Theo mơ hình tổ chức thực hiện chức năng kiểm sát khởi tố - điều tra vụ án hình sự, VKS phải thực hiện chức năng kiểm sát ngay từ khơi khởi tố vụ án. Nhưng do không thực hiện kiểm sát từ đầu nên công tác kiểm sát khởi tố - điều tra vụ án hình sự trở nên thụ động, phụ thuộc vào kết quả điều tra của CQĐT nên VKS không kịp thời phát hiện ra các vi phạm pháp luật trong q trình điều tra cũng như khơng chỉ đạo được quá trình điều tra làm cho hoạt động điều tra sơ sài, qua loa cho xong việc nên vụ án thiếu chứng cứ, vi phạm pháp luật tố tụng… cho đến khi vụ án kết thúc điều tra chuyển VKS truy tố mới phát hiện được vi phạm phải trả lại yêu cầu điều tra bổ sung. Hạn chế đó đã làm cho q trình giải quyết vụ án bị kéo dài. Do không kiểm sát khởi tố - điều tra từ đầu nên nhiều đơn vị nghiệp vụ kiểm sát điều tra vơ tình đã trở thành khâu trung gian giữa khởi tố - điều tra với xét xử
mà khơng khẳng định được đúng vai trị của mình, khi xây dựng cáo trạng để quyết định truy tố bị can ra xét xử cơng khai tại phiên Tịa đã sao chép bản kết luận điều tra một cách thụ động. Ngoài ra, trong quan hệ phối hợp giải quyết án hình sự với CQĐT, các Kiểm sát viên vẫn còn biểu hiện của tư tưởng ngại va chạm, xuôi chiều, để mặc cho CQĐT thực hiện các hoạt động điều tra, nên không sâu sát, kịp thời phát hiện ra các vi phạm pháp luật, hoặc ỷ lại vào sự chỉ đạo của cấp trên hay của liên ngành mà các Kiểm sát viên chưa chủ động đề ra các yêu cầu điều tra, yêu cầu CQĐT khắc phục vi phạm. Hơn nữa, công tác kiến nghị đối với các vi phạm pháp luật của CQĐT chưa đã các VKS làm thường xuyên và đều đặn ở cả ba cấp.