Bên cạnh những ưu điểm kể trên, cơng tác kế tốn trong Xí nghiệp cũng cịn có những bất cập ở một số khâu và đòi hỏi cần hồn thiện để kế tốn phát huy hết vai trị của mình làm cho tình hình kế tốn cũng như tài chính tại Xí nghiệp ngày càng hoàn thiện hơn nữa.
Hệ thống báo cáo tài chính của XN khá đầy đủ tuy nhiên vẫn có hạn chế là XN chưa lập báo cáo lưu chuyển tiền tệ. Điều này sẽ gây khó khăn cho việc thu thập thơng tin trong phân tích tình hình tài chính của XN.
Xí nghiệp khơng tiến hành phân tích báo cáo tài chính, như vậy sẽ gặp rất nhiều khó khăn trong việc đánh giá tiềm năng, hiệu quả kinh doanh cũng như những rủi ro trong tương lai.
Trình độ nhân viên phịng kế tốn: để hồn thành những báo cáo tài chính cuối kỳ một cách chính xác và trung thực địi hỏi các kế tốn viên phụ trách từng phần hành kế toán trong XN phải phản ánh chính xác và kịp thời các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trong kỳ. Do cơng tác hạch tốn kế tốn hàng ngày tại phịng tài chính kế tốn nhiều, phức tạp nên yêu cầu đặt ra là XN phải có được một đội ngũ kế tốn có chun mơn và nghiệp vụ đồng đều. Trong quá trình tìm hiểu thì các nhân viên kế tốn của XN chưa đáp ứng được hết các u cầu trên.
Xí nghiệp cịn hạn chế trong việc mở các sổ chi tiết theo dõi các tài khoản như TK 511, TK 632.
Tóm lại, trong q trình hoạt động kinh doanh của mình, XN đã đạt được những thành tích nhất định. Bên cạnh đó cũng khơng tránh khỏi những hạn chế và thiếu sót. Vì vậy, khắc phục những hạn chế là rất quan trọng, góp phần thúc đẩy hoạt động sản xuất của XN ngày càng hiệu quả và tốt hơn.