CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.3. Kết quả phân tích phân tử đối với ba loài tre cần chỉnh lý tên chi
3.3.1. Kết quả xác định trình tự bốn vùng gen nghiên cứu
Sản phẩm PCR sau khi tinh sạch được sử dụng làm DNA khuôn cho xác định đọc trình tự. Quá trình xác định trình tự được thực hiện trên máy ABI PRISM® 3100 Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems) tại Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Gen, Viện CNSH. Phản ứng đọc trình tự được thực hiện theo cả hai chiều xuôi và ngược.
Chín mẫu tre của 3 loài cần chỉnh lý tên chi là Dùng cầu hai, Dùng phấn và Lùng thanh hoá (3 mẫu/1 loài) với bốn cặp mồi đặc hiệu đã thu được trình tự nucleotide có độ dài là 938 nucleotide đối với vùng gen trnL-trnF, 620 nucleotide đối với vùng gen psbA- trnH, 1539 nucleotide đối với vùng gen matK và 444 nucleotide đối với vùng gen PIF.
3.3.1.1. Kết quả xác định trình tự vùng gen PIF
Thông qua ảnh điện di đồ với các đỉnh huỳnh quang rõ nét, cường độ mạnh và rõ ràng (kết quả không chỉ ra ở đây) cho thấy kết quả xác định trình tự vùng gen PIF có độ
1 2 3 4 5 6 7 8 M
0,5kb 0,75kb
tin cậy rất cao. Các trình tự thu được của 09 mẫu nghiên cứu được xử lý phân tích bởi phần mềm BioEdit 4.0 (hình 3.7).
Vị trí 39 4445 195 201 213 305 356 371 391 405 414 418 423 K3001/2 (DCH) ***T***CT* **G***G*** A***G***C* **-***T*** A***T***C* **T***
K3001/8 ... ... ... ..-... ... ...
K3001/9 ... ... ... ..-... ... ...
K3002/1 (DP) ... ... ... ..-... ... ..G...
K3002/5 ... ... ... ..-... ... ..G...
K3002/15 ... ... ... ..-... ... ..G...
K3003/5 (LTH) ...C...AG. ..A...A... T...C...T. ..T...A... C...A...G. ..G...
K3003/10 ...C...AG. ..A...A... T...C...T. ..T...A... C...A...G. ..G...
K3003/14 ...C...AG. ..A...A... T...C...T. ..T...A... C...A...G. ..G...
Hình 3.7. Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng gen PIF xác định từ 9 mẫu tre nghiên cứu thuộc 3 loài Dùng cầu hai (DCH), Dùng phấn (DP) và Lùng thanh hoá (LTH) (K3001/2, K3001/8, K3001/9: Dùng cầu hai; K3002/1, K3002/5, K3002/15: Dùng phấn;
K3003/5, K3003/10, K3003/14: Lùng thanh hoá)
Sau khi loại bỏ trình tự của đoạn mồi và các nucleotide so le ở hai đầu, chúng tôi đã thu được trình tự nucleotide có độ dài là 443 nucleotide đối với loài Dùng cầu hai và Dùng phấn; 444 nucleotide đối với loài Lùng thanh hoá. Kết quả thống kê ở hình 3.7 đã chỉ ra 14 vị trí (39, 44, 45, 195, 201, 213, 305, 356, 371, 391, 405, 414, 418 và 423) bị đột biến bởi việc chèn vào hay mất đi nucleotide khi so sánh giữa ba loài nghiên cứu. Khi so sánh giữa hai loài Dùng cầu hai và Dùng phấn với Lùng thanh hoá thì có sự sai khác tại 12 vị trí nucleotide, đó là các vị trí thứ 39, 44, 45, 195, 201, 213, 305, 356, 391, 405, 414 và 418 thì (TCTGGAGCTATC) được thay bằng (CAGAATCTACAG), tương ứng. Trong khi đó, khi so sánh trình tự nucleotide giữa tre Dùng cầu hai với hai loài Dùng phấn và Lùng thanh hoá thì tại vị trí nucleotide thứ 423 (T) được thay bằng (G). Hay tại vị trí 371 hai loài Dùng cầu hai và Dùng phấn đã không có nucleotide (T).
