Quá trình phân hoá mầm hoa vải có thể chia thành 3 thời kỳ:
+ Thời kỳ hình thành
Trước khi phân hoá mầm hoa, chóp sinh trưởng có thể tích nhỏ, chồi ngọn cành mẹ vừa nhú hoặc sau khi nhú mầm. Trong ñiều kiện thích hợp thì chóp sinh trưởng phình to thành hình bán cầu, ñó là thời kỳ hình thành nền hoa tự. Thời kỳ này, yêu cầu các ñiều kiện môi trường thích hợp và ñiều kiện nội tại ñể các mầm nguyên thủy cảm nhận và phân hoá. ðối với các giống chín sớm, thời kỳ này từ giữa tháng 10 ñến cuối tháng 11, giống chín chính vụ
và chín muộn từ giữa tháng 12 ñến cuối tháng 2.
+ Thời kỳ phân hoá các cấp cành nhánh hoa tự
Nền hoa tự kéo dài thành trục chính của hoa tự hình trụ, ñồng thời phân hoá lá kép từ dưới lên trên, giữa nách lá sản sinh nền cành thứ nhất to, mập (trục bên), mắt thường dần dần nhìn thấy ở nách lá, cành non xuất hiện ngày càng nhiều các chấm trắng rõ rệt, giai ñoạn này thường gọi là trỗ bông.
Do việc phân cành hoa tự phát sinh từ dưới lên trên, vào cuối kỳ phân hoá cành hoa tự, khi ñầu trục chính còn tiếp tục sản sinh cành nhánh mới thì trục chùm hoa nhỏ trên cành nhánh phát sinh sớm ở giữa và phía dưới ñã bắt
ñầu phân hoá cơ quan hoa. Như vậy, sự phân nhánh chùm hoa tự và quá trình phân hóa cơ quan hoa diễn ra ñồng thời [26], [29].
+ Thời kỳ phân hoá các bộ phận của hoa
Trục chính hoa tự và ñầu cuối cành nhánh các cấp hình thành 3 hoa.
ðoạn ñầu của trục chính và cành nhánh thứ nhất, thứ hai thường chỉ có 1 hoa ở giữa có thể hoàn thành phát dục, hai hoa hai bên thường ngừng phát dục nửa vời nên trở thành trạng thái hoa ñơn. Cơ quan hoa phân hoá từ
ngoài vào trong theo thứ tự: ñài, nhị ñực, nhị cái, phần nhiều không thấy phân hoá cánh hoa.
Hoa vải từ lúc bắt ñầu phân hoá mầm hoa cho ñến khi cơ quan hoa tự
của cả chùm hoa hoàn thành phân hoá cần 3 - 4 tháng. Quá trình từ khi phân hoá hoa ñến lúc hoa nở tiến hành liên tục không có giai ñoạn nghỉ giữa chừng. Theo nghiên cứu của Lương Vũ Nguyên (1986), trong quá trình phân hoá mầm hoa, với cây năm sai quả (hình thành hoa nhiều), hàm lượng IAA và gibberellin ở ngọn cành hơi thấp. ðiều này chứng tỏ hàm lượng các chất này thấp có lợi cho sự phân hoá mầm hoa.