Nhanh chóng xây dựng các quy định về hệ thống kiểm soát nội bộ cho đơn vị HCSN để đảm bảo việc tuân thủ của BCTC, nâng cao trách nhiệm của các đơn vị và hạn chế phần nào việc gian lận trong các BCTC của các đơn vị HCSN. Đồng thời đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra các đơn vị HCSN. Tuy nhiên để tránh tình trạng các đơn vị kiểm toán nhà nước chỉ đi kiểm tra, kiểm tốn các đơn vị HCSN có nguồn kinh phí lớn từ NSNN thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền nên xây dựng kế hoạch kiểm toán tất cả các đơn vị có sử dụng NSNN vào mỗi năm.
Ngoài ra nếu các đơn vị kiểm toán phát hiện được những nhược điểm của BCTC trong q trình kiểm tốn thì nên nhanh chóng kiến nghị với các cơ quan có thẩm quyền để nhanh chóng tiến hành sửa đổi, bổ sung. Hơn thế nữa trong quá trình kiểm tốn các đơn vị kiểm tốn cịn phải đánh giá tồn diện về việc sử dụng hiệu quả nguồn kinh phí NSNN của đơn vị HCSN để nhà nước đề ra các biện pháp quản lý cho phù hợp với từng loại hình đơn vị.
Bên cạnh đó nên tuyển dụng kế tốn viên có kiến thức về kế tốn trong lĩnh vực công cho đơn vị sử dụng ngân sách, và đồng thời tiến hành công tác đào tạo cho các cán bộ trong các cơ quan nghiên cứu ban hành các văn bản pháp lý về kế toán khu vực công, và cho các nhà lãnh đạo và các quan chức cấp cao của Chính phủ có trách nhiệm xét duyệt các BCTC.