3.3.1 en psbA - trnH
Trình tự vùng psbA - trnH đã thu được chiều dài 619 nucleotide đối với hai loài Dùng cầu hai và Dùng phấn, 620 nucleotide đối với loài Lùng thanh hoá.
Vị trí 90 9293 95 138 K3001/2 (DCH) ***TTCC*** G***-*****
K3001/8 ... ....-...
K3001/9 ... ....-...
K3002/1 (DP) ...C.GG... A...-...
K3002/5 ...C.GG... A...-...
K3002/15 ...C.GG... A...-...
K3003/5 (LTH) ... ....T...
K3003/10 ... ....T...
K3003/14 ... ....T...
Hình 3.8. Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng gen psbA-trnH xác định từ 9 mẫu tre nghiên cứu thuộc 3 loài Dùng cầu hai (DCH), Dùng phấn (DP) và Lùng thanh hoá (LTH) (Ký hiệu mẫu của các loài như trong hình 3.7).
Sự khác nhau giữa các vị trí nucleotide khi so sánh giữa ba loài Dùng cầu hai, Dùng phấn và Lùng thanh hoá trong hình 3.8 đã chỉ ra 5 vị trí (90, 92, 93, 95 và 138) đột biến bởi chèn vào hay mất đi nucleotide. Ví dụ, tại vị trí 90, 92, 93 và 95 hai loài Dùng cầu hai và Lùng thanh hoá có 4 nucleotide (TCCG, tương ứng) được thay bằng (CGGA, tương ứng) so với loài Dùng phấn. Hay tại vị trí 138 loài Dùng cầu hai và Dùng phấn đã không có nucleotide (T).
3.3.1. K
Trình tự nucleotide của gen matK thu được kích thước là 1527 nucleotide đối với cả ba loài Dùng cầu hai, Dùng phấn và Lùng thanh hoá (Hình 3.9). Từ các nghiên cứu thực tiễn cho thấy, gen matK là gen rất bảo thủ nên được sử dụng như một bacording ở thực vật [23], tuy nhiên trong hình 3.9 đã tìm thấy 2 vị trí sai khác nucleotide (394 và
1328) khi so sánh trình tự giữa hai loài Dùng cầu hai và Dùng phấn với Lùng thanh hoá thì (A và T) được thay bằng (C và C), tương ứng.
Vị trí 10 394 1328 K3001/2 (DCH) CTGATTCAAG ***A***T**
K3001/8 ... ...
K3001/9 ... ...
K3002/1 (DP) ... ...
K3002/5 ... ...
K3002/15 ... ...
K3003/5 (LTH) ... ...C...C..
K3003/10 ... ...C...C..
K3003/14 ... ...C...C..
Hình 3.9. Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng gen matK xác định từ 9 mẫu tre thuộc 3 loài Dùng cầu hai (DCH), Dùng phấn (DP) và Lùng thanh hoá (LTH) (Ký hiệu mẫu của các loài như trong hình 3.7)
3.3.1. L-trnF
Vị trí 10 824 K3001/2 (DCH) AACCTGCTAA ***--*****
K3001/8 ... ...--...
K3001/9 ... ...--...
K3002/1 (DP) ... ...CC...
K3002/5 ... ...CC...
K3002/15 ... ...CC...
K3003/5 (LTH) ... ...C-...
K3003/10 ... ...C-...
K3003/14 ... ...C-...
Hình 3.10. Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng gen trnL-trnF xác định từ 9 mẫu nghiên cứu thuộc 3 loài Dùng cầu hai (DCH), Dùng phấn (DP) và Lùng thanh hoá (LTH) (Ký hiệu mẫu của các loài như trong hình 3.7)
Trình tự gen trnL-trnF thu được đoạn nucleotide có độ dài 936 nucleotide đối với loài Dùng cầu hai; 938 nucleotide đối với loài Dùng phấn và 937 nucleotide đối với loài Lùng thanh hoá. Đối với vùng gen trnL-trnF đã chỉ ra 2 vị trí đột biến chèn vào hay mất đi nucleotide ở tại vị trí vị trí 824 và 825 (hình 3.10). Chẳng hạn, tại vị trí 824 hai loài Dùng phấn và Lùng thanh hoá đã xuất hiện thêm nucleotide (C), hay tại vị trí nucleotide 825, loài Dùng cầu hai và Lùng thanh hoá đã không xuất hiện nucleotide (C).
