Cơng ty Hố chất mỏ là một doanh nghiệp Nhà nớc hạch tốn độc lập, trực thuộc Tổng Cơng ty Than Việt Nam. Cơ cấu tổ chức của công ty hiện tại gồm: giám đốc, 4 phó giám đốc, 1 kế tốn trởng và 9 phịng ban giúp việc. Mơ hình cơ cấu quản trị trong doanh nghiệp đợc xây dựng là mơ hình trực tuyến tham mu (Sơ đồ 15: Mơ hình tổ chức bộ máy quản lý cơng ty)
Đứng đầu công ty là Giám đốc do Hội đồng quản trị của Tổng công ty Than Việt Nam bổ nhiệm và miễn nhiệm. Giám đốc chịu trách nhiệm điều hành hoạt động của tồn cơng ty. Tham mu và trợ giúp cho giám đốc là bốn phó giám đốc phụ trách các lĩnh vực khác nhau là: lĩnh vực điều hành sản xuất, lĩnh vực kinh tế, lĩnh vực kỹ thuật và lĩnh vực đời sống. Các phòng ban trong cơng ty bao gồm:
1. Phịng Kế hoạch chỉ huy sản xuất 2. Phòng Thanh tra, pháp chế bảo vệ 3. Phòng Tổ chức nhân sự 4. Văn phòng Giám đốc 5. Phòng Thiết kế đầu t 6. Phịng Kỹ thuật an tồn 7. Phịng Kế tốn tài chính 8. Phịng Thơng mại 9. Phịng Kiểm tốn nội bộ
Xuất phát từ nhu cầu của thị trờng, sự quản lý đúng quy hoạch về vật liệu nổ cơng nghiệp trên cả nớc, Cơng ty Hố chất mỏ đã đề nghị và đợc Tổng công ty Than quyết định thành lập thêm nhiều đơn vị trực thuộc. Tại thời điểm thành lập cơng ty mới có 6 đơn vị thành viên, đến nay, cơng ty đã có 24 đơn vị trực thuộc (trong đó có 14 xí nghiệp, 8 chi nhánh, 2 văn phòng đại diện). Trong số 24 đơn vị trên thì có 16 đơn vị trực tiếp trực thuộc cơng ty, 8 đơn vị cịn lại là tổ chức ở cấp thấp hơn. Tất cả 24 đơn vị thành viên trực thuộc hạch tốn khơng đầy đủ phụ thuộc vào sự phân cấp của công ty.