Bộ thủy sản đã bắt đầu một quá trình lâu dài cho phép Bộ tiến hành những cải cách nhằm thực hiện Chương trình Cải cách Hành chính Nhà nước của Chính phủ, giai đoạn 2006-2010.
Điều này tiếp sau việc ban hành Nghị định 43/CP, việc soạn thảo Thông tư liên bộ, việc thông qua Luật Thuỷ sản, và việc đưa vào áp dụng các mạng CNTT. Với các khung chính sách và pháp lý đã được tăng cường cùng với một nền tảng CNTT đã được thiết lập,
những thách thức chủ yếu sẽ bao gồm giáo dục và đào tạo theo chỉ đạo của chính sách và chiến lược quản lý và phát triển nguồn nhân lực (sẽ được thực hiện từ năm 2006), đảm bảo việc tuyển dụng một thế hệ công chức mới cho BTS (hơn 30% đội ngũ cán bộ hiện tại sẽ nghỉ hưu trước năm 2010), hoàn tất việc thiết lập các luồng thông tin và một hệ thống quan trắc và cảnh báo sớm về môi trường và dịch bệnh.
Việc khai thác hải sản hầu như chắc chắn đã ở - thậm chí với một số loài đã vượt - mức khai thác bền vững. Cho nên, BTS buộc phải chuyển trọng tâm quản lý từ tăng sản lượng khai thác sang bảo tồn và quản lý tốt hơn. Điều này đòi hỏi phải xây dựng các chính sách và chiến lược mới và một sự thay đổi cơ bản trong nguyên tắc về quản lý của Bộ. Hỗ trợ xây dựng năng lực cho BTS là cần thiết để giúp Bộ hoạch định các chính sách và quy định về quản lý bền vững. Ngoài ra, kinh nghiệm của BTS về quản lý khai thác cá nước ngọt, môt nguồn lợi quan trọng đốI với các cộng động dân cư ở nông thôn, lại rấthạn chế.
BTS hiện đã có những bước đi đầu tiên theo hướng cải tiến quản lý nghề cá biển và đang trong quá trình chuyển hướng sang quản lý nghề cá thích ứng dựa trên các chỉ số và trong khuôn khổ mô hình đồng quản lý. Thách thức còn lại sẽ là đảm bảo sự thay đổi về thể chế trong các hệ thống quản lý thuỷ sản của Việt Nam thông qua việc xây dựng các cơ cấu thể chế cho sự hợp tác rộng rãi giữa chính quyền các cấp và cộng đồng nông ngư dân trong các lĩnh vực như thu thập số liệu, xây dựng sự đồng thuận về kiến thức, các quyết định về quản lý và thực hiện. Phương thức tiếp cận mới này sẽ góp phần đảm bảo hệ thống tưvấn đa lĩnh vực hoạt động tốt tồn tại và các mô hình đồng quản lý nghề cá phù hợp của Việt Nam được xây dựng và bền vững.
Cho đến năm 2002 theo ước tính của Bộ thủy sản 42% diện tích phù hợp cho nuôi trồng thủy sản nước ngọt và 80% diện tích phù hợp cho nuôi trồng thuỷ sản nước lợ đã được sử dụng . Điều này cho thấy có tiềm năng nâng cao sản lượng nuôi trồng thủy sản.
Tuy nhiên, sự phát triển nuôi trồng thuỷ sản nhanh chóng cũng đối mặt với những vấn đề mà nếu không được giải quyết tốt có thể có những tác động tiêu cực nghiêm trọng, đặc biệt đối với nuôi nước lợ. Những vấn đề này liên quan đến sự phát triển không có kế
hoạch, suy thoái môi trường, dịch bệnh trong các hệ thống nuôi trồng, chất lượng giống thấp, sử dụng giống đánh bắt trong tự nhiên với nguy cơ tiềm ẩn về tác động đa dạng sinh học, và những nguy cơ đẩy nông ngư dân nghèo ra ngoài lề các hệ thống nuôi trồng thâm canh ven biển. Đây là những vấn đề mà Bộ thủy sản đã nhận thức được và đã được sự đáp ứng của FSPS-I, nhưng còn nhiều việc cần phải làm để tiến hành lập kế hoạch và thực hiện quản lý trại nuôi tốt hơn.
Nguồn giống bố mẹ sạch bệnh và cách thức quản lý tốt hơn được áp dụng tại các trại ươm sẽ cải thiện chất lượng giống; phát triển giống cho các loài mới và đa dạng hoá các loài nuôi và phương pháp nuôi có tiềm năng giảm thiểu rủi ro; việc phân cấp sản xuất cá giống và khuyến khích các trại ươm tư nhân quy mô nhỏ ở các vùng sâu vùng xa sẽ đem lại lợi ích cho người nghèo; và việc thực hiện bộ quy tắc mới về thực hành và hướng dẫnvề quy hoạch nuôi trồng lành mạnh về môi trường sẽ đem lại lợi ích to lớn cho sự tăng trưởng bền vững của nuôi trồng thuỷ sản. Khả năng truy xuất nguồn gốc sản phẩm đến tận ao nuôi và cải thiện công nghệ xử lý sau thu hoạch cũng có thể là chìa khoá cho việc tăng thu nhập từ sản xuất trong nuôi trồng thủy sản.
Tiếp cận các thị trường quốc tế và nội địa là vấn đề then chốt để tiếp tục phát triển ngành thủy sản. Ngành công nghiệp chế biến thuỷ sản của Việt Nam về cơ bản đáp ứng được các tiêu chuẩn quốc tế vế sản phẩm xuất khẩu, nhưng sự phát triển không ngừng của các tiêu chuẩn quốc tế về an toàn thực phẩm lại đặt ra những yêu cầu mới đối với các nước đang phát triển, trong đó có Việt Nam. Điều này liên quan đặc biệt đến yêu cầu về truy xuất nguồn gốc sản phẩm trong toàn bộ chuỗi giá trị, từ sản xuất ban đầu, qua giống và thức ăn cho đến thành phẩm cuối. Từ năm 2005, Mỹ và EU sẽ áp dụng các hệ thống như vậy đối với các sản phẩm từ các nước Châu Âu và các nước đang phát triển. Hệ thống xử lý sau thu hoạch các sản phẩm hải sản ở Việt Nam rất không phù hợp cho việc đáp ứng các yêu cầu này, vì nó bao gồm một loạt các nhà sản xuất quy mô nhỏ. Thách thức lớn đặt ra sẽ là phải bảo đảm và lập chứng từ về sản lượng đánh bắt và sản phẩm nuôi trồng được sản xuất và xử lý theo các tiêu chuẩn về an toàn thực phẩm và môi trường ngày càng khắt khe. Ngoài ra, cần quan tâm nhiều hơn đến việc nâng cao chất