L ỜI NÓI ĐẦU
3.1.Tách chiết DNA tổng số ốc cối
Lựa chọn vị trí lấy mẫu mô tách chiết DNA
Mẫu mô nghiên cứu quyết định trực tiếp chất lượng DNA và sự thành công của phản ứng nhân gen. Do vậy, việc lựa chọn mẫu ốc và vị trí lấy mẫu đóng một vai trò vô cùng quan trọng. Các mẫu ốc sau khi thu thập được bảo
quản trongnitơ lỏng ở -1960C. Nhưng do quá trình vận chuyển từ nơi thu mẫu về
phòng thí nghiệm cũng như điều kiện lưu giữ không ổn định dẫn đến một số mẫu
bị hư hỏng nhiều. Để đảm bảo chất lượng DNA tách chiết tốt, chỉ những mẫu ốc
còn tươi, nguyên vẹn, mẫu mô rắn chắc được chọn để tiến hành lấy mẫu.
Hình 3.1: Ảnh minh họa vị trí lấy mẫu mô tách chiết DNA
Đối với ốc cối, DNA tổng số có thể được tách chiết từ các vị trí khác nhau như mô cơ chân bò, mô cơ ở phần nón, gan và tụy (Nam và cs, 2009 ; Cunha và cs, 2005 ; Duda và Rolan, 2005). Tuy nhiên, qua khảo sát, chúng tôi thấy mô cơ ở phần nón (vị trí A trên hình 3.1) cho kết quả tách chiết DNA đẹp nhất. Tại vị
trí này, mô cơ thịt có màu trắng trong, không bị dập vỡ và lẫn các tạp chất từ các cơ quan tiêu hóa (ruột, gan, tụy, ...), do vậy, quá trình tách chiết DNA được dễ
dàng. Đối với các phần mô cơ khác như mô cơ chân bò, do mẫu mô chứa nhiều
chất sừng hơn, thường có màu vàng và bị lẫn tạp chất, mẫu mô hay bị dập nát do
quá trình đập bỏ vỏ ốc gây ra nên để giữ được mẫu mô sạch, nguyên vẹn cho tách chiết DNA rất khó khăn.
Lựa chọn bộ kít tách chiết DNA
DNA tổng số của các mẫu ốc cối được tách chiết thử nghiệm bằng hai bộ
kit: bộ kít NKDNAPREP-PHCHL (tách chiết bằng phenol/chloroform) (Công ty TNHH Nam Khoa) và bộ kít Wizard® SV Genomic DNA Purification System (sử dụng cột đính bám DNA) (Promega).
Trước tiên, sử dụng bộ kít NKDNAPREP-PHCHL, kết quả cho thấy DNA
tổng số tách được khi chạy điện di trên gel agarose 1% bị đứt gãy nhiều, band
mờ, không rõ. Kết quả trên có thể là do các nguyên nhân sau: (1) do quy trình tách chiết sử dụng phenol/choloroform là tác nhân gây đứt gãy DNA, (2) do quy trình tách chiết dài, có thể dẫn tới biến tính và đứt gãy DNA, và (3) do chất lượng mẫu mô không tốt.
Do vậy, chúng tôi tiếp tục thử nghiệm việc tách chiết DNA với bộ kít Wizard®SV Genomic DNA Purification System. Dịch chiết DNA tổng số của
các mẫu ốc cối được điện di trên gel agarose 1%, kết quả điện di của một số mẫu
nghiên cứu tượng trưng được thể hiện trên hình 3.2.
Từ hình 3.2 cho thấy, sản phẩm DNA thu được có chất lượng rất tốt, không bị đứt gãy do bộ kít không sử dụng các tác nhân gây biến tính mạnh.
Ngoài ra, với bộ kít này các thao tác tách chiết cũng đơn giản hơn nhiều, không
PHCHL, bộ kít này cũng có giá thành tương đương. Do vậy, bộ kít Wizard® SV
Genomic DNA Purification System được chúng tôi sử dụng để tách chiết DNA ốc cối trong đề tài này.
Kết quả, chúng tôi đã tách chiết được DNA tổng số của 13 loài ốc cối
(Bảng 3.1). Sản phẩm có đủ độ sạch và nồng độ đảm bảo chất lượng cho phản ứng PCR.
Hình 3.2: Ảnh điện di DNA tổng số của các mẫu ốc cối
Dịch chiết DNA tổng số của 7 mẫu ốc cối tượng trưng được điện di trên gel agarose 1%. Kết quả được ghi nhận bằng hệ thống ghi ảnh gel tự động Gel-Doc và phần mềm Quantity One. Giếng 1: Conus textile; Giếng 2: Conus striatus; Giếng 3: Conus vexillum; Giếng 4:
Conuscapitaneus; Giếng 5: Conus miles; Giếng 6: Conus litteratus; Giếng 7: Conus caracteristicus.
Bảng 3.1: Danh sách các loài ốc cối Conus đã tách chiết được DNA STT Tên loài Điều kiện bảo quản
1 Conus textile -400C 2 Conus striatus -400C 3 Conus vexillum -400C 4 Conus capitaneus -400C 5 Conus miles -400C 6 Conus litteratus -400C 7 Conus caracteristicus -400C
8 Conus distans -400C 9 Conus quercinus -400C 10 Conus magus -400C 11 Conus arenatus -400C 12 Conus tessulatus -400C 13 Conus marmoreus -400C