levesque, Roger C (2003), "Structure and function of the Mur enzymes: development of novel inhibitors", Molecular microbiology,
47(1), pp. 1-12.
59. Benson, Timothy E, et al. (2001), "A structural variation for MurB: X-ray crystal structure of Staphylococcus aureus UDP-N-acetylenolpyruvylglucosamine reductase (MurB)",
Biochemistry, 40(8), pp. 2340-2350.
60. Ruane, Karen M, et al. (2013), "Specificity determinants for lysine incorporation in Staphylococcus aureus peptidoglycan as revealed by the structure of a MurE enzyme ternary
complex", Journal of Biological Chemistry, 288(46), pp. 33439-33448.
61. Stogios, Peter J, et al. (2022), "Molecular analysis and essentiality of Aro1 shikimate biosynthesis multi-enzyme in Candida albicans", Life science alliance, 5(8).
62. Coracini, JD and De Azevedo, WF (2014), "Shikimate kinase, a protein target for drug design", Current medicinal chemistry, 21(5), pp. 592-604.
63. Yeh, Ying-Chieh, Wang, Hung-Yen, and Lan, Chung-Yu (2020), "Candida albicans Aro1 affects cell wall integrity, biofilm formation and virulence", Journal of Microbiology, Immunology
Infection, 53(1), pp. 115-124.
64. Ubhi, Devinder, et al. (2011), "Structure of Candida albicans methionine synthase determined by employing surface residue mutagenesis", Archives of biochemistry biophysics, 513(1), pp.
19-26.
65. Prasannan, Priya, Suliman, Huda S, and Robertus, Jon D (2009), "Kinetic analysis of site- directed mutants of methionine synthase from Candida albicans", Biochemical biophysical
research communications, 382(4), pp. 730-734.
Phụ lục 1. Tiêu bản mẫu nghiên cứu của loài Piper betle f. densum (Blume)Fosberg
Phụ lục 2. Tiêu bản mẫu nghiên cứu của loài Piper betle L.
Phụ lục 3. Tiêu bản mẫu nghiên cứu của loài Piper pierrei C. DC
Phụ lục 4. Danh sách 54 đích trung tâm trong mạng tương tác protein của Staphylococcus aureus
STT Protein Bậc Độ trung tâm Độ gần
1 rpsB 64 1461.08 0.4247
2 rpsG 61 487.77 0.4120
3 rplA 61 442.78 0.4104
4 rpsF 60 524.44 0.4063
5 rpsD 60 451.10 0.4095
6 rpsK 59 334.36 0.3962
7 rpsP 59 266.02 0.4016
8 rpmA 58 523.50 0.4071
9 rpsC 58 411.18 0.4079
10 rplS 58 226.07 0.4063
11 rplM 58 192.26 0.4039
12 rpmC 56 2220.53 0.4178
13 rplV 56 590.31 0.3977
14 rpsR 56 324.88 0.3954
15 rpsO 55 2632.40 0.4055
16 rplC 55 273.56 0.4016
17 rplQ 54 204.89 0.3939
18 rpmH 53 404.74 0.4039
19 frr 52 3337.04 0.4247
20 rpoA 49 890.53 0.3946
21 rplY 49 395.31 0.4023
22 smpB 45 241.76 0.3894
23 ylbN 43 2026.07 0.3969
24 secY 38 190.71 0.3533
25 yidC 24 654.38 0.3718
26 murG 22 1597.56 0.3521
27 relA 22 1552.84 0.3509
28 dnaG 22 1133.84 0.3718
29 ftsZ 21 2140.13 0.3931
30 dnaN 21 1643.72 0.3759
31 murF 21 1103.27 0.3608
32 rnpA 21 985.71 0.3433
33 murC 19 1681.64 0.3752
34 murB 18 1696.64 0.3659
35 der 18 1391.09 0.3725
36 murE 18 546.99 0.3462
37 murD 18 279.86 0.3372
38 ftsW_1 17 1160.29 0.3836
39 ftsA 17 989.12 0.3836
40 sigA 17 715.99 0.3787
41 divIB 16 614.20 0.3546
42 pbp2 15 1066.34 0.3355
43 dnaA 15 437.17 0.3576
44 dnaX 14 744.94 0.3497
45 dnaC 14 577.04 0.3422
46 tmk 13 2186.11 0.3739
47 dnaE 13 893.12 0.3725
48 pyrH 13 647.11 0.3894
49 dnaI 12 420.86 0.3570
50 fabZ 11 1873.96 0.3570
51 glmU 11 469.83 0.3451
52 greA 11 344.44 0.3646
53 dnaB 11 201.15 0.3411
54 plsY 10 1628.09 0.3411
Phụ lục 5. Kết quả phân tích cụm (MCODE) các protein trung tâm trong mạng tương tác protein của Staphylococcus aureus
Thực hiện phân tích cụm (cluster) bằng thuật toán MCODE và trực quan hóa trong phần mềm Cytoscape. Từ đó xác định được 4 cụm từ 54 đích trung tâm được thể hiện trong hình PL5.1.
Hình 1. Phân tích cụm 54 đích trung tâm Staphylococcus aureus
Chú thích: cụm 1 (đỏ), cụm 2 (xanh lá), cụm 3 (xanh lam), cụm 4 (xanh dương).