Sau khi có quyết định khởi tố vụ án hình sự, CQĐT tiến hành các hoạt động điều tra để thu thập các tài liệu, chứng cứ nhằm chứng minh người đã thực hiện hành vi phạm tội. Trên cơ sở đánh giá khách quan và xem xét toàn diện các chứng cứ đã thu thập được, nếu có đủ căn cứ để xác định chính xác người đã thực hiện hành vi phạm tội thì CQĐT quyết định khởi tố bị can đối với người đó để làm rõ về hành vi phạm tội.
Vậy, về nguyên tắc chỉ được khởi tố bị can sau khi có quyết định khởi tố vụ án hình sự, trừ những trường hợp phạm tội quả tang thì đối tượng phạm tội bị phát hiện và bị bắt ngay trong lúc đang thực hiện hành vi phạm tội hoặc ngay sau khi thực hiện hành vi phạm tội và CQĐT trên cơ sở xác định dấu hiệu của tội phạm (cấu thành tội phạm) ra đồng thời quyết định khởi tố vụ án hình sự và quyết định khởi tố bị can đối với người đã bị bắt.
Việc ra quyết khởi tố bị can của CQĐT với mục đích là nhằm xác định về mặt pháp lý một con người cụ thể đã thực hiện hành vi nguy hiểm cho xã hội được coi là tội phạm và quyết định khởi tố bị can đó sẽ trực tiếp hạn chế một số quyền và lợi ích hợp pháp thuộc về nhân thân người bị khởi tố. Do đó, để nhằm hạn chế những vi phạm pháp luật của CQĐT trong việc khởi tố bị can; bảo đảm việc khởi tố có căn cứ, đúng người, đúng tội, VKS phải kiểm sát chặt chẽ các quyết định khởi tố bị can của CQĐT.
Tại Điều 103 BLTTHS đã quy định: "Quyết định khởi tố bị can phải được gửi ngay cho VKS cùng cấp", tiếp đó theo nội dung Điều 141 BLTTHS và Điều 14 Luật tổ chức VKSND năm 2002 thì; Kiểm sát khởi tố bị can là quyền năng pháp lý của VKS khi thực hiện chức năng kiểm sát điều tra nhằm bảo đảm việc khởi tố bị can của Cơ quan có thẩm quyền điều tra là có căn cứ, hợp pháp, đúng người, đúng tội và không để người nào bị khởi tố một cách trái pháp luật.
Nội dung mà VKS tiến hành kiểm sát khởi tố bị can đó là kiểm tra tính có căn cứ và hợp pháp quyết định khởi tố bị can của CQĐT và cơ quan khác được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều điều tra. Để hoạt động kiểm sát được chặt chẽ đúng với yêu cầu của pháp luật, trước hết VKS phải xác định được hành vi của bị can thơng qua việc nghiên cứu tài liệu có trong hồ sơ rồi đối chiếu với quy định của Bộ luật hình sự để xem xét hành vi của bị can đã xâm phạm vào khách thể loại nào được quy định trong BLHS, đồng thời xem xét có đủ các yếu tố cấu thành tội phạm theo quy định của pháp luật hay khơng. Bên cạnh đó, qua nghiên cứu các chứng cứ, tài liệu điều tra ban đầu có trong hồ sơ cịn để nắm được lý lịch nhân thân và xác định chính xác năng lực trách nhiệm hình sự của bị can nhằm khẳng định chính xác người đã thực hiện hành vi phạm tội, tiền án và tiền sự của người phạm tội (nếu có). Trên cơ sở đó mới khẳng định được tính có căn cứ của quyết định khởi tố bị can và đưa ra các biện pháp tố tụng hình sự thích hợp tiếp theo để áp dụng, ví dụ có cần thiết phái áp dụng biện pháp tạm giam bị can hay không.
Tuy nhiên, việc xác định một con người cụ thể đã thực hiện hành vi phạm tội là công việc không phải đơn giản, nhất là trong những vụ án hình sự chưa xác định được đối tượng phạm tội. Các vụ án mà hành vi phạm tội có tính chất mức độ càng nghiêm trọng bao nhiêu thì lại càng khó khăn khi xác định đối tượng phạm tội. Ví dụ trong các vụ án giết người không quả tang đối tượng phạm tội đã dùng những thủ đoạn tinh vi nhằm che dấu tội phạm như phi tang vật chứng, xóa các dấu vết của tội phạm trên hiện trường vụ án... Trong những trường hợp đó CQĐT phải tiến hành nhiều biện pháp tố tụng để thu thập đầy đủ chứng cứ nhằm xác định đối tượng phạm tội như xác minh, tra cứu tàng thư can phạm, sàng lọc các đối tượng khả nghi... Trên cơ sở đó đánh giá một cách toàn diện, đúng đắn để xác định chính xác đối tượng đã thực hiện hành vi phạm tội. Khi thực hiện chức năng kiểm sát khởi tố bị can đối với các vụ án phức tạp, VKS phải thẩm tra, xem xét việc khởi tố bị can của CQĐT một cách thận trọng, thậm chí phải phúc tra lại lời khai của người bị tạm giữ hoặc lời khai của người làm chứng để xem xét CQĐT đã khởi tố đúng người, đúng tội và đúng pháp luật hay chưa; có bỏ lọt hành vi phạm tội, người phạm tội khác mà chưa được khởi tố khơng, nếu có vi phạm thì VKS phải u cầu CQĐT có biện pháp khắc phục ngay.
