Nhằm từng bước hoàn thiện hệ thống tổ chức TTCK tại Việt Nam theo lộ trình phát triển đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định 163/2003/QĐ- TTg về chiến lược phát triển TTCK Việt Nam đến 2010 và kế hoạch phát triển TTCK Việt Nam giai đoạn 2006-2010 của Bộ Tài chính; triển khai thực hiện Luật Chứng khoán đã được Quốc hội thông qua tại kỳ họp thứ 9 Quốc hội khoá XI, UBCKNN một mặt tập trung đẩy nhanh tiến độ xây dựng dự án chuyển TTGDCK Thành phố Hồ Chí Minh thành Sở GDCK vào năm 2007 (đã thực hiện); mặt khác, tập trung hoàn thiện và phát triển TTGDCK Hà Nội theo hướng là thị trường tổ chức giao dịch trái phiếu Chính phủ và thị trường GDCK theo tiêu chuẩn niêm yết tại TTGDCK Hà Nội , từng bước tiến tới xây dựng TTCK phi tập trung tại Việt Nam. Ngày 08/09/2005 TTGDCK Hà Nội chính thức khai trương hoạt động sàn giao dịch sơ cấp và ngày 14/07/2005 TTGDCK Hà Nội khai trương sàn giao
dịch thứ cấp định hướng phát triển thành thị trường phi tập trung, đã đánh dấu một bước phát triển mới của thị trường chứng khoán Việt Nam.
Cơ sở pháp lý cho hoạt động của TTGDCK Hà Nội ngoài các văn bản pháp quy chung về chứng khoán và TTCK đã được ban hành như: Luật chứng khoán, Nghị định số 144/2003/NĐ-CP,… còn có các văn bản liên quan đến hoạt động đăng ký giao dịch chứng khoán, bao gồm:
Quyết định số 244/QĐ-BTC của Bộ tài chính ngày 20/1/2005 về việc ban hành quy chế tạm thời tổ chức giao dịch chứng khoán tại TTGDCK Hà Nội.
Quyết định của Chủ tịch UBCKNN về việc ban hành Hướng dẫn quy định đăng ký, giao dịch chứng khoán và công bố thông tin bất thường của tổ chức đăng ký giao dịch chứng khoán tại TTGDCK Hà Nội.
Quyết định số 2592/QĐ-BTC ban hành Quy trình kết hợp cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước với niêm yết/đăng ký giao dịch cổ phiếu tại các Trung tâm giao dịch chứng khoán.
Công văn 5248/TC-CST ngày 29/4/2005 của Bộ tài chính về việc ưa đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho các tổ chức đăng ký giao dịch tại TTGDCK Hà Nội.
Trong thời gian đầu cơ quan tổ chức và trực tiếp vận hành thị trường được giao cho TTGDCK Hà Nội và cơ quan quản lý nhà nước về TTCK của UBCKNN.