3.3.2. Mức độ tương đồng nucleotide giữa ba mẫu trong cùng một loài cần chỉnh lý tên chi
Bảng 3.1. Mức độ tương đồng nucleotide của ba mẫu trong cùng một loài cần chỉnh lý tên chi với hai vùng gen PIF và psbA-trnH
Vùng gen PIF psbA-trnH
Dùng cầu hai (Bambusa (Lingnania) sp.
Ký hiệu mẫu K3001/2 K3001/8 K3001/9 K3001/2 K3001/8 K3001/9
K3001/2 100 100 100 100
K3001/8 0.0 100 0.0 100
K3001/9 0.0 0.0 0.0 0.0
Dùng phấn [Bambusa (Lingnania) chungii]
Ký hiệu mẫu K3002/1 K3002/5 K3002/15 K3002/1 K3002/5 K3002/15
K3002/1 100 100 100 100
K3002/5 0.0 100 0.0 100
K3002/15 0.0 0.0 0.0 0.0
Lùng thanh hoá [Bambusa (Lingnania) longissima]
Ký hiệu mẫu K3003/5 K3003/10 K3003/14 K3003/5 K3003/10 K3003/14
K3003/5 100 100 100 100
K3003/10 0.0 100 0.0 100
K3003/14 0.0 0.0 0.0 0.0
Kết quả so sánh trình tự nucleotide bằng phần mền MEGA 4.0 cho ba loài tre Dùng cầu hai, Dùng phấn và Lùng thanh hóa (3 mẫu/1 loài) ở bốn vùng gen PIF, psbA-trnH, matK và trnL-trnF cho thấy, cả ba mẫu trong một loài đều giống nhau 100% (Bảng 3.1, 3.2).
Bảng 3.2. Mức độ tương đồng nucleotide của ba mẫu tre trong cùng loài của ba loài tre cần chỉnh lý tên chi với hai vùng gen matK và trnL-trnF
Vùng gen matK trnL - trnF
Dùng cầu hai (Bambusa (Lingnania) sp.
Ký hiệu mẫu K3001/2 K3001/8 K3001/9 K3001/2 K3001/8 K3001/9
K3001/2 100 100 100 100
K3001/8 0.0 100 0.0 100
K3001/9 0.0 0.0 0.0 0.0
Dùng phấn [Bambusa (Lingnania) chungii]
Ký hiệu mẫu K3002/1 K3002/5 K3002/15 K3002/1 K3002/5 K3002/15
K3002/1 100 100 100 100
K3002/5 0.0 100 0.0 100
K3002/15 0.0 0.0 0.0 0.0
Lùng thanh hoá [Bambusa (Lingnania) longissima]
Ký hiệu mẫu K3003/5 K3003/10 K3003/14 K3003/5 K3003/10 K3003/14
K3003/5 100 100 100 100
K3003/10 0.0 100 0.0 100
K3003/14 0.0 0.0 0.0 0.0
Kết quả nhận được cho thấy, các mẫu tre của mỗi loài dù thu ở các địa phương khác nhau nhưng vẫn là cùng một loài.
3.3.3.
Để làm sáng tỏ ba loài Dùng cầu hai, Dùng phấn, Lùng thanh hóa thuộc chi Bambusa hay Lingnania
Bambusa trnL-trn
psbA-trnH, 13 loài đối với vùng gen matK và 03 loài đối với vùng gen PIF) đã công bố trình tự nucleotide trên ngân hàng Genbank. Vì không có sự thay đổi trình tự nucleotide giữa các mẫu trong cùng một loài (3mẫu/1loài) khi phân tích ở cả bốn vùng gen nên khi phân tích mức độ tương đồng nucleotide chúng tôi chỉ sử dụng mỗi loài một mẫu đại diện.