Việc kết luận hành vi do bị can đã thực hiện có cấu thành tội phạm tương ứng với một tội danh nhất định do BLHS quy định phải dựa trên cơ sở các chứng cứ, tài liệu đã thu thập được, nhưng để thu thập được đầy đủ các chứng cứ để chứng minh tội phạm và người phạm tội là cả một quá trình điều tra. Nên khi thực hiện chức năng kiểm sát, kiểm sát viên được phân cơng kiểm sát điều tra vụ án đó khơng được chủ quan khi cho rằng đã có quyết định khởi tố bị can rồi là đã có đầy đủ các chứng cứ để chứng minh hành vi phạm tội của bị can đó và đủ cơ sở để xử lý kết thúc điều tra. Để có đủ cơ sở kết luận hành vi phạm tội của bị can đòi hỏi CQĐT phải thu thập đầy đủ chứng cứ, bao gồm cả chứng cứ xác định có tội và cả chứng cứ xác định vơ tội của bị can và có sự đánh giá một cách tồn diện các chứng cứ thì mới kết luận được hành vi phạm tội của bị can. Nếu hết thời hạn điều tra theo luật định, CQĐT không chứng minh được bị can phạm tội thì phải ra quyết định đình chỉ điều tra ngay. Do vậy, trong quá trình kiểm sát khởi tố bị can: "Nếu thấy quyết định khởi tố bị can của CQĐT chưa đủ căn cứ, thì kiểm sát viên yêu cầu CQĐT bổ sung hồ sơ hoặc báo cáo lãnh đạo có thẩm quyền để xem xét quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can trái pháp luật. Trường hợp không đồng ý với quyết định khởi tố bị can của CQĐT thì VKS báo cáo bằng văn bản với lãnh đạo trực tiếp phục trách kiểm sát điều tra và chịu trách nhiệm về kết quả nghiên cứu đề xuất của mình" (Điều 8 Quy chế cơng tác kiểm sát điều tra).
Tính hợp pháp của quyết định khởi tố bị can là nội dung quan trọng thứ hai đòi hỏi VKS các cấp phải quán triệt trong việc thực hiện chức năng kiểm sát khởi tố bị can. Trong đó VKS kiểm sát các vấn đề như thẩm quyền của cơ quan cũng như người ký quyết định khởi tố bị can, nội dung và hình thức của quyết định đó, hay việc CQĐT đã tống đạt quyết định khởi tố bị can và giải thích quyền và nghĩa vụ cho bị can đã bị khởi tố hay chưa. Tất cả các vấn đề trên thuộc về thủ tục bắt buộc đối với cơ quan đã ra quyết định khởi tố bị can, nếu qua kiểm sát VKS phát hiện có vi phạm một trong các nội dung trên, ví dụ như người ký quyết định khởi tố bị can không đúng thẩm quyền hay CQĐT không ghi rõ bị can bị khởi tố về tội gì, được quy định tại điều mấy của BLHS thì VKS kịp thời yêu cầu CQĐT khắc phục ngay các vi phạm đó để bảo đảm việc khởi tố bị can được hợp pháp.
Bên cạnh những nội dung nêu trên, trong thực tiễn điều tra tội phạm không phải lúc nào CQĐT cũng thu thập được đầy đủ và chính xác ngay những chứng cứ để chứng minh hành vi phạm tội đã bị khởi tố tại quyết định khởi tố bị can. Mà việc thu thập chứng cứ tiếp theo sau khi có quyết định khởi tố bị can có thể làm thay đổi nội dung của quyết định khởi tố. Chẳng hạn những chứng cứ thu thập sau này không phản ánh đúng với hành vi phạm tội đã được ghi trong quyết định khởi tố bị can, mà lại phản ánh rõ hành vi phạm tội khác, Ví dụ: Trong quyết định khởi tố bị can A, CQĐT đã ghi: A đã có hành vi cưỡng đoạt tài sản phạm vào Điều 135 BLHS, nhưng trong q trình điều tra sau này thấy có đủ chứng cứ phản ánh A có hành vi cướp tài sản chứ không phải là cưỡng đoạt tài sản. Trong trường hợp đó CQĐT phải thay đổi quyết định khởi tố bị can. Ngồi ra, trong q trình điều tra sau khi có quyết định khởi tố bị can, CQĐT có căn cứ chứng minh ngồi hành vi phạm tội đã bị khởi tố, bị can cịn có hành vi phạm tội khác nữa mà CQĐT chưa ghi vào nội dung quyết định khởi tố bị can trước đây, trong trường hợp này CQĐT phải bổ sung quyết định khởi tố bị can. Các quyết định thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố bị can cũng phải được VKS kiểm sát chặt chẽ nhằm bảo đảm tính có căn cứ. BLTTHS quy định thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố bị can khi có căn cứ sau:
+ Có đủ căn cứ xác định hành vi phạm tội của bị can không cấu thành tội ghi trong quyết định khởi tố bị can trước đây, mà cấu thành tội phạm khác.
