Trong quá trình điều tra vụ án hình sự, CQĐT có căn cứ để nhận định rằng trong người hoặc chỗ ở người bị tình nghi đang cất giấu cơng cụ, phương tiện phạm tội hoặc dấu vết của tội phạm, các tài liệu có liên quan đến vụ án mà những chứng cứ này rất quan trọng cho việc giải quyết vụ án được chính xác. Đồng thời để ngăn chặn ngay việc người đó tẩu tán hoặc tiêu hủy chứng cứ của vụ án thì CQĐT thực hiện hoạt động khám xét.
Khám xét được hiểu là hoạt động điều tra nhằm tìm kiếm dấu vết tội phạm, vật chứng, đồ vật, tài liệu có liên quan đến vụ án hoặc để phát hiện người đang truy nã. Từ khái niệm đó cho thấy khám xét là một biện pháp cưỡng chế về tố tụng hình sự, nên khi CQĐT áp dụng thì sẽ trực tiếp đụng chạm đến các quyền thuộc về nhân thân của công dân, như quyền bất khả xâm phạm về thân thể, chỗ ở, bí mật thư tín, điện tín... mà các quyền này là những quyền cơ bản của công dân luôn luôn được pháp luật bảo vệ. Do vậy, địi hỏi CQĐT khơng được tùy tiện khi quyết định khám xét hoặc hoạt động khám xét phải tuân theo đúng quy định của pháp luật tố tụng hình sự. Để bảo đảm cho các yêu cầu trên thì hoạt động khám xét của CQĐT phải đặt dưới sự kiểm sát chặt chẽ của VKS nhằm bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp của cơng dân.
Theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự, trong mọi trường hợp lệnh khám xét do người được quy định tại điểm d, khoản 1 Điều 62 ban hành phải được VKS cùng cấp phê chuẩn trước khi thi hành. Tuy nhiên trong trường hợp khẩn cấp khơng thể trì hỗn thì CQĐT có quyền tiến hành khám xét mà khơng cần có sự phê chuẩn trước của VKS đối với lệnh khám xét, nhưng sau khi khám xét xong trong thời hạn 24 giờ, CQĐT phải báo cáo bằng văn bản cho VKS về hoạt động khám xét đã tiến hành (Điều 116 BLTTHS). Như vậy, việc áp dụng biện pháp khám xét của CQĐT có thể phân ra thành hai loại: Hoạt động khám xét thường và hoạt động khám xét khẩn cấp.
Đối với hoạt động khám xét thường, trước khi CQĐT thi hành thì bắt buộc lệnh khám xét phải có sự phê chuẩn đồng ý của VKS cùng cấp. Điều đó có nghĩa CQĐT phải gửi hồ sơ trong đó có các tài liệu liên quan đến việc khám xét cùng với lệnh khám xét đến VKS xem xét để phê chuẩn. Qua nghiên cứu và xem xét nếu thấy rằng CQĐT quyết định khám xét là có căn cứ theo quy định tại Điều 115 BLTTHS thì VKS quyết định phê chuẩn lệnh khám xét của CQĐT khi đó lệnh khám xét mới có hiệu lực pháp luật để thi hành, cịn ngược lại việc khám xét khơng có căn cứ thì VKS quyết định khơng phê chuẩn lệnh khám xét của CQĐT và tất nhiên lệnh đó sẽ khơng được thi hành. Tuy nhiên, pháp luật tố tụng hình sự hiện nay chưa làm rõ được thời hạn đối với việc xét phê chuẩn của VKS đối với lệnh khám xét của CQĐT là mấy giờ? hay mấy ngày?, quy định rõ thời hạn là để làm rõ được trách nhiệm của từng cơ quan tiến hành tố tụng, hơn nữa để tránh gây khó khăn trong
việc áp dụng quy định này khi mà CQĐT ln có xu hướng đề nghị VKS phê chuẩn ngay để thi hành, trong khi VKS cần có một thời hạn nhất định để xem xét nhằm bảo đảm việc phê chuẩn phải chính xác và có căn cứ. Việc làm đó có thể làm nảy sinh vấn đề CQĐT cho rằng VKS không tạo điều kiện cho hoạt động điều tra. Ngoài ra, trong thực tế cũng xảy ra nhiều trường hợp Kiểm sát viên được giao nhiệm vụ nghiên cứu để đề xuất lãnh đạo phê chuẩn, nhưng do thiếu trách nhiệm đã khơng làm kịp thời mà cịn giam hồ sơ lại trong thời gian dài dẫn đến hoạt động khám xét của CQĐT bị trì hỗn, thiếu tính kịp thời trong hoạt động điều tra tội phạm.
Bất cập nói trên nhà làm luật vẫn chưa khắc phục bổ sung khi ban hành BLTTHS năm 2003, tại Điều 141 Bộ luật này vẫn quy định: "...Lệnh khám xét của những người được quy định tại điểm d khoản 1 Điều 80 của Bộ luật này phải được VKS cùng cấp phê chuẩn trước khi thi hành".
Đối với hoạt động khám xét khẩn cấp, pháp luật tố tụng hình sự cho phép CQĐT tiến hành khám xét mà khơng cần có sự phê chuẩn trước của VKS đối với lệnh khám xét. Bời vì, trong nhiều trường hợp đối tượng phạm tội sau khi thực hiện hành vi phạm tội ln có ý thức muốn tẩu tán, tiêu hủy vật chứng hoặc xóa các dấu vết của tội phạm... nên để kịp thời ngăn chặn ngay những việc làm đó của đối tượng phạm tội thì CQĐT phải tiến hành khám xét khẩn cấp. Đây là một trong những căn cứ để CQĐT tiến hành khám xét khấn cấp, ngoài ra Khoản 3 Điều 117 BLTTHS cũng quy định căn cứ để khám người trong trường hợp khấn cấp, cụ thể: "có thể tiến hành khám người khơng cần có lệnh trong trường hợp bắt người hoặc khi có căn cứ để khẳng định người có mặt tại nơi khám xét dấu trong người đồ vật cần thu giữ".
Hoạt động kiểm sát việc khám xét được thực hiện theo các quy định tại Điều 115, 116, 117, 118, 120, 141 BLTTHS; Điều 14 Luật tổ chức VKSND năm 2002 và Điều 14 Quy chế công tác kiểm sát, theo đó VKS phải bảo đảm các nội dung cơ bản sau: Chỉ khi có căn cứ theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự thì mới quyết định phê chuẩn áp dụng biện pháp khám xét và phải bảo đảm hoạt động khám xét phải tôn trọng các quyền và lợi ích hợp pháp của cơng dân, khơng được lợi dụng khám xét mà xâm phạm một cách trái pháp luật các quyền, lợi ích đó.
Trong trường hợp CQĐT tiến hành khám xét khẩn cấp, nếu qua kiểm tra báo cáo của CQĐT thấy rằng việc khám xét khơng có căn cứ và khơng hợp pháp thì VKS u cầu CQĐT khắc phục hậu quả ngay, đồng thời ra quyết định huỷ bỏ kết quả khám xét đó.