Phân tích cấu trúc giúp ta đi sâu vào nghiên cứu các bộ phận của chỉnh thể còn tổng hợp hệ thống lại chỉ ra phương hướng cho sự phân tích tiếp theo, giống như người đi rừng nếu chỉ mải mê với từng cây trong rừng mà không chú ý tới việc xác định lại phương hướng thì bị lạc lối hoặc dù khơng lạc lối cũng sẽ khó bao quát hết được cả khu rừng.
Cách TCHT không chỉ là tổng hợp và phân tích thuần t mà cịn là phân tích sâu. Nếu như phân tích thuần tuý (phân tích bộ phận) chỉ tập trung vào việc tách bạch từng phần của đối tượng được nghiên cứu thì TCHT tập trung vào cách đối tượng được nghiên cứu tương tác với các thành phần khác của hệ thống có chứa nó. Phân tích thuần t bị hạn chế là thấy cây mà không thấy rừng, tổng hợp thuần tuý thì bị hạn chế là thấy rừng mà quên cây. Chỉ có tiếp cận cấu trúc - hệ thống mới khắc phục được những hạn chế của hai phương pháp trên đồng thời còn khắc phục được sự tương tác giữa cấu trúc và chức năng của hệ thống. Vì muốn hiểu được chức năng phải hiểu được sự tương tác giữa các bộ phận cấu trúc, mặt khác qua sự tương tác bộ phận đó mỗi bộ phận cấu trúc sẽ bộc lộ chức năng của nó. Sự tương tác giữa các bộ phận trong hệ thống sẽ tạo cho hệ thống những thuộc tính nổi trội vốn khơng có ở các bộ phận riêng lẻ [15].
Vận dụng TCHT khi nghiên cứu các cấp độ TCS cần làm rõ: Thành phần, cấu trúc, cấu tạo, tồn thể (hình 1.4)