Chƣơng 1 : TỔNG QUAN
1.3. Đa hình kiểu gen TP53 và MDM2 liên quan ung thư tế bào gan
1.3.1. Hiện tượng đa hình nucleotid đơn
Sự khác biệt cho mỗi cá thể được tạo bởi đa hình thái của các gen. Hiện tượng đa hình thái nucleotid đơn là sự khác nhau về trình tự DNA xảy ra khi một nucleotid đơn A, T, G, C ở trong bộ gen (hay trong các trình tự được phân lập khác) khác nhau giữa các cá thể của một loài hay giữa các cặp nhiễm sắc thể của một người. Bộ gen người với 23 cặp NST (22 NST thường và cặp NST giới tính) chứa khoảng 3,2 tỉ bp. Giống nhau giữa các cá thể đến trên 90% và khoảng 1% sự khác biệt còn lại chủ yếu biểu hiện bởi các SNP [135].
Đa hình nucleotid đơn là một hiện tượng phổ biến, được coi là hậu quả
của những đột biến điểm thay thế một cặp nucleotid. Để phân biệt đột biến và SNP thì người ta dựa vào tần số xuất hiện trong cộng đồng. Nếu những đột
biến xuất hiện > 1% trong quần thể dân cư thì được coi là SNP. Theo dữ liệu của NCBI tính đến tháng 6/2012 có khoảng gần 19 triệu SNPs trong bộ gen người. Các đa hình nucleotid đơn có tính chủng tộc. Cùng một SNP nhưng tỷ lệ các biến thể (variant) trong quần thể, khác nhau giữa các tộc người. Thậm chí có những SNP có và khơng có, trong bộ gen của những tộc người khác nhau.
Hình 1.11. Mơ phỏng hiện tƣợng đa h nh nucleotid đơn
Nguồn từ http://www.dnabaser.com/
Hiện tượng đa hình nucleotid đơn có thể xảy ra trên vùng mã hoá (exon) và khơng mã hố (intron) của gen. Có những SNPs làm thay đổi acid amin, dẫn đến có thể ảnh hưởng đến cấu trúc và chức năng phân tử protein. Những SNPs này thường là do thay đổi nucleotid tại vị trí đầu tiên hoặc thứ hai của bộ ba mã hố. Ví dụ CGC chuyển thành CCC, hay GCT chuyển thành CCT. Còn những thay thế nucleotid ở vị trí thứ 3 trong bộ ba mã hố thường khơng làm thay đổi acid amin. Ví dụ CCT chuyển thành CCG. Những thay thế này được gọi là các Silent SNPs. Các Silent SNPs không làm thay đổi trình tự acid amin, nhưng nếu nằm trên các vùng chức năng quan trọng, cũng có thể gây ra các tác động đến chức năng sinh học của gen đó.
Sự khác biệt trong trình tự DNA ở người có thể ảnh hưởng đến sự phát triển bệnh tật; sự đáp ứng các tác nhân gây bệnh, hóa chất, thuốc, vacxin, stress…. Tuy nhiên, ứng dụng lớn nhất của SNP trong nghiên cứu y sinh học là so sánh các vùng gen giữa các nhóm người với nhau (chẳng hạn giữa nhóm người bị bệnh và khơng bị bệnh), từ đó xác định mối liên quan giữa SNP với sự hình thành và phát triển của bệnh. Tiến hành sàng lọc, tư vấn di truyền cho các cá nhân mang những biến thể có nguy cơ mắc bệnh cao [136].