Về mặt nhận thức, Việt Nam chưa thực hiện hồn thiện chính sách thương mại quốc tế một cách hệ thống. Bộ Thương mại xem xét dưới góc độ chính sách xuất nhập khẩu. Bộ Tài chính xem xét dưới góc độ chính sách thuế. Bộ Cơng nghiệp xem xét dưới góc độ chính sách cạnh tranh, chính sách ngành. Từ đó, chính sách thương mại quốc tế của Việt Nam thiếu sự kết hợp đồng bộ giữa các cơ quan chức năng. Các cơ quan thực hiện nhiệm vụ theo quyền hạn, nhiệm vụ do Chính phủ quy định. Những cơng việc mới phát sinh thường mất thời gian để quyết định ai sẽ thực hiện và nên thực hiện như thế nào.
Việc phối hợp hồn thiện chính sách thương mại quốc tế của Việt Nam theo hướng nâng cao khả năng cạnh tranh của ngành chế tạo và tăng cường xuất khẩu của khu vực FDI cịn yếu. Việc tự do hố các ngành cơng nghiệp chế tạo chưa có một lộ trình rõ ràng được doanh nghiệp và các bộ ngành liên quan chia xẻ. Vấn đề phát triển ngành các ngành công nghiệp chế tạo trong nước cịn gặp nhiều trở ngại trong đó có một nguyên nhân là chưa có sự thống nhất về mục tiêu và cách thức
sử dụng các công cụ (thuế, phi thuế) để hỗ trợ. Việc tăng cường xuất khẩu hàng cơng nghiệp chế tạo tăng lên nhanh chóng ở khu vực FDI song làm thế nào để khuyến khích khu vực này gia tăng hơn nữa hàng xuất khẩu chế tạo vẫn chưa có câu trả lời rõ ràng và đầy đủ.
Khuyến khích xuất khẩu của khu vực FDI, trên thực tế, đã được các bộ ngành, đặc biệt là Bộ Thương mại và Bộ Công nghiệp, xem là một biện pháp quan trọng để gia tăng xuất khẩu của Việt Nam. Điều này được thể hiện cả ở Đề
án phát triển xuất khẩu giai đoạn 2006-2010 của Bộ Thương mại và những định hướng của Bộ Công nghiệp. Bộ Thương mại thậm chí đã đặt việc cởi mở, mạnh dạn hơn trong chính sách thu hút đầu tư nước ngoài như là biện pháp đầu tiên trong việc đổi mới cơ chế chính sách. Tuy nhiên, trong phần giải pháp thực hiện đề án của Bộ Thương mại, việc khuyến khích xuất khẩu của khu vực FDI mới chỉ được thể hiện ở việc thu hút đầu tư nước ngoài vào ngành hàng điện tử và linh kiện máy tính.
Việc xây dựng các khu chế xuất, khu cơng nghiệp; hỗ trợ các doanh nghiệp trong khu công nghiệp, khu chế xuất liên kết với các doanh nghiệp trong nước và thực hiện xuất khẩu còn hạn chế. Những mong muốn về việc phát triển hệ thống giao thông và cơ sở hạ tầng khác của các doanh nghiệp trong các khu công nghiệp và khu chế xuất chưa thực sự được đáp ứng. Thực tế này bắt nguồn từ việc phân chia chức năng quản lý và xúc tiến. Việc thu hút và xây dựng các khu công nghiệp và khu chế xuất do Chính phủ hoặc các Uỷ ban nhân dân chủ trì với sự tham gia của các nhà đầu tư cơ sở hạ tầng bên trong khu công nghiệp. Việc thực hiện xây dựng cơ sở hạ tầng bên ngồi khu cơng nghiệp do Bộ giao thơng vận tải chủ trì. Việc xúc tiến thương mại do Bộ Thương mại chủ trì. Các đơn vị này hiện tại chưa thực hiện cùng phối hợp để trợ giúp các doanh nghiệp trong khu công nghiệp, khu chế xuất gia tăng xuất khẩu.
Thực trạng phối hợp hồn thiện chính sách thương mại quốc tế trong điều kiện hội nhập quốc tế cho thấy Việt Nam rất cần một cơ quan đầu mối (với đầy đủ quyền hạn, nguồn lực và trách nhiệm) phối hợp hoạt động hoàn thiện giữa các bộ, ngành liên quan. Các doanh nghiệp ngoài nhà nước cần được tham gia nhiều hơn
vào q trình hoạch định và thực hiện chính sách.