Kết quả phân tích cho thấy, mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Dùng cầu hai với các loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% đối với vùng gen PIF
(Bảng 3.3); từ 99,2 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH (Bảng 3.4); từ 99,7 đến 99,9%
đối với vùng gen matK (Bảng 3.5) và từ 98,4 đến 100% đối với vùng gen trnL-trnF (Bảng 3.6). Mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Dùng phấn với các loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% đối với vùng gen PIF (Bảng 3.3); từ 98,7 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH (Bảng 3.4); từ 99,7 đến 99,9% đối với vùng gen matK (Bảng 3.5) và từ 98,9 đến 99,9% trnL-trnF (Bảng 3.6). Mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Lùng thanh hoá với các loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động 63,0 đến 96,9% đối với vùng gen PIF (Bảng 3.3); từ 99,0 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH (Bảng 3.4); từ 99,7 đến 99,9% đối với vùng gen matK (Bảng 3.5) và từ 99,0 đến 99,9%
trnL-trnF (Bảng 3.6). Đặc biệt, khi so sánh trình tự nucleotide loài Dùng phấn Bambusa (Lingnania) chungii (kí hiệu K3001/2) với loài Bambusa chungii trên ngân hàng Genbank đã chỉ ra mức độ tương đồng nucleotide giữa 2 loài là 81,8% đối với vùng gen PIF (mã số DQ861456) (Bảng 3.3), 99,4% đối với vùng gen psbA-trnH (mã số GU063099) (Bảng 3.4), 99,8% đối với vùng gen matK (mã số HM448934) (Bảng 3.5) và 99,7% đối với vùng gen trnL-trnF (mã số HM448964) (Bảng 3.6).
Bảng 3.3. Mức độ tương đồng giữa ba loài nghiên cứu với 3 loài thuộc chi Bambusa đã công bố trình tự trên Genbank phân tích ở vùng gen PIF
TT Tên loài 1 2 3 4 5 6
1 K3001/2* 99.8 96.9 81.6 81.8 63.6 2 K3002/1 0.2 97.1 81.6 81.8 63.6 3 K3003/5 3.1 2.8 81.2 81.6 63 4 B. bambos 18.6 18.6 18.9 84.3 63.9 5 B. chungii 20.1 20.2 20.1 17.4 64.3 6 B. multiplex 45.4 45.4 47.1 48.7 52.4
* Ghi chú: K3001/2: Dùng cầu hai; K3002/1: Dùng phấn; K3003/5: Lùng thanh hoá
Bảng 3.4. Mức độ tương đồng giữa ba loài nghiên cứu với 22 loài thuộc chi Bambusa đã công bố trình tự trên Genbank phân tích ở vùng gen psbA-trnH
TT Tên loài 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
1 K3001/2 99.4 99.8 99.2 99.4 100 99.8 99.8 100 99.8 99.8 99.8 100 100 99.4 99.8 100 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
2 K3002/1 0.7 99.2 99.8 98.7 99.4 99.2 99.2 99.4 99.2 99.2 99.2 99.4 99.4 98.7 99.2 99.4 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2
3 K3003/5 0 0.7 99 99.2 99.8 100 100 99.8 100 100 100 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
4 B. menbranacea 0.7 0 0.7 98.9 99.2 99 99 99.2 99 99 99 99.2 99.2 98.9 99 99.2 99.2 99 99.2 99 99.2 99 99.2 99
5 B. intermedia 0 0.7 0 0.7 99.4 99.2 99.2 99.4 99.2 99.2 99.2 99.4 99.4 100 99.2 99.4 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2
6 B. chungii 0 0.7 0 0.7 0 99.8 99.8 100 99.8 99.8 99.8 100 100 99.4 99.8 100 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
7 B. grandis 0 0.7 0 0.7 0 0 100 99.8 100 100 100 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
8 B. vulgaris 0 0.7 0 0.7 0 0 0 99.8 100 100 100 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
9 B. yunnanensis 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8 100 100 99.4 99.8 100 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
10 B. surrecta 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 100 100 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
11 B. cerosissima 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 100 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
12 B. oldhamii 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.2 100 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
13 B. beecheyana 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 100 99.4 99.8 100 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
14 B. multiplex 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.4 99.8 100 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
15 B. pervariabilis 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.2 99.4 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2 99.4 99.2
16 B. tuldoides 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100
17 B. remotiflora 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 99.8 100 99.8 100 99.8 100 99.8
18 B. distegia 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8
19 B. textilis 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8
20 B. polymorpha 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8 99.8 99.8
21 B. sinospinosa 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8 99.8
22 B. blummeana 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8 99.8
23 B. bambos 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8 99.8
24 B. ventricosa 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99.8
25 B. cornigera 0 0.7 0 0.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Bảng 3.5. Mức độ tương đồng giữa ba loài nghiên cứu với 13 loài thuộc chi Bambusa đã công bố trình tự trên Genbank phân tích ở vùng gen matK
TT Tên mẫu 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
1 K3001/2* 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.8 99.8 99.9 99.9 99.9 99.7 99.9 99.9 2 K3002/1 0.1 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.8 99.7 99.7 99.9 99.9 99.8 99.7 99.9 99.9 3 K3003/5 0.1 0.1 99.9 99.9 99.9 99.9 99.8 99.7 99.9 100 99.9 99.8 99.8 99.9 100 4 B. tuldoides 0.1 0.1 0.1 100 100 100 99.9 99.9 99.7 99.9 100 99.9 99.7 100 99.9 5 B. dolichomerithalla 0.1 0.1 0.1 0 100 100 99.9 99.9 99.7 99.9 100 99.9 99.7 100 99.9 6 B. emeiensis 0.1 0.1 0.1 0 0 100 99.9 99.9 99.7 99.9 100 99.9 99.7 100 99.9 7 B. pachinensis 0.1 0.1 0.1 0 0 0 99.9 99.9 99.7 99.9 100 99.9 99.7 100 99.9 8 B. chungii 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 99.8 99.7 99.8 99.9 100 99.6 99.9 99.8 9 B. multiplex 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 99.6 99.7 99.9 99.8 99.5 99.9 99.7 10 B. membranacea 0.2 0.3 0.1 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 99.9 99.7 99.7 99.9 99.7 99.9 11 B. tulda 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 99.9 99.8 99.8 99.9 100 12 B. oldhamii 0.1 0.1 0.1 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.1 99.9 99.7 100 99.9 13 B. beecheyana 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0 0.1 0.3 0.2 0.1 99.6 99.9 99.8 14 B. oliveriana 0.3 0.3 0.2 0.3 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.1 0.2 0.3 0.4 99.7 99.8 15 B. malingensis 0.1 0.1 0.1 0 0 0 0 0.1 0.1 0.3 0.1 0 0.1 0.3 99.9 16 B. bambos 0.1 0.1 0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0 0.1 0.2 0.2 0.1
* Ghi chú: K3001/2: Dùng cầu hai; K3002/1: Dùng phấn; K3003/5: Lùng thanh hoá
Bảng 3.6. Mức độ tương đồng giữa ba loài nghiên cứu với 14 loài thuộc chi Bambusa đã công bố trình tự trên Genbank phân tích ở vùng gen trnL-trnF
TT Tên mẫu 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
1 K3001/2* 99.8 99.9 99.9 99.6 99.9 100 99.9 99.3 99.7 99.9 99.9 99.6 99.9 99.9 99.7 98.9 2 K3002/1 0 99.9 99.7 99.3 99.7 99.8 99.7 99.6 99.4 99.7 99.7 99.3 99.7 99.7 99.4 98.9 3 K3003/5 0 0 99.8 99.4 99.8 99.9 99.8 99.4 99.6 99.8 99.8 99.4 99.8 99.8 99.6 99 4 B. membranavea 0.1 0.1 0.1 99.7 100 99.9 99.8 99.3 99.8 99.8 99.8 99.7 99.8 99.8 99.8 98.8 5 B. tulda 0.2 0.2 0.2 0.1 99.7 99.6 99.4 99 99.9 99.4 99.4 99.8 99.4 99.4 99.9 98.4 6 B. oliveriana 0.1 0.1 0.1 0 0.1 99.9 99.8 99.3 99.8 99.8 99.8 99.7 99.8 99.8 99.8 98.8 7 B. oldhamii 0 0 0 0.1 0.2 0.1 99.9 99.3 99.7 99.9 99.9 99.6 99.9 99.9 99.7 98.9 8 B.malingensis 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0 99.4 99.6 100 100 99.4 99.8 100 99.6 98.8 9 B. beecheyana 0 0 0 0 0.1 0 0 0 99.1 99.4 99.4 99 99.2 99.4 99.1 98.5 10 B. bambos 0.2 0.2 0.2 0.1 0 0.1 0.2 0.2 0.1 99.6 99.6 99.9 99.6 99.6 100 98.5 11 B. chungii 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0 0 0 0.2 100 99.4 99.8 100 99.6 98.8 12 B. surrecta 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0 0 0 0.2 0 99.4 99.8 100 99.6 98.8 13 B. sinospinosa 0.3 0.3 0.3 0.2 0.1 0.2 0.3 0.3 0.2 0.1 0.3 0.3 99.4 99.4 99.9 98.4 14 B. intermadia 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3 0.2 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 0.5 99.8 99.6 98.8
15 B. multiplex 0 0 0 0.1 0.2 0.1 0 0 0 0.2 0 0 0.3 0.1 99.6 98.8
16 B. blumeana 0.2 0.2 0.2 0.1 0 0.1 0.2 0.2 0.1 0 0.2 0.2 0.1 0.3 0.2 98.5 17 B. vulgaris 0.9 0.9 0.9 1 1.1 1 0.9 0.9 0.8 1.1 0.9 0.9 1.3 1 0.9 1.1
* Ghi chú: K3001/2: Dùng cầu hai; K3002/1: Dùng phấn; K3003/5: Lùng thanh hoá
Hình 3.11. phần mềm MEGA 4.0 ( -Joining)
Bambusa trên ng ở PIF; psbA-trnH; matK
và trnL-trnF ((Các trình tự được sử dụng để so sánh vùng gen PIF có mã hiệu: B.
multiplex (DQ861457); B. bambos (DQ861455); B. chungii (DQ861456)); ((Các trình tự được sử dụng để so sánh vùng gen psbA-trnH có mã hiệu: B. menbranacea (GU063119);
B. intermedia (GU063100); B. chungii (GU063099); B. grandis (GU063098); B. vulgaris
K3001/8 K3001/9 K3001/2 K3002/1 K3002/5 K3002/15 K3003/14 K3003/5 K3003/10 B. bambos B. chungii B. multiplex 90
100 99
65 95
65
K3001/9 B. surrecta B. chungii B. remotiflora B. polymorpha B. bambos K3003/10 B. blumeana B. yunnanensis B. pervariabilis B. distegia B. textilis K3003/14 B. intermedia B. multiplex K3001/2 B. sinospinosa K3003/5 B. ventricosa B. cornigera B. oldhamii K3001/8 B. grandis B. tuldoides B. vulgaris B. beecheyana B. cerosissima K3002/1 B. membranacea K3002/5 K3002/15 98
PIF
B. chungii B. beecheyana B. emeiensis B. tuldoides B. pachinensis B. dolichomerithalla B. multiplex B. oldhamii B. malingensis K3001/9 K3001/8 K3002/1 K3002/5 K3002/15 K3001/2 K3003/10 K3003/5 B. tulda B. bambos K3003/14 B. membranacea B. oliveriana 87
63
63 64
62
K3003/14 B. sinospinosa K3003/5 B. oliveriana B. multiplex B. chungii B. beecheyana K3001/8 B. surrecta B. bambos B. blumeana K3002/15 B. intermedia B. membranacea K3001/2 K3002/5 K3002/1 B. oldhamii B. tulda K3003/10 K3001/9 B. malingensis B. vulgaris
trnL-trnF matK
psbA-trnH
(GU063097); B. yunnanensis (GU063095); B. surrecta (GU063094); B. cerosissima (GU063093); B. oldhamii (GU063089); B. beecheyana (GU063088); B. multiplex (GU063085); B. pervariabilis (GU063084); B. tuldoides (GU063083); B. remotiflora (GU063082); B. sinospinosa (GU063077); B. bambos (GU063074); B. ventricosa (GU063074); B. distegia (GU063081); B. textilis (GU063079) B. polymorpha (GU063078); B. blumeana (GU063076); B. cornigera (GU063073)); ((Các trình tự được sử dụng để so sánh vùng gen matK có mã hiệu: B. tuldoides (HM448948); B.
dolichomenithalla (HM448935); B. emeiensis (HM448948); B. pachinensis (HM448936); B. chungii (HM448934); B. multiplex (EF125166); B. membranacea (EU434252); B. tulda (EU434246); B. oldhamii (EU434246); B. beecheyana (EU434244); B. oliveriana (EU434247); B. malingensis (EU434245); B. bambos (EU434243)); ((Các trình tự được sử dụng để so sánh vùng gen trnL-trnF có mã hiệu: B.
menbranacea (EU434060); B. tulda (EU434056); B. oliveriana (EU434055); B. oldhamii (EU434054); B. malingensis (EU434053); B. beecheyana (EU434052); B. bambos (EU434051); B. chungii (HM448964); B. surrecta (DQ137351); B. sinospinosa (DQ137350); B. intermedia (DQ137348); B. multiplex (DQ137345); B. blumeana (DQ137346); B. vulgaris (EF137524)).
Cây phát sinh chủng loại là một sơ đồ mô tả mối quan hệ tiến hoá giữa các loài, được xây dựng dựa trên sự giống và khác nhau các đặc điểm vật chất di truyền hay cơ thể.
Trong nghiên cứu này là sự giống và khác nhau về cấu trúc DNA giữa các loài. Các taxa được nối với nhau trên cây thể hiện mối quan hệ di truyền giữa chúng, khoảng cách càng lớn, mối quan hệ di truyền càng xa và ngược lại. Cây phát sinh chủng loại của ba loài tre nghiên cứu với các loài tre đã công bố trên ngân hàng Genbank trong hình 3.11A (03 loài đối với vùng gen PIF), hình 3.11B (22 lo psbA-trnH), hình 3.11C (13 loài đối với vùng gen matK) và hình 3.11D ( trnL-trnF) cho thấy giữa các loài có sự phân tách nhỏ do có một vài nucleotide khác nhau nhưng chúng đều xuất phát từ một gốc. Kết quả phân tích phân tử nhận được trong nghiên cứu này cho phép nhận định ba loài Dùng cầu hai, Dùng phấn, Lùng thanh hoá thuộc chi Bambusa.
Nhận xét này của chúng tôi cũng làm sáng tỏ quan điểm của đa số các nhà phân loại học trên thế giới cho rằng Lingnania chỉ là chi phụ của Bambusa [19].
Nhận xét chung với ba loài tre cần chỉnh lý tên chi:
- Giữa ba mẫu trong cùng 1 loài Dùng cầu hai hoặc Dùng phấn hoặc Lùng thanh hóa là giống nhau 100% khi so sánh trình tự nucleotide ở cả bốn vùng gen PIF, psbA- trnH, matK và trnL-trnF.
- Mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Dùng cầu hai với tất cả các trình tự của loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% đối với vùng gen PIF (ba loài); từ 99,2 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH (22 loài); từ 99,7 đến 99,9% đối với vùng gen matK (13 loài) và từ 98,4 đến 100% đối với vùng gen trnL-trnF (14 loài).
- Mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Dùng phấn với các loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% đối với vùng gen PIF; từ 98,7 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH; từ 99,7 đến 99,9% đối với vùng gen matK và từ 98,9 đến 99,9% đối với vùng gen trnL-trnF.
- Mức độ tương đồng nucleotide giữa loài Lùng thanh hoá với các loài thuộc chi Bambusa trên Genbank dao động 63,0 đến 96,9% đối với vùng gen PIF; từ 99,0 đến 100% đối với vùng gen psbA-trnH; từ 99,7 đến 99,9% đối với vùng gen matK và từ 99,0 đến 99,9% đối với vùng gen trnL-trnF.
-
Bambusa.