+ Có đủ căn cứ xác định ngoài hành vi phạm tội đã được ghi trong quyết định khởi tố, bị can cịn có hành vi phạm tội khác nữa.
Qua nghiên cứu BLTTHS năm 2003 thấy rằng, nhà làm luật đã đưa vào một số quy định mới so với BLTTHS năm 1988 về quyền và trách nhiệm của VKS trong việc quyết định khởi tố bị can. Điều này được thể hiện trên các hoạt động tố tụng sau đây:
Thứ nhất, phê chuẩn quyết định khởi tố bị can hoặc hủy bỏ quyết định khởi tố bị
can của cơ quan có thẩm quyền. Bộ luật mới quy định CQĐT có quyền khởi tố bị can nhưng VKS có trách nhiệm phê chuẩn quyết định khởi tố bị can của CQĐT. Khi CQĐT ra quyết định khởi tố bị can thì quyết định này có hiệu lực, VKS phê chuẩn là việc tiếp tục thừa nhận hiệu lực của quyết định khởi tố bị can, cịn nếu hủy bỏ thì làm mất hiệu lực của quyết định đó. Với quy định này đã nâng cao trách nhiệm của CQĐT và VKS trong
việc khởi tố bị can phải thận trọng hơn, góp phần khắc phục tình trạng khởi tố bị can tràn lan dẫn đến oan, sai cũng như ngăn ngừa bỏ lọt tội phạm và người phạm tội. Nội dung này được quy định tại Điều 126 khoản 4, cụ thể: "Trong thời hạn 24 giờ, kể từ khi ra quyết định khởi tố bị can, CQĐT phải gửi quyết định khởi tố và tài liệu liên quan đến việc khởi tố bị can đó cho VKS cùng cấp để xét phê chuẩn việc khởi tố. Trong thời hạn ba ngày, kể từ ngày nhận được quyết định khởi tố bị can, VKS phải quyết định phê chuân hoặc quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can và gửi cho CQĐT". Với quy định đó thì quyết định khởi tố của các cơ quan khác được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra như Bộ đội biên phòng, Hải quan, Kiểm lâm...cũng phải được VKS xét phê chuẩn (Điều 111 khoản 3 BLTTHS năm 2003).
Thứ hai, phê chuẩn quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can
hoặc hủy bỏ quyết định thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố bị can của cơ quan có thẩm quyền. Điều 127 khoản 2 Bộ luật quy định: "Trong thời hạn 24 giờ, kể từ khi ra quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố bị can, CQĐT phải gửi các quyết định này và tài liệu có liên quan đến việc thay đổi, bổ sung đó cho VKS cùng cấp để xét phê chuẩn. Trong thời hạn ba ngày, VKS phải quyết định phê chuẩn hoặc quyết định hủy bỏ quyết định thay đổi, bổ sung quyết định khởi tố bị can".
Những quy định nói trên là sự sửa đổi, bổ sung mới mà trước đây BLTTHS năm 1988 chưa có, những quy định mới đó thể hiện rõ trách nhiệm của VKS các cấp trong việc thực hiện chức năng công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp trong giai đoạn khởi tố - điều tra vụ án hình sự, góp phần nâng cao chất lượng điều tra, bảo đảm không làm oan người vô tội nhưng cũng không bỏ lọt tội phạm thông qua việc xem xét quyết định phê chuẩn quyết định khởi tố bị can của Cơ quan có thẩm quyền.
Tóm lại, khi thực hiện chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong khởi tố bị can, VKS phải kiểm sát chặt chẽ tính có căn cứ và tính hợp pháp quyết định khởi tố bị can của các cơ quan có thẩm quyền để bảo đảm khởi tố bị can đúng người, đúng tội và đúng pháp luật. Muốn làm được như vậy đòi hỏi VKS phải thường xuyên bám sát các hoạt động điều tra của CQĐT để thúc đẩy việc điều tra đồng thời phát hiện kịp thời các
thiếu sót vi phạm trong quyết định khởi tố bị can từ đó đề ra các yêu cầu khắc phục, bổ sung